PDB-6pr3: D262A/S128A S. typhimurium siroheme synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pr3

タイトル

D262A/S128A S. typhimurium siroheme synthase

要素

Siroheme synthase

キーワード

TRANSFERASE / precorrin-2 / tetrapyrrole biosynthesis / CysG

機能・相同性

機能・相同性情報

precorrin-2 dehydrogenase / precorrin-2 dehydrogenase activity / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrin-III C-methyltransferase activity / sirohydrochlorin ferrochelatase / sirohydrochlorin ferrochelatase activity / siroheme biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / NAD binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Pennington, J.M. / Stroupe, M.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Siroheme synthase orients substrates for dehydrogenase and chelatase activities in a common active site.
著者: Pennington, J.M. / Kemp, M. / McGarry, L. / Chen, Y. / Stroupe, M.E.

履歴

登録	2019年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/6pr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/6pr3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6p5xC 6p5zC 6p7cC 6p7dC 6pqzC 6pr0C 6pr1C 6pr2C 6pr4C 6uluC 6vebC 1pjsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pr4-d 6p7c-d 6ulu-d 6pqz-d 6veb-d 6j0w-d 5xcr-d 6p7d-d 5hft-d 4coh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Siroheme synthase

B: Siroheme synthase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.276, 98.944, 146.312
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Siroheme synthase 分子量: 50146.492 Da / 分子数: 2 / 変異: D262A, S128A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_ ...遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_23535, D7H43_21790, DJ388_17225, E2F01_22980, FCJ89_03505, FGA22_01875, FGA24_01980, FGA25_01865, FGA26_01870, GW08_22845, JO10_22525, LZ63_24065, NCTC13348_03825, NG18_22490, NU83_22495, QA89_22165, QB40_24005, QD15_23475, RJ78_23420, SE14_03689, Y934_21155, YG50_22125, YI33_23225, YR17_23015, ZC54_23835 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F7JCI1, UniProt: P25924*PLUS, uroporphyrinogen-III C-methyltransferase, precorrin-2 dehydrogenase, sirohydrochlorin ferrochelatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 4-14% PEG 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 5.0, 500mM sodium chloride, 7 mM 2-Mercaptoethanol (BME)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→35.2 Å / Num. obs: 61240 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 34.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.146 / R_pim(I) all: 0.05876 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 1.96→2.03 Å / Num. unique obs: 5525 / R_pim(I) all: 0.452

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PJS

1pjs

解像度: 1.96→35.2 Å / SU ML: 0.2019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5715

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2146	1999	3.27 %
R_work	0.1672	-	-
obs	0.1687	61185	98.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→35.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6965	0	2	462	7429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7177
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8961	9734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0566	1119
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	1277
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9094	5968

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.01	0.3048	121	0.2427	3589	X-RAY DIFFRACTION	84.99
2.01-2.07	0.2761	141	0.2113	4168	X-RAY DIFFRACTION	97.53
2.07-2.13	0.2285	142	0.1961	4198	X-RAY DIFFRACTION	98.79
2.13-2.2	0.2698	142	0.1944	4217	X-RAY DIFFRACTION	98.6
2.2-2.27	0.2216	142	0.1859	4205	X-RAY DIFFRACTION	99.2
2.27-2.37	0.2664	143	0.1837	4236	X-RAY DIFFRACTION	98.96
2.37-2.47	0.2418	143	0.1793	4222	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.47-2.6	0.2098	143	0.1726	4243	X-RAY DIFFRACTION	99.28
2.6-2.77	0.2148	144	0.1748	4267	X-RAY DIFFRACTION	99.55
2.77-2.98	0.2274	146	0.1796	4307	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.98-3.28	0.2417	145	0.1743	4314	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.28-3.75	0.1936	146	0.1557	4330	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.75-4.73	0.187	148	0.1344	4382	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.73-35.2	0.199	153	0.1663	4508	X-RAY DIFFRACTION	98.48

