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- PDB-6ptv: Crystal structure of a DnaN sliding clamp (DNA polymerase III sub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ptv
タイトルCrystal structure of a DnaN sliding clamp (DNA polymerase III subunit beta) from Rickettsia rickettsii bound to griselimycin
要素
  • ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
  • Beta sliding clamp
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / structural genomics / NIAID / myucobacterium / streptomyces / infectious disease / natural product / antibiotic / broad spectrum / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TRANSFERASE / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA polymerase III complex / 3'-5' exonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III, beta sliding clamp / DNA polymerase III, beta sliding clamp, N-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, C-terminal / DNA polymerase III, beta sliding clamp, central / DNA polymerase III beta subunit, N-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit, central domain / DNA polymerase III beta subunit, C-terminal domain / DNA polymerase III beta subunit
類似検索 - ドメイン・相同性
ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY / Beta sliding clamp
類似検索 - 構成要素
生物種Rickettsia rickettsii (ロッキー山紅斑熱リケッチア)
Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a DnaN sliding clamp (DNA polymerase III subunit beta) from Rickettsia rickettsii bound to griselimycin
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
X: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
C: Beta sliding clamp
Y: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
D: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,9748
ポリマ－175,7376
非ポリマー2362
水23,4381301
1
A: Beta sliding clamp
B: Beta sliding clamp
X: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9874
ポリマ－87,8693
非ポリマー1181
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area33870 Å2
手法PISA
2
C: Beta sliding clamp
Y: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
D: Beta sliding clamp
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9874
ポリマ－87,8693
非ポリマー1181
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area33570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.210, 82.790, 82.860
Angle α, β, γ (deg.)109.380, 89.940, 106.530
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Beta sliding clamp


分子量: 43376.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia rickettsii (strain Sheila Smith) (ロッキー山紅斑熱リケッチア)
株: Sheila Smith / 遺伝子: A1G_03290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3AWV3
#2: タンパク質・ペプチド ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1115.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
参照: ACE-MVA-MP8-NZC-LEU-MP8-LEU-MVA-PRO-MLU-GLY
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.63 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: RiriA.17987.a.B1.PS38222 at 20 mg/mL with 2 mM griselimycin against Morpheus screen condition G12 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.03 M NPS, 0.1 M bicine/Trizma pH 8.5, crystal ...詳細: RiriA.17987.a.B1.PS38222 at 20 mg/mL with 2 mM griselimycin against Morpheus screen condition G12 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.03 M NPS, 0.1 M bicine/Trizma pH 8.5, crystal tracking ID 308710c12, unique puck ID zni8-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→45.9 Å / Num. obs: 153460 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.914 % / Biso Wilson estimate: 35.829 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.071 / Χ2: 1.014 / Net I/σ(I): 13.18 / Num. measured all: 600700 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.85-1.93.5470.3483.293767911618106230.9060.41291.4
1.9-1.953.9010.2724.564300711426110260.9520.31696.5
1.95-2.013.9910.2125.744269311062106980.9720.24596.7
2.01-2.073.9860.1697.164159210772104350.9780.19596.9
2.07-2.143.9840.138.874038510434101380.9860.1597.2
2.14-2.213.980.11310.16388571003397620.9890.13197.3
2.21-2.293.9740.09811.4237610972394650.9910.11397.3
2.29-2.393.9680.08812.7136210933891250.9910.10297.7
2.39-2.493.9620.08213.7334743896787690.9920.09597.8
2.49-2.623.9530.07415.0633197856483970.9920.08698
2.62-2.763.9420.06816.7331681820180360.9930.07998
2.76-2.933.9350.06318.1529715767475520.9940.07398.4
2.93-3.133.9210.05819.7727880722271110.9940.06798.5
3.13-3.383.8980.05621.1126018676966740.9940.06598.6
3.38-3.73.8880.05422.2123834619961300.9950.06398.9
3.7-4.143.8920.05222.7821624562655560.9940.0698.8
4.14-4.783.8960.0523.4119118495649070.9950.05899
4.78-5.853.8790.0523.3416054416941390.9950.05899.3
5.85-8.273.8730.05223.2212381322731970.9940.0699.1
8.27-45.93.7340.05223.356422177017200.9940.06197.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.16_3546: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DLK

