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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pvw | ||||||
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タイトル | RNase A in complex with cp4pA | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreatic | ||||||
キーワード | LYASE / RNase A / nucleotide / poly-phosphate / metaphosphate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Windsor, I.W. / Sheppard, S.M. / Cummins, C.C. / Raines, R.T. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019 タイトル: Nucleoside Tetra- and Pentaphosphates Prepared Using a Tetraphosphorylation Reagent Are Potent Inhibitors of Ribonuclease A. 著者: Shepard, S.M. / Windsor, I.W. / Raines, R.T. / Cummins, C.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pvw.cif.gz | 70.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pvw.ent.gz | 50.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pvw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pvw_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pvw_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pvw_validation.xml.gz | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pvw_validation.cif.gz | 22 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/6pvw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/6pvw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease #2: 化合物 | ChemComp-OZV / | #3: 化合物 | ChemComp-P0J / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.62 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 20 mM sodium citrate, 20% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER IMUS MICROFOCUS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→25.16 Å / Num. obs: 31680 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 16.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 3142 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.208 / Rrim(I) all: 0.534 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1afu 解像度: 1.6→25.15 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.55
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.06 Å2 / Biso mean: 24.755 Å2 / Biso min: 9.65 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→25.15 Å
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LS精密化 シェル |
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