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- PDB-6ptz: Crystal structure of pigeon Cryptochrome 4 mutant Y319D in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ptz
タイトルCrystal structure of pigeon Cryptochrome 4 mutant Y319D in complex with flavin adenine dinucleotide
要素Cryptochrome-1
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / Magnetosensor / photolyase
機能・相同性
機能・相同性情報


entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cryptochrome-1
類似検索 - 構成要素
生物種Columba livia (カワラバト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.793 Å
データ登録者Zoltowski, B.D. / Chelliah, Y. / Wickramaratne, A.C. / Jarocha, L. / Karki, N. / Mouritsen, H. / Hore, P.J. / Hibbs, R.E. / Green, C.B. / Takahashi, J.S.
資金援助 米国, European Union, ドイツ, 10件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1613643 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS095899 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA042072 米国
European Research Council (ERC)340451European Union
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM090247 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM112991 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127122 米国
German Research Foundation (DFG)SFB 1372 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK 1885 ドイツ
Other governmentFA9550-14-1-0095 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Chemical and structural analysis of a photoactive vertebrate cryptochrome from pigeon.
著者: Zoltowski, B.D. / Chelliah, Y. / Wickramaratne, A. / Jarocha, L. / Karki, N. / Xu, W. / Mouritsen, H. / Hore, P.J. / Hibbs, R.E. / Green, C.B. / Takahashi, J.S.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,77811
ポリマ－58,1331
非ポリマー1,64510
水7,278404
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.733, 85.574, 103.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cryptochrome-1


分子量: 58133.277 Da / 分子数: 1 / 変異: Y319D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Columba livia (カワラバト) / 遺伝子: A306_00007326
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A2I0LZR8

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非ポリマー , 5種, 414分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals were obtained at 21C in dark from a 1:1 mixture of protein (10-12 mg/mL) and a reservoir solution consisting of 7.5% PEG 6000 and 0.1 M HEPES pH 7.1. Crystal reached maximum size ...詳細: Crystals were obtained at 21C in dark from a 1:1 mixture of protein (10-12 mg/mL) and a reservoir solution consisting of 7.5% PEG 6000 and 0.1 M HEPES pH 7.1. Crystal reached maximum size after 4-5 days and were harvested at that time in the dark. Crystals were transferred to cryoprotectant solution consisting of 5% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 7, 2 mM DTT and either 30% P400 or 30% glycerol. Crystals were flash-frozen in liquid nitrogen in the dark

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.793→50 Å / Num. obs: 38744 / % possible obs: 85.3 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 1.793→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.389 / Num. unique obs: 38705 / CC1/2: 0.883

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K0R

4k0r


解像度: 1.793→44.214 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2061 2000 5.17 %
Rwork0.1629 --
obs0.1652 38708 85.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.53 Å2 / Biso mean: 24.5508 Å2 / Biso min: 8.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.793→44.214 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3930 0 109 404 4443
Biso mean--29.34 38.19 -
残基数----479
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8955630
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054588
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006714
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3642442
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.793-1.83750.22121280.1848235078
1.8375-1.88720.25781410.1816257585
1.8872-1.94270.2491470.1784272489
1.9427-2.00540.21581490.1757271790
2.0054-2.07710.23971470.1719270389
2.0771-2.16030.20581480.1636271389
2.1603-2.25860.20031460.161268488
2.2586-2.37770.20331450.1584266788
2.3777-2.52660.18091470.1502268987
2.5266-2.72170.19931430.1533262486
2.7217-2.99550.21221420.1628261184
2.9955-3.42880.21571400.1563257183
3.4288-4.31940.19631380.1458254081
4.3194-44.2140.18651390.1809254077
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -7.4524 Å / Origin y: 13.8059 Å / Origin z: -28.5187 Å
111213212223313233
T0.0797 Å20.0001 Å20.0198 Å2-0.0721 Å20.0103 Å2--0.1631 Å2
L0.4728 °20.2404 °20.5312 °2-0.5306 °20.2813 °2--2.0757 °2
S0.0257 Å °-0.0265 Å °0.0182 Å °0.0854 Å °-0.0466 Å °0.0222 Å °0.0009 Å °-0.0174 Å °0.0231 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 497
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 418
5X-RAY DIFFRACTION1allS419
6X-RAY DIFFRACTION1allF1
7X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 6
8X-RAY DIFFRACTION1allF7
9X-RAY DIFFRACTION1allD2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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