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- PDB-6psm: Crystal structure of PsS1_19B C77S in complex with kappa-neocarrabiose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6psm
タイトルCrystal structure of PsS1_19B C77S in complex with kappa-neocarrabiose
要素exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
キーワードHYDROLASE / S1 sulfatase
機能・相同性sulfuric ester hydrolase activity / Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3,6-anhydro-D-galactose / 4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / Sulfatase
機能・相同性情報
生物種Pseudoalteromonas fuliginea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hettle, A.G. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Insights into the kappa / iota-carrageenan metabolism pathway of some marinePseudoalteromonasspecies.
著者: Hettle, A.G. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Vickers, C. / Abe, K.T. / Salama-Alber, O. / McGuire, B.E. / Hehemann, J.H. / Hui, J.P.M. / Berrue, F. / Banskota, A. / Zhang, J. / Bottos, E.M. / ...著者: Hettle, A.G. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Vickers, C. / Abe, K.T. / Salama-Alber, O. / McGuire, B.E. / Hehemann, J.H. / Hui, J.P.M. / Berrue, F. / Banskota, A. / Zhang, J. / Bottos, E.M. / Van Hamme, J. / Boraston, A.B.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
B: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
C: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
D: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
E: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
F: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)322,00041
ポリマ－318,3106
非ポリマー3,69035
水15,961886
1
A: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
B: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,29213
ポリマ－106,1032
非ポリマー1,18911
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area29770 Å2
手法PISA
2
C: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
E: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,35414
ポリマ－106,1032
非ポリマー1,25112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area30130 Å2
手法PISA
3
D: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
F: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,35414
ポリマ－106,1032
非ポリマー1,25112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area29690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.050, 93.050, 300.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPROAA27 - 47323 - 469
21SERSERPROPROBB27 - 47323 - 469
12SERSERGLNGLNAA27 - 47223 - 468
22SERSERGLNGLNCC27 - 47223 - 468
13SERSERPROPROAA27 - 47323 - 469
23SERSERPROPRODD27 - 47323 - 469
14SERSERGLNGLNAA27 - 47223 - 468
24SERSERGLNGLNEE27 - 47223 - 468
15SERSERPROPROAA27 - 47323 - 469
25SERSERPROPROFF27 - 47323 - 469
16SERSERGLNGLNBB27 - 47223 - 468
26SERSERGLNGLNCC27 - 47223 - 468
17SERSERPROPROBB27 - 47323 - 469
27SERSERPROPRODD27 - 47323 - 469
18SERSERGLNGLNBB27 - 47223 - 468
28SERSERGLNGLNEE27 - 47223 - 468
19SERSERPROPROBB27 - 47323 - 469
29SERSERPROPROFF27 - 47323 - 469
110SERSERPROPROCC27 - 47323 - 469
210SERSERPROPRODD27 - 47323 - 469
111ALAALAPROPROCC26 - 47322 - 469
211ALAALAPROPROEE26 - 47322 - 469
112ALAALAPROPROCC26 - 47322 - 469
212ALAALAPROPROFF26 - 47322 - 469
113SERSERPROPRODD27 - 47323 - 469
213SERSERPROPROEE27 - 47323 - 469
114SERSERPROPRODD27 - 47323 - 469
214SERSERPROPROFF27 - 47323 - 469
115ALAALAPROPROEE26 - 47322 - 469
215ALAALAPROPROFF26 - 47322 - 469

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABCDEF

#1: タンパク質
exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase


分子量: 53051.590 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas fuliginea (バクテリア)
株: PS47 / 遺伝子: EU509_08890 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A063KLJ9*PLUS
#3: 糖
ChemComp-G4S / 4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / 4-O-sulfo-beta-D-galactose / 4-O-sulfo-D-galactose / 4-O-sulfo-galactose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O9S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGalp[4S]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
4-sulfo-b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Galp4SO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 915分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-9RN / 3,6-anhydro-D-galactose / 3,6-アンヒドロ-α-D-ガラクトピラノ-ス


分子量: 162.141 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O5
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 886 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, ZnCl2, gly-gly, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.19 Å / Num. obs: 211230 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 1.178 / Num. unique obs: 10521 / CC1/2: 0.824

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PRM

6prm


解像度: 1.95→48.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.878 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.14
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2122 10434 4.9 %RANDOM
Rwork0.1924 ---
obs0.1934 200795 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.37 Å2 / Biso mean: 19.38 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20.38 Å20 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----2.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→48.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21147 0 194 886 22227
Biso mean--19.74 19.96 -
残基数----2681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01321906
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01719692
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.431.66429628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3141.59145810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.21452680
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40722.5321181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.868153620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.65515132
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.22714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0224638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024750
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A15407
12B15407
21A15361
22C15361
31A15263
32D15263
41A15383
42E15383
51A15360
52F15360
61B15354
62C15354
71B15243
72D15243
81B15295
82E15295
91B15284
92F15284
101C15220
102D15220
111C15384
112E15384
121C15276
122F15276
131D15260
132E15260
141D15213
142F15213
151E15345
152F15345
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 740 -
Rwork0.243 14821 -
all-15561 -
obs--99.17 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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