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万見
- PDB-6pt3: Crystal structure of the active delta opioid receptor in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pt3
タイトルCrystal structure of the active delta opioid receptor in complex with the small molecule agonist DPI-287
要素Delta opioid receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN/AGONIST / Membrane protein / G protein-coupled receptor / GPCR / DOP / DOR / agonist / active DOP-DPI-287 structure / LCP / MEMBRANE PROTEIN-AGONIST complex
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled enkephalin receptor activity / spine apparatus / positive regulation of CREB transcription factor activity / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / cellular response to toxic substance / receptor serine/threonine kinase binding / neuropeptide binding / eating behavior / neuronal dense core vesicle ...G protein-coupled enkephalin receptor activity / spine apparatus / positive regulation of CREB transcription factor activity / G protein-coupled opioid receptor activity / G protein-coupled opioid receptor signaling pathway / cellular response to toxic substance / receptor serine/threonine kinase binding / neuropeptide binding / eating behavior / neuronal dense core vesicle / regulation of calcium ion transport / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / neuropeptide signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / axon terminus / dendrite membrane / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / adult locomotory behavior / regulation of mitochondrial membrane potential / postsynaptic density membrane / response to nicotine / cellular response to growth factor stimulus / synaptic vesicle membrane / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / cellular response to hypoxia / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / neuron projection / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Delta opioid receptor / Opioid receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OWY / Delta-type opioid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Claff, T. / Yu, J. / Blais, V. / Patel, N. / Martin, C. / Wu, L. / Han, G.W. / Holleran, B.J. / Van der Poorten, O. / Hanson, M.A. ...Claff, T. / Yu, J. / Blais, V. / Patel, N. / Martin, C. / Wu, L. / Han, G.W. / Holleran, B.J. / Van der Poorten, O. / Hanson, M.A. / Sarret, P. / Gendron, L. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Ballet, S. / Liu, Z. / Muller, C.E. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Elucidating the active delta-opioid receptor crystal structure with peptide and small-molecule agonists.
著者: Claff, T. / Yu, J. / Blais, V. / Patel, N. / Martin, C. / Wu, L. / Han, G.W. / Holleran, B.J. / Van der Poorten, O. / White, K.L. / Hanson, M.A. / Sarret, P. / Gendron, L. / Cherezov, V. / ...著者: Claff, T. / Yu, J. / Blais, V. / Patel, N. / Martin, C. / Wu, L. / Han, G.W. / Holleran, B.J. / Van der Poorten, O. / White, K.L. / Hanson, M.A. / Sarret, P. / Gendron, L. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Ballet, S. / Liu, Z.J. / Muller, C.E. / Stevens, R.C.
履歴
登録2019年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Delta opioid receptor
B: Delta opioid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,0904
ポリマ－102,1182
非ポリマー9712
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area37800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.084, 142.101, 157.491
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Delta opioid receptor


分子量: 51059.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P41143*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-OWY / 4-[(R)-[(2S,5R)-4-benzyl-2,5-dimethylpiperazin-1-yl](3-hydroxyphenyl)methyl]-N,N-diethylbenzamide


分子量: 485.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H39N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6
詳細: 32-35% PEG400, 100-110 mM potassium citrate tribasic monohydrate and 100 mM MES pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→49.24 Å / Num. obs: 16342 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 8.67
反射 シェル解像度: 3.3→3.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.889 / Num. unique obs: 2087

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4n6h

4n6h


解像度: 3.3→49.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.526
詳細: THERE ARE SOME UNKNOWN DENSITIES LOCATED NEAR THE LIGAND BINDING SITE ON BOTH A AND B CHAINS THEY HAVE NOT BEEN MODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 781 4.78 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.246 16341 94.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 244.23 Å2 / Biso mean: 133.77 Å2 / Biso min: 87.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--23.3867 Å20 Å20 Å2
2--23.348 Å20 Å2
3---0.0387 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.56 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5646 0 72 0 5718
Biso mean--111.03 --
残基数----752
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2597SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes83HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes859HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5846HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion835SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7233SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5846HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7996HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.2
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.02
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.53 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 131 5 %
Rwork0.237 2488 -
all0.239 2619 -
obs--85.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0786-0.18570.56530.7152-0.50713.5057-0.15650.0262-0.06980.2453-0.00580.011-0.13920.16810.16240.0501-0.00790.0587-0.2649-0.1155-0.28192.9942-36.3644-48.5911
20.6052-0.0348-0.84722.2251-0.08091.8512-0.17120.08750.02440.12730.1212-0.25160.1610.18720.050.1684-0.0038-0.0862-0.3026-0.0242-0.31092.2154-5.7961-40.2
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|999 - A|1106 A|41 - A|329 }A999 - 1106
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|999 - A|1106 A|41 - A|329 }A41 - 329
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|1003 - B|1100 B|1110 - B|1400 }B1003 - 1100
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|1003 - B|1100 B|1110 - B|1400 }B1110 - 1400

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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