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- PDB-6psd: Complex of CRACR2a with a Dynein Light Intermediate Chain Peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6psd
タイトルComplex of CRACR2a with a Dynein Light Intermediate Chain Peptide
要素
  • EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
  • cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
キーワードMOTOR PROTEIN / Effector
機能・相同性
機能・相同性情報


response to histamine / early endosome to recycling endosome transport / store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / dynein heavy chain binding / Weibel-Palade body / regulation of vesicle-mediated transport / positive regulation of calcium ion transport ...response to histamine / early endosome to recycling endosome transport / store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / dynein heavy chain binding / Weibel-Palade body / regulation of vesicle-mediated transport / positive regulation of calcium ion transport / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / cytoplasmic dynein complex / endosomal transport / microtubule-based movement / microtubule organizing center / ficolin-1-rich granule membrane / immunological synapse / COPI-mediated anterograde transport / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / positive regulation of JNK cascade / RHO GTPases Activate Formins / kinetochore / Aggrephagy / microtubule cytoskeleton organization / specific granule lumen / endocytic vesicle membrane / Separation of Sister Chromatids / recycling endosome membrane / HCMV Early Events / spindle pole / GDP binding / vesicle / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / adaptive immune response / microtubule / Golgi membrane / cell division / GTPase activity / calcium ion binding / centrosome / Neutrophil degranulation / GTP binding / RNA binding / extracellular region / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dynein 1 light intermediate chain / Dynein family light intermediate chain / Dynein light intermediate chain (DLIC) / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase ...Dynein 1 light intermediate chain / Dynein family light intermediate chain / Dynein light intermediate chain (DLIC) / : / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTPase Rab domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / EF-hand domain pair / Rab subfamily of small GTPases / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light intermediate chain / EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B / Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Dominguez, R. / Lee, I.G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: A tunable LIC1-adaptor interaction modulates dynein activity in a cargo-specific manner.
著者: Lee, I.G. / Cason, S.E. / Alqassim, S.S. / Holzbaur, E.L.F. / Dominguez, R.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
C: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
A: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
G: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
I: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
K: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
M: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
O: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
F: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
D: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
B: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
H: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
J: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
L: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
N: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
P: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,40524
ポリマ－90,08516
非ポリマー3218
水86548
1
E: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
F: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3013
ポリマ－11,2612
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area5190 Å2
手法PISA
2
C: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
D: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3013
ポリマ－11,2612
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area5310 Å2
手法PISA
3
A: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
B: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3013
ポリマ－11,2612
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area5380 Å2
手法PISA
4
G: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
H: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3013
ポリマ－11,2612
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area5190 Å2
手法PISA
5
I: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
J: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3013
ポリマ－11,2612
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1200 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area5570 Å2
手法PISA
6
K: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
L: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3013
ポリマ－11,2612
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5500 Å2
手法PISA
7
M: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
N: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3013
ポリマ－11,2612
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5480 Å2
手法PISA
8
O: EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B
P: cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3013
ポリマ－11,2612
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area5300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.290, 161.990, 56.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14A
24I
15A
25K
16A
26M
17A
27O
18C
28E
19C
29G
110C
210I
111C
211K
112C
212M
113C
213O
114E
214G
115E
215I
116E
216K
117E
217M
118E
218O
119G
219I
120G
220K
121G
221M
122G
222O
123I
223K
124I
224M
125I
225O
126K
226M
127K
227O
128M
228O
129B
229D
130B
230F
131B
231H
132B
232J
133B
233L
134B
234N
135B
235P
136D
236F
137D
237H
138D
238J
139D
239L
140D
240N
141D
241P
142F
242H
143F
243J
144F
244L
145F
245N
146F
246P
147H
247J
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248L
149H
249N
150H
250P
151J
251L
152J
252N
153J
253P
154L
254N
155L
255P
156N
256P

