PDB-6pw7: X-ray crystal structure of C. elegans STIM EF-SAM domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pw7

タイトル

X-ray crystal structure of C. elegans STIM EF-SAM domain

要素

Stromal interaction molecule 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Stromal interaction molecule (STIM) / EF-hand / SAM-domain / Calcium release-activated channels / Store operated calcium entry (SOCE)

機能・相同性

機能・相同性情報

Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Ion homeostasis / reproductive process / ovulation / positive regulation of engulfment of apoptotic cell / intracellular organelle / store-operated calcium entry / positive regulation of smooth muscle contraction / calcium channel regulator activity / calcium channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Enomoto, M. / Nishikawa, T. / Back, S.I. / Ishiyama, N. / Zheng, L. / Stathopulos, P.B. / Ikura, M.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Coordination of a Single Calcium Ion in the EF-hand Maintains the Off State of the Stromal Interaction Molecule Luminal Domain.
著者: Enomoto, M. / Nishikawa, T. / Back, S.I. / Ishiyama, N. / Zheng, L. / Stathopulos, P.B. / Ikura, M.

履歴

登録	2019年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
改定 1.2	2020年1月8日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年2月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pw7.cif.gz	87.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pw7.ent.gz	65.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pw7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/6pw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/6pw7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5usa-d 2idg-2 5usg-d 6ifv-2 5wjr-d 4uml-d 4gxz-1 5w7o-d 2g8f-d 3a2y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Stromal interaction molecule 1

B: Stromal interaction molecule 1

ヘテロ分子

38.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Stromal interaction molecule 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Stromal interaction molecule 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.543, 111.580, 70.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z #8: -x+1/2,-y+1/2,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-466- HOH

#1: タンパク質	Stromal interaction molecule 1 分子量: 19037.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: stim-1, Y55B1BM.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EF60
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.42 % / 解説: needle
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 18% v/v PEG 3,350, 8% v/v tacsimate, 10mM calcium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97873, 0.97903, 0.9746, 0.98321

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月10日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97873	1
2	0.97903	1
3	0.9746	1
4	0.98321	1

反射

解像度: 1.82→50 Å / Num. obs: 39514 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 14.5 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度: 1.82→1.85 Å / Num. unique obs: 1867 / CC_1/2: 0.183

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.89→43.8 Å / 交差検証法: NONE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2355	1666	4.99 %
R_work	0.1873	-	-
obs	0.1897	33407	93.62 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→43.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2648	0	2	338	2988

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.9456 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3658	-	-
R_work	0.3605	-	-
obs	-	2810	84 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)