6dlk


解像度: 1.85→45.9 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 21.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2061 1968 1.28 %
Rwork0.1688 --
obs0.1692 153419 97.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.57 Å2 / Biso mean: 38.0808 Å2 / Biso min: 15.91 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→45.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11710 0 16 1301 13027
Biso mean--52.15 44.13 -
残基数----1533
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.8501-1.89630.2771220.24531009791
1.8963-1.94760.22231460.21141073897
1.9476-2.00490.23041590.19781072197
2.0049-2.06960.24831220.19051085997
2.0696-2.14360.24511430.18321079797
2.1436-2.22940.22851450.18071081197
2.2294-2.33090.2131510.17771083298
2.3309-2.45380.26391450.17981084998
2.4538-2.60750.21561480.181087298
2.6075-2.80880.2141600.181089298
2.8088-3.09140.21041590.17831096398
3.0914-3.53860.20971040.16591099999
3.5386-4.45770.15161270.1441099799
4.4577-45.90.19391370.15271102499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.906-1.1128-0.41974.90631.94831.65810.04310.00120.0328-0.16630.0566-0.2772-0.01820.0966-0.08080.1529-0.011-0.0190.2221-0.01090.2036-2.369817.2291-18.7239
20.5612-0.0515-0.14762.7123-0.99871.0990.02020.0549-0.0513-0.3104-0.0821-0.00920.11010.03740.06550.18560.01260.02490.188-0.0350.18566.6152-16.3272-19.1562
33.98560.1689-0.57484.98311.62044.41510.00340.03590.13480.44690.0720.0113-0.0588-0.0023-0.06080.21340.02980.02710.160.01820.19963.3318-20.986417.3445
40.6317-0.54890.02062.5785-0.81191.1196-0.109-0.1129-0.12750.6780.08750.1624-0.094-0.01220.01810.3675-0.00480.04640.1976-0.02110.2246-5.557915.207420.9874
52.03352.04590.27639.0001-1.06450.3159-0.1365-0.59530.17470.59890.0623-0.53420.75530.38120.05250.97260.0965-0.11550.443-0.0090.36659.074824.760227.059
63.8346-0.3619-0.82953.43241.10244.65640.1166-0.1224-0.03390.4298-0.06150.067-0.47540.0091-0.04450.3729-0.0557-0.01490.19050.01090.1707-38.34860.010414.3339
70.8497-0.40290.58472.0318-0.51452.4476-0.00370.04350.12180.26810.15880.1722-1.0732-0.1422-0.14110.63980.0560.06780.2440.01290.2696-45.83430.079843.2534
81.6434-0.20410.20573.3295-0.13852.28340.06090.03620.04150.2399-0.0158-0.119-0.31810.1686-0.04570.182-0.03460.01590.1775-0.00370.1349-36.5795-21.959258.0136
95.0985-3.44726.01562.3315-4.06397.09480.11380.48380.2711-0.7469-0.16850.1121-0.3294-0.16610.06420.65570.17490.08580.43340.08380.4216-59.3077-13.056554.3783
100.9044-0.3774-1.31660.460.51576.04630.01860.0883-0.0102-0.10630.00510.03470.4655-0.0259-0.01950.25820.0396-0.03740.2541-0.02280.2482-28.99-46.043938.0681
110.42350.14040.09282.3745-1.12791.91990.01980.07-0.0296-0.2052-0.0917-0.07250.3020.27960.07420.2030.03790.00890.2655-0.02760.1681-28.2012-34.01485.1754
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 140 )A0 - 140
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 141 through 379 )A141 - 379
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid -1 through 115 )B-1 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 116 through 379 )B116 - 379
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'X' and (resid 5 through 11 )X5 - 11
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 0 through 115 )C0 - 115
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 116 through 257 )C116 - 257
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 258 through 379 )C258 - 379
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'Y' and (resid 5 through 11 )Y5 - 11
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid -1 through 140 )D-1 - 140
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 141 through 379 )D141 - 379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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