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A48 - 118
2010C48 - 118
1020A47 - 119
2020E47 - 119
1030A48 - 117
2030G48 - 117
1040A48 - 118
2040I48 - 118
1050A47 - 119
2050K47 - 119
1060A48 - 118
2060M48 - 118
1070A47 - 117
2070O47 - 117
1080C48 - 118
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1090C48 - 117
2090G48 - 117
10100C48 - 119
20100I48 - 119
10110C48 - 118
20110K48 - 118
10120C48 - 119
20120M48 - 119
10130C48 - 117
20130O48 - 117
10140E48 - 117
20140G48 - 117
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20150I48 - 118
10160E47 - 119
20160K47 - 119
10170E48 - 118
20170M48 - 118
10180E47 - 117
20180O47 - 117
10190G48 - 117
20190I48 - 117
10200G48 - 117
20200K48 - 117
10210G48 - 117
20210M48 - 117
10220G48 - 117
20220O48 - 117
10230I48 - 118
20230K48 - 118
10240I48 - 119
20240M48 - 119
10250I48 - 117
20250O48 - 117
10260K48 - 118
20260M48 - 118
10270K47 - 117
20270O47 - 117
10280M48 - 117
20280O48 - 117
10290B441 - 452
20290D441 - 452
10300B442 - 452
20300F442 - 452
10310B441 - 452
20310H441 - 452
10320B441 - 452
20320J441 - 452
10330B441 - 452
20330L441 - 452
10340B441 - 452
20340N441 - 452
10350B441 - 453
20350P441 - 453
10360D442 - 453
20360F442 - 453
10370D440 - 452
20370H440 - 452
10380D440 - 452
20380J440 - 452
10390D440 - 454
20390L440 - 454
10400D441 - 453
20400N441 - 453
10410D441 - 452
20410P441 - 452
10420F442 - 452
20420H442 - 452
10430F442 - 452
20430J442 - 452
10440F442 - 453
20440L442 - 453
10450F442 - 453
20450N442 - 453
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20460P442 - 452
10470H440 - 452
20470J440 - 452
10480H440 - 452
20480L440 - 452
10490H441 - 452
20490N441 - 452
10500H441 - 452
20500P441 - 452
10510J440 - 452
20510L440 - 452
10520J441 - 452
20520N441 - 452
10530J441 - 452
20530P441 - 452
10540L441 - 453
20540N441 - 453
10550L441 - 452
20550P441 - 452
10560N441 - 452
20560P441 - 452

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
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36
37
38
39
40
41
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47
48
49
50
51
52
53
54
55
56

-
要素

#1: タンパク質
EF-hand calcium-binding domain-containing protein 4B / Calcium release-activated calcium channel regulator 2A / CRAC channel regulator 2A / Calcium ...Calcium release-activated calcium channel regulator 2A / CRAC channel regulator 2A / Calcium release-activated channel regulator 2A


分子量: 8671.653 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRACR2A, EFCAB4B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BSW2
#2: タンパク質・ペプチド
cDNA FLJ10219 fis, clone HEMBA1007018, highly similar to Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 1


分子量: 2588.954 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B3KM42, UniProt: Q9Y6G9*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% w/v polyethylene glycol 10,000, 0.5 M Bis-Tris, pH 6.5, and 10 mM CoCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.338
11L, -K, H20.662
反射解像度: 2.66→43.352 Å / Num. obs: 28181 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.359 / Rpim(I) all: 0.114 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.66→2.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.953 / Num. unique obs: 2798 / CC1/2: 0.44 / Rpim(I) all: 0.33

