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- PDB-6pta: Crystal structure of the ARF family small GTPase ARF1 from Candid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pta
タイトルCrystal structure of the ARF family small GTPase ARF1 from Candida albicans in complex with GDP
要素ADP-ribosylation factor
キーワードSIGNALING PROTEIN / GTPASE / GDP / GTP / ARF FAMILY / STRUCTURAL GENOMICS / CSGID / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / NIAID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle-mediated transport / cellular response to reactive oxygen species / intracellular protein transport / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP-ribosylation factor
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Di Leo, R. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the ARF family small GTPase ARF1 from Candida albicans in complex with GDP
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2019年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor
B: ADP-ribosylation factor
C: ADP-ribosylation factor
D: ADP-ribosylation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8908
ポリマ－81,1174
非ポリマー1,7734
水1,964109
1
A: ADP-ribosylation factor
C: ADP-ribosylation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4454
ポリマ－40,5592
非ポリマー8862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15690 Å2
手法PISA
2
B: ADP-ribosylation factor
D: ADP-ribosylation factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4454
ポリマ－40,5592
非ポリマー8862
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.801, 42.285, 90.343
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.699, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Space group name HallP2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z

-
要素

#1: タンパク質
ADP-ribosylation factor


分子量: 20279.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母)
株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: ARF1, CAALFM_CR08700CA, CaO19.13805, CaO19.6447 / プラスミド: pMCSG68SBPTEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -Gold / 参照: UniProt: P22274
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M ammonium Acetate, 30% PEG 4K, 0.1M sodium acetate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→25 Å / Num. obs: 22742 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 42.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 8.61
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 1081 / CC1/2: 0.798 / Rpim(I) all: 0.533 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3448精密化
PHENIX1.15_3448精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R8Q

1r8q


解像度: 2.5→24.5 Å / SU ML: 0.3309 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 44.1369
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2948 1133 5.02 %RANDOM
Rwork0.2573 ---
obs0.2594 22574 97.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 57.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5336 0 0 109 5445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00525428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78217370
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0501844
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0035914
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.64651984
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.610.37421350.34212584X-RAY DIFFRACTION95.3
2.61-2.750.36061440.33972648X-RAY DIFFRACTION97.59
2.75-2.920.40341370.31692674X-RAY DIFFRACTION98.32
2.92-3.150.31871310.2982670X-RAY DIFFRACTION98.28
3.15-3.460.30211390.26892730X-RAY DIFFRACTION98.76
3.46-3.960.31041480.23292700X-RAY DIFFRACTION99.13
3.96-4.990.25761480.21072755X-RAY DIFFRACTION99.28
4.99-24.50.24791510.22612680X-RAY DIFFRACTION93.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.06501459871-1.22012254669-1.106860754975.98440118184-3.429727211387.276914800370.688834030037-0.5801058992680.5784295335050.104196868811-0.9496738887010.0384460575354-0.8078168509780.05040012650820.3261311739440.477235135115-0.0743009796093-0.03058362798130.515563419401-0.1359425142240.32887990458727.284785515321.46107805084.53703224936
21.695483175420.579372029261-1.680693368394.77766141133-0.2545942535286.836714863660.50726792109-1.086472701250.3573866694770.398709352689-0.1957504687270.532937566011-0.2510789644110.639999199734-0.233897457450.464256771608-0.1853816841320.0008684057925760.667831711379-0.01842807920210.36064033166930.843319081624.488703644711.4846696049
39.22705460698-6.413502298924.205890249998.22627822894-2.725648520834.0221397979-0.660282665939-0.6178806695910.2117182582610.5099098302070.3492639955580.720344070592-0.666109624739-1.40845434420.3277686828670.61150572329-0.1002667915470.01573813096750.756717614293-0.05175738316770.72585371239918.113088682621.56352824417.0562281727
44.86848630047-1.79886341904-0.4516545134164.993703709660.1982950925283.108044912320.1955488203790.704381581311-0.321807260192-0.253959550843-0.5039750771250.108084087244-0.0358944447533-0.1484106987450.2741186918720.389749312791-0.00457128846693-0.08262245231370.645570071080.05616350803760.34566449857424.04966632689.552448127954.2099874265
50.3480219223060.3890916117470.3152004458171.22469391010.3839369878170.286189694845-0.43972766209-0.4949835496820.787212712051-1.31013089626-0.238691622155-1.097604233370.8500398638630.7647802673030.6294225503241.08769947601-0.4073753379710.6007846566561.12410386968-0.1884570749621.2416648339515.068076233823.2887005353-4.2705192592
62.33109770445-2.47526795104-3.326057851054.280884525452.746462892198.250997736650.04303552870791.356010868580.48199216661-0.586170078582-0.0440925713557-1.039910955940.2041127651720.6110696136050.1620311395571.03201719930.0441203596650.03346789494321.052704701410.283295786480.38155255097813.253250230448.509691807747.7231206841
71.81464218422-1.552695930981.141123995691.67799355163-1.495893968082.50834805899-0.495353553257-0.670642012080.3548889589320.483135708207-0.145231460196-0.2918984122690.014929033794-0.4576553445460.2596076904730.0993086645291-0.2793424777650.1054582514980.1505746565860.07687770936670.63307195705810.363125891543.997312956633.7076596704
89.766745504831.90777162385-0.6994628525225.01384957585-0.394948899153.16270377386-0.1889013198551.214817420181.3086939227-1.218693283181.03586181409-0.328968418636-0.8631124357880.703869523851-1.078509917040.654398496825-0.1651666063750.07770705023810.801693036238-0.02590839082210.36938761609622.333321378142.706874834227.8191308771
95.669976029040.635367466839-1.466563878543.70628554723-0.1361224561843.64568516783-0.3026563820820.229854783689-0.07719136479280.3285560098650.54739629263-0.2313087771810.3576272074470.497196549003-0.2083563940210.3689412397950.0876604220443-0.03128864689870.2628146518810.0447955253340.2361318613816.441018976830.668997571940.8612449239
103.66166225743.371940077482.562019973534.910810290692.797242711972.213509276820.42912885969-0.6589323122810.2577508494720.831767389956-0.0642610361426-0.8590695048540.50771548611-0.368569158982-0.3158645682950.54916725154-0.260231131658-0.2732434055161.18709918756-0.1685217362770.67000440970825.490335353244.493308200549.4485762616
114.88534767631-1.91438053529-1.954246363057.08895666939-0.3329542614347.50257776884-0.06478796140930.0737697058852-0.2091509621610.8093466413880.0509456124932-0.731251253171-0.607752466290.892116061711-0.07844016979520.3147255460580.070999129567-0.04036993512320.555907402173-0.1452961648630.44094235008546.54503209731.92689776527.7416551485
125.94727029182-2.87655687052-0.1253583088983.838389685461.860995796552.4966174285-0.412254562961-0.3390517839480.0312069854069-0.04635150181250.03278706486650.318231168918-0.08220858858021.071594636410.5303321370530.5049313832930.0254169180563-0.05233699511710.5300672812010.0955533222040.52543896061842.380528664226.293134544420.1564632884
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 67 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 84 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 85 through 176 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 177 through 179 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 8 through 18 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 19 through 67 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 68 through 84 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 85 through 176 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 177 through 179 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 8 through 25 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 26 through 68 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 69 through 84 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 85 through 152 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 153 through 176 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 177 through 178 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 8 through 24 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 25 through 67 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 68 through 81 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 82 through 93 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 94 through 152 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 153 through 165 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 166 through 176 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 177 through 178 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る