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万見
- PDB-6prm: Crystal structure of apo PsS1_19B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6prm
タイトルCrystal structure of apo PsS1_19B
要素exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
キーワードHYDROLASE / S1 sulfatase
機能・相同性Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / sulfuric ester hydrolase activity / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Sulfatase
機能・相同性情報
生物種Pseudoalteromonas fuliginea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hettle, A.G. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Insights into the kappa / iota-carrageenan metabolism pathway of some marinePseudoalteromonasspecies.
著者: Hettle, A.G. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Vickers, C. / Abe, K.T. / Salama-Alber, O. / McGuire, B.E. / Hehemann, J.H. / Hui, J.P.M. / Berrue, F. / Banskota, A. / Zhang, J. / Bottos, E.M. / ...著者: Hettle, A.G. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Vickers, C. / Abe, K.T. / Salama-Alber, O. / McGuire, B.E. / Hehemann, J.H. / Hui, J.P.M. / Berrue, F. / Banskota, A. / Zhang, J. / Bottos, E.M. / Van Hamme, J. / Boraston, A.B.
履歴
登録2019年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
B: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
C: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
D: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,4318
ポリマ－212,2714
非ポリマー1604
水1,874104
1
A: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
B: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2154
ポリマ－106,1352
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area29900 Å2
手法PISA
2
C: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
D: exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,2154
ポリマ－106,1352
非ポリマー802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area29890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.510, 88.580, 106.600
Angle α, β, γ (deg.)82.220, 79.850, 84.200
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPROAA27 - 47323 - 469
21SERSERPROPROBB27 - 47323 - 469
12SERSERPROPROAA27 - 47323 - 469
22SERSERPROPROCC27 - 47323 - 469
13LYSLYSGLNGLNAA28 - 47224 - 468
23LYSLYSGLNGLNDD28 - 47224 - 468
14SERSERPROPROBB27 - 47323 - 469
24SERSERPROPROCC27 - 47323 - 469
15LYSLYSGLNGLNBB28 - 47224 - 468
25LYSLYSGLNGLNDD28 - 47224 - 468
16LYSLYSGLNGLNCC28 - 47224 - 468
26LYSLYSGLNGLNDD28 - 47224 - 468

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
exo-4S-kappa carrageenan S1 sulfatase


分子量: 53067.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas fuliginea (バクテリア)
株: PS47 / 遺伝子: EU509_08890 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A063KLJ9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium acetate trihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→104.2 Å / Num. obs: 58432 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.334 / Num. unique obs: 4508

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BIA

6bia


解像度: 2.5→47.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 13.753 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.353
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2731 2912 5 %RANDOM
Rwork0.2376 ---
obs0.2393 55519 97.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.88 Å2 / Biso mean: 30.899 Å2 / Biso min: 4.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.19 Å2-1.26 Å21.48 Å2
2--0.9 Å21.41 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13985 0 4 104 14093
Biso mean--37.19 19.3 -
残基数----1787
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01314360
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4261.65119437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1931.58229780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.56251789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.50622.462780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.094152327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7291588
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.21754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023166
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A151330.02
12B151330.02
21A151830.02
22C151830.02
31A151520.03
32D151520.03
41B151290.02
42C151290.02
51B151440.02
52D151440.02
61C151440.03
62D151440.03
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 192 -
Rwork0.308 4094 -
all-4286 -
obs--96.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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