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.66→43.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 26.303 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2324 2742 10.3 %RANDOM
Rwork0.1971 ---
obs0.2008 23908 92.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 152.3 Å2 / Biso mean: 63.405 Å2 / Biso min: 20.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.86 Å20 Å26.42 Å2
2--8.96 Å20 Å2
3----6.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.66→43.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5543 0 8 49 5600
Biso mean--49.51 42.19 -
残基数----691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0195654
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.025250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.9547575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.794312081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7915674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.7724.872312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.92715971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6271524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.021420
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A65960.28
12C65960.28
21A68460.27
22E68460.27
31A66100.28
32G66100.28
41A65320.27
42I65320.27
51A67560.26
52K67560.26
61A63200.28
62M63200.28
71A66060.26
72O66060.26
81C65360.26
82E65360.26
91C64860.28
92G64860.28
101C66220.28
102I66220.28
111C66740.27
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121C67900.25
122M67900.25
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132O64240.27
141E64700.27
142G64700.27
151E67140.28
152I67140.28
161E67760.26
162K67760.26
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172M66240.26
181E67780.26
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191G65540.28
192I65540.28
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221G63760.28
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231I65100.28
232K65100.28
241I66760.27
242M66760.27
251I63720.29
252O63720.29
261K65200.27
262M65200.27
271K64900.27
272O64900.27
281M61940.28
282O61940.28
291B9840.22
292D9840.22
301B9260.18
302F9260.18
311B9920.24
312H9920.24
321B10520.19
322J10520.19
331B10340.2
332L10340.2
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342N10120.25
351B10780.26
352P10780.26
361D9520.23
362F9520.23
371D10160.26
372H10160.26
381D10540.21
382J10540.21
391D12100.26
392L12100.26
401D10100.28
402N10100.28
411D9240.27
412P9240.27
421F8720.25
422H8720.25
431F9220.2
432J9220.2
441F9800.2
442L9800.2
451F9920.26
452N9920.26
461F8740.25
462P8740.25
471H10420.23
472J10420.23
481H10540.28
482L10540.28
491H9080.29
492N9080.29
501H9560.28
502P9560.28
511J10680.22
512L10680.22
521J9820.25
522N9820.25
531J9820.26
532P9820.26
541L10340.24
542N10340.24
551L9920.24
552P9920.24
561N9560.28
562P9560.28
LS精密化 シェル解像度: 2.663→2.732 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 122 -
Rwork0.255 980 -
all-1102 -
obs--50.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0020.3318-0.11290.1220.03820.53640.2033-0.1942-0.03520.0436-0.0631-0.0279-0.0874-0.0744-0.14020.232-0.0173-0.03520.24880.07620.30831.090533.5858-38.1257
22.4062-1.73341.20921.6664-1.35751.18510.15550.347-0.06060.0678-0.1330.0121-0.09430.0298-0.02250.17890.0094-0.12790.29720.09290.3087-24.157441.3951-8.1904
31.06870.8257-0.58550.6512-0.47891.5685-0.0670.0754-0.0345-0.07480.0054-0.0571-0.0971-0.0210.06160.17090.0346-0.02810.24380.17360.30146.155842.7157-7.9343
40.6540.0468-1.01150.62480.85962.96350.0149-0.18170.0033-0.1708-0.14490.0929-0.26160.08250.130.55420.05170.1060.09360.01960.1293-18.980110.12223.1882
50.5997-0.9130.6261.9717-1.84372.0847-0.12260.0906-0.01560.0585-0.1337-0.1287-0.0269-0.00910.25630.16550.0126-0.11370.23730.11390.3279-25.866432.6837-38.9496
60.4807-0.6468-0.15121.3308-0.15831.0268-0.07640.06950.12160.061-0.03820.04230.12780.12780.11470.34140.0252-0.0440.1610.07690.2845-14.22710.9954-27.1798
70.5155-1.0767-0.15292.25910.34022.41980.09990.0745-0.0165-0.1857-0.17830.06140.0740.19960.07840.47940.05090.02310.1124-0.03650.1343-6.9905-14.7582-37.3241
80.1168-0.58580.5883.3785-3.17953.10490.12220.01680.0158-0.2627-0.11010.16860.39990.1536-0.01220.58820.06040.14250.11660.01990.1683-13.654-15.1251-7.6408
91.16720.0466-2.33818.26663.23436.09160.1094-0.2050.08290.1184-0.09460.1945-0.01240.3711-0.01480.2881-0.06050.04230.25760.07060.251110.128335.5704-36.8569
108.04633.2057-1.51346.18311.01519.68440.08150.07420.5271-0.3073-0.3330.7072-0.7663-0.260.25150.08050.037-0.06270.22040.10340.235-15.231743.1595-8.3014
111.12951.3967-1.97595.67991.73457.8741-0.12360.21260.0813-0.07760.395-0.03450.2711-0.2265-0.27140.15030.0316-0.03750.16170.01810.3481-3.183443.1488-7.6056
124.8858-2.89740.59526.38032.38781.7020.25630.2992-0.02640.0875-0.26560.06260.11860.03980.00920.5124-0.0220.02930.21350.02350.076-17.774611.6043-6.0815
130.27031.11780.28396.9903-2.4575.91140.0393-0.1267-0.01980.3192-0.2767-0.2014-0.2276-0.44430.23740.15470.0204-0.10150.19920.03520.3778-34.876830.9819-37.5684
146.2361.12852.64044.7909-1.02981.6199-0.1991-0.27060.49510.2472-0.00760.0748-0.1255-0.12860.20660.37720.05690.01510.1461-0.0120.1393-14.139512.1424-18.0417
150.6356-2.0178-1.55356.41054.93213.7982-0.1315-0.14360.09330.29890.4033-0.27190.20430.3442-0.27190.36010.1090.10680.1068-0.06490.1624-7.0956-14.944-27.9332
164.7587-0.56430.19566.24620.01580.01470.0482-0.7666-0.084-0.2774-0.0231-0.14460.0541-0.0202-0.02510.49490.09730.0360.2245-0.0230.0828-8.4215-14.883-15.2145
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A47 - 307
2X-RAY DIFFRACTION2C48 - 305
3X-RAY DIFFRACTION3E47 - 307
4X-RAY DIFFRACTION4G48 - 201
5X-RAY DIFFRACTION5I48 - 306
6X-RAY DIFFRACTION6K47 - 308
7X-RAY DIFFRACTION7M48 - 303
8X-RAY DIFFRACTION8O47 - 302
9X-RAY DIFFRACTION9B442 - 454
10X-RAY DIFFRACTION10D440 - 504
11X-RAY DIFFRACTION11F442 - 502
12X-RAY DIFFRACTION12H440 - 501
13X-RAY DIFFRACTION13J439 - 502
14X-RAY DIFFRACTION14L440 - 454
15X-RAY DIFFRACTION15N441 - 454
16X-RAY DIFFRACTION16P441 - 502

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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