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- PDB-6pv4: Structure of CpGH84A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pv4
タイトルStructure of CpGH84A
要素Glycoside Hydrolase
キーワードHYDROLASE / Glycoside Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hyaluronoglucosaminidase / hyalurononglucosaminidase activity / carbohydrate derivative metabolic process / polysaccharide catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / FIVAR domain / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 ...: / Hyaluronidase post-catalytic domain-like / FIVAR domain / Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Beta-hexosaminidase, bacterial type, N-terminal / Glycosyl hydrolase family 20, domain 2 / Beta-hexosaminidase-like, domain 2 / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Dockerin domain superfamily / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hyaluronoglucosaminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens ATCC 13124 (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Pluvinage, B. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2019
タイトル: Structural and functional analysis of four family 84 glycoside hydrolases from the opportunistic pathogen Clostridium perfringens.
著者: Pluvinage, B. / Massel, P.M. / Burak, K. / Boraston, A.B.
履歴
登録2019年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside Hydrolase
B: Glycoside Hydrolase
C: Glycoside Hydrolase
D: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)298,41546
ポリマ－296,2264
非ポリマー2,18942
水30,9501718
1
A: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,61111
ポリマ－74,0561
非ポリマー55510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,60712
ポリマ－74,0561
非ポリマー55111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,69113
ポリマ－74,0561
非ポリマー63512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,50510
ポリマ－74,0561
非ポリマー4499
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.090, 92.110, 103.080
Angle α, β, γ (deg.)95.740, 110.520, 119.710
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Glycoside Hydrolase


分子量: 74056.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens ATCC 13124 (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124 / DSM 756 / JCM 1290 / NCIMB 6125 / NCTC 8237 / Type A
遺伝子: nagH, CPF_0184 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2YRL1, hyaluronoglucosaminidase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1718 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 14% PEG3350, 0.15 M CaCl2 and 20 mM octyl-beta-D-glucopyranoside

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97965 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→78 Å / Num. obs: 129154 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.929 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique obs: 18702 / CC1/2: 0.454 / Rpim(I) all: 0.262 / % possible all: 97.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0253精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2V5C

2v5c


解像度: 2.2→75.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 6.096 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.231 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2481 6401 5 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.2042 122753 98.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.31 Å2 / Biso mean: 14.599 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å2-1.25 Å20.25 Å2
2--0.43 Å2-0.45 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→75.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19047 0 111 1727 20885
Biso mean--24.43 19.68 -
残基数----2406
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01219611
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1981.63426586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.51352400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.38824.6311110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.187153090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0971564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.22492
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215519
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 455 -
Rwork0.22 9037 -
all-9492 -
obs--97.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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