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- PDB-6pt8: Crystal Structure of CobT from Methanocaldococcus jannaschii in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pt8
タイトルCrystal Structure of CobT from Methanocaldococcus jannaschii in complex with Adenine Alpha-Ribotide and Nicotinic Acid
要素UPF0284 protein MJ1598
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase, archaeal type / Phosphoribosyltransferase / nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase activity / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase / Nicotinate-nucleotide-dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase-like superfamily / ALPHA-ADENOSINE MONOPHOSPHATE / NICOTINIC ACID / PHOSPHATE ION / UPF0284 protein MJ1598
機能・相同性情報
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Schwarzwalder, A.H. / Jeter, V.L. / Vecellio, A.A. / Erpenbach, E. / Escalante, J.C. / Rayment, I.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM130399 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2022
タイトル: Structural studies of the phosphoribosyltransferase involved in cobamide biosynthesis in methanogenic archaea and cyanobacteria.
著者: Jeter, V.L. / Schwarzwalder, A.H. / Rayment, I. / Escalante-Semerena, J.C.
履歴
登録2019年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0284 protein MJ1598
B: UPF0284 protein MJ1598
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8278
ポリマ－75,6962
非ポリマー1,1316
水8,287460
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.390, 138.640, 51.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.320, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UPF0284 protein MJ1598


分子量: 37847.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ1598 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58993
#2: 化合物 ChemComp-AAM / ALPHA-ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NIO / NICOTINIC ACID / ニコチン酸


分子量: 123.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals formed by mixing 1:1 ratio of 13.3 mg/mL protein solution with well solution containing 100 mM 4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinepropanesulfonic acid (HEPPS) pH 8.5 and 22% (w/v) PEG 8K. ...詳細: Crystals formed by mixing 1:1 ratio of 13.3 mg/mL protein solution with well solution containing 100 mM 4-(2-Hydroxyethyl)-1-piperazinepropanesulfonic acid (HEPPS) pH 8.5 and 22% (w/v) PEG 8K. 1 mM adenine and 50 mM Sodium/Potassium Phosphate pH 7.0 were added to protein prior to mixing with well solution. Substrates were captured in lattice prior to freezing by soaking crystals in 20% (w/v) ethylene glycol, 100 mM HEPPS pH 8.5, 22% (w/v) PEG 8K, 25 mM sodium/potassium phosophate pH 7.0, 1 mM nicotinic acid mononucleotide, and 1 mM adenine for 30 minutes. Crystals were then soaked in the same solution, but with 30% PEG 8K instead of 20% ethylene glycol and 20% PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→41.973 Å / Num. obs: 118689 / % possible obs: 98.95 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09626 / Net I/σ(I): 12.18
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.6674 / Mean I/σ(I) obs: 2.92 / Num. unique obs: 11857 / % possible all: 98.98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L0Z

3l0z


解像度: 1.4→41.973 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 16.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1748 5933 5 %
Rwork0.1531 --
obs0.1542 118680 98.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 84.57 Å2 / Biso mean: 18.8823 Å2 / Biso min: 6.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→41.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5307 0 106 460 5873
Biso mean--15.22 27.12 -
残基数----699
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4-1.41590.26671970.2418375199
1.4159-1.43260.26811940.2294368699
1.4326-1.450.24272020.2131382399
1.45-1.46840.23731980.2083375599
1.4684-1.48770.19611970.1956374899
1.4877-1.50810.2271990.1906378499
1.5081-1.52960.22911940.1865369499
1.5296-1.55250.21942010.1831380598
1.5525-1.57670.21491900.1757361297
1.5767-1.60260.17992000.1734380299
1.6026-1.63020.18231960.1706373199
1.6302-1.65990.18062000.1629379599
1.6599-1.69180.20571980.1617376099
1.6918-1.72630.17682000.1559379599
1.7263-1.76390.17221980.1507376199
1.7639-1.80490.18451970.1505374999
1.8049-1.850.18891980.154376998
1.85-1.90010.1721960.1449371598
1.9001-1.9560.18641980.14863769100
1.956-2.01910.17011990.1468378999
2.0191-2.09130.17871990.1466377199
2.0913-2.1750.16811990.14563779100
2.175-2.2740.16171990.1414377799
2.274-2.39380.15511960.1398372098
2.3938-2.54380.18371980.1374377199
2.5438-2.74020.17732000.14923803100
2.7402-3.01590.17041990.1578377299
3.0159-3.45210.1631930.1535367297
3.4521-4.34860.14512000.1327379899
4.3486-41.9730.15491980.1443379198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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