[日本語] English
万見
- PDB-6pwk: Vibrio cholerae LapD S helix-GGDEF-EAL (bound to c-di-GMP) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pwk
タイトルVibrio cholerae LapD S helix-GGDEF-EAL (bound to c-di-GMP)
要素GGDEF and EAL domain-containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / biofilm formation / cell adhesion / c-di-GMP signaling / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase ...LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / Diguanylate cyclase / GGDEF and EAL domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Giglio, K.M. / Cooley, R.B. / Sondermann, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123609 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103485 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1332208 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: A Conserved Regulatory Circuit Controls Large Adhesins in Vibrio cholerae.
著者: Kitts, G. / Giglio, K.M. / Zamorano-Sanchez, D. / Park, J.H. / Townsley, L. / Cooley, R.B. / Wucher, B.R. / Klose, K.E. / Nadell, C.D. / Yildiz, F.H. / Sondermann, H.
履歴
登録2019年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GGDEF and EAL domain-containing protein
B: GGDEF and EAL domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,4618
ポリマ－94,6502
非ポリマー2,8106
水72140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area36720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.379, 90.221, 82.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

-
要素

#1: タンパク質 GGDEF and EAL domain-containing protein


分子量: 47325.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 (コレラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H6T0A6, UniProt: A0A0H3AFX3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium formate, 0.1M bicine, pH 8.5; 20% w/v PEG MME 5000, and 0.5-1 mM c-di-GMP, 20% xylitol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 31030 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 69.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.64-2.733.80.6631020.8791100
2.73-2.843.80.43730750.8761100
2.84-2.973.80.31230930.9621100
2.97-3.133.80.20630681.0321100
3.13-3.333.80.13931121.0561100
3.33-3.583.80.09430971.0421100
3.58-3.943.80.06730851.06199.9
3.94-4.513.80.05431081.057199.8
4.51-5.693.80.04731121.0051100
5.69-503.70.03931781.079199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3pjx

3pjx


解像度: 2.61→33.77 Å / SU ML: 0.413 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.2241 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 1999 6.45 %
Rwork0.1973 28984 -
obs0.2005 30983 98.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→33.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6425 0 186 40 6651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00226765
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66189213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04341027
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00261159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.72633898
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.670.38771220.3111695X-RAY DIFFRACTION81.01
2.67-2.750.36051390.27942058X-RAY DIFFRACTION99.91
2.75-2.830.31321480.26352117X-RAY DIFFRACTION99.87
2.83-2.920.30511370.25962067X-RAY DIFFRACTION99.82
2.92-3.020.32381500.23952076X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.140.32041360.25272117X-RAY DIFFRACTION99.87
3.14-3.290.32841460.25142081X-RAY DIFFRACTION99.91
3.29-3.460.31931440.22552109X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.670.26161470.20492086X-RAY DIFFRACTION99.96
3.67-3.960.21291510.19142102X-RAY DIFFRACTION99.91
3.96-4.360.22311340.1732104X-RAY DIFFRACTION99.82
4.36-4.980.22211470.16472108X-RAY DIFFRACTION99.91
4.98-6.270.23621490.20232103X-RAY DIFFRACTION100
6.27-33.770.20041490.16022161X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.544174135781.35168224335-1.47723634042.49232619943-1.007459583763.798455960910.0710506490375-0.382059014909-0.5302737301210.155365886326-0.251240626815-0.1894372710730.4139137154240.6316259946420.1907882764520.660621764260.124642396482-0.02288922503940.5903058814740.08261336596820.588810284631-36.9314213752-0.9296663174751.04214806107
23.610306949470.299466949959-0.04897487347032.354692196940.6913150005362.34573235701-0.01569097287120.747065643479-0.205247862172-0.288836573282-0.05784084304290.01560431751330.2926966946340.1594237415170.07131428846430.4388918071180.05086170174980.01119245442550.586600382586-0.04551585292540.434208441987-34.916897019410.4184243568-29.1618343004
36.2403213597-0.5611041565521.495075915550.7768227223720.4898414683083.10594550690.0693128535642-0.5531331211340.3623702759420.104790363469-0.02085383202-0.127749969486-0.215334501693-0.165009077322-0.041300780080.676309894522-0.01203585151440.0718578493830.4958733245210.02718543965920.517641506373-67.606682321612.11617166166.9132340695
44.26147935802-0.5869304226040.3893302626042.367828642490.05412553917721.88010710661-0.009799337053850.530611092626-0.0196013918318-0.1000830992-0.0181819926153-0.03084307807020.0810806705312-0.009828576474660.01299280865550.417229334781-0.0554010963683-0.0292212867530.507350695736-0.036138653520.467479827871-75.759451151714.128718606-24.3238480158
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 222:401
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 402:635
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESID 222:395
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESID 396:635

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る