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.72308008336	1.49941166198	-0.70116542892	2.43227389882	-0.584216251506	1.96245927731	-0.0571891812921	0.0384278062914	-0.154551338312	-0.0257492627208	0.00162031587152	-0.0232690349341	0.211990138207	0.0691798750846	0.0538641328261	0.169330920357	0.0350668344341	-0.00968194201634	0.202976971544	-0.0415554981381	0.217035840218	58.4769585221	-20.9842494377	47.4173886168
2	2.80415017577	0.261799365474	1.86459908208	2.14115913135	0.452721279925	5.83053033982	0.156372923535	-0.337547572254	-0.392264100566	-0.157111717419	0.114772208917	-0.180835544876	0.869155458576	-0.525063779173	-0.188551820836	0.309425216719	-0.0190307513853	0.00278037014317	0.382189491931	0.0197095576149	0.344898317086	78.5007559626	-23.9982402891	38.3813738138
3	3.67429343766	-0.417485504129	0.601573504722	3.36050978003	0.0151895086737	3.34803488442	-0.0875096378505	-0.292698906423	-0.094464711299	-0.0539831192352	0.0256791864661	0.0992201672366	-0.15694185853	-0.295092228237	0.0588721864929	0.210922547792	-0.000126206280147	0.0100768211018	0.369602371082	-0.0371327159266	0.200424666753	95.6250416107	-13.941386662	54.5123732978
4	1.05778812059	-0.526924843318	-0.16270427393	1.14966859551	-0.696066671491	0.758740273805	-0.0122169073167	-0.315719490926	0.214162589069	0.36138851419	-0.00570419157057	0.0425846756243	-0.179808180892	-0.0170418313355	0.0216685368868	0.343874253459	-0.0459167705691	0.0844985434719	0.254069896601	-0.0752874853569	0.252021499404	95.7044999722	-3.10362526675	33.1963855727
5	1.88589707098	-0.743022192396	0.270250672514	1.63583333528	0.37325056237	3.00740577096	0.0898125219963	-0.125014483132	0.779050575572	0.189232655316	-0.0611739384071	0.171381836177	-0.938623013698	-0.0665921751799	0.0365426769118	0.536266455724	-0.0300290712955	0.114945130931	0.307988063497	-0.0843760154938	0.522461617306	95.9819446679	5.59915263813	28.3222933687
6	4.17194013272	1.94429404597	-0.00385619796395	3.66737527888	-1.27764463462	3.04898944505	-0.171777135132	0.355360477826	0.259640166513	-0.466539022022	0.115822060332	-0.0634686143564	0.122361658277	0.290733392619	0.0600171228789	0.271196187559	0.00687613025886	0.0164579764598	0.26038748164	0.0346390457355	0.235205444714	101.55288761	-3.51407512417	4.84849123477
7	1.57739142168	0.760697078735	-0.127131091918	2.65278442949	-1.65948961586	3.17081085238	-0.0350811118421	0.472555777187	0.299002240035	-0.305445187477	0.196399312581	0.227163894642	0.0241947232933	-0.243697597504	-0.1723026733	0.288466568349	0.0127325495563	-0.00847431747189	0.314908637183	0.0724133474184	0.260429145088	95.7403857747	1.07854983765	-1.34864794013
8	0.433692702376	0.557662803004	-0.122463721884	3.0201074934	-0.596135065576	0.813609718298	0.0885249076335	0.361232241364	0.0458124297027	-0.390643562736	0.0974323532549	0.80103211008	0.373899916926	-0.596719520151	-0.0818637800327	0.403512411491	-0.0608495872543	-0.053420023133	0.412755215929	0.0552113069156	0.375511354158	90.3739697615	-8.33169148546	2.68398652571
9	1.10805179983	0.0814545834541	-0.372242756649	1.96164027397	0.756982078905	2.1620929073	-0.0777212839749	0.132684097304	0.129492054471	-0.254348949588	0.127238261017	0.0809749032921	-0.0919956083604	0.0464781739808	-0.0319998478446	0.172437855242	-0.0568515201917	-0.0335369007808	0.207839851893	0.0473341088395	0.213492084802	73.0376158665	-9.20210341911	35.4621432935
10	2.70354927746	0.813622803216	-0.299783708491	3.3616495329	-1.38224982967	2.67565755643	-0.0347559595456	-0.011747970038	-0.121236960472	-0.33608843186	-0.224971960484	-0.440834004267	0.368461357314	0.360807397109	0.123194258885	0.261780438393	0.0656985550995	0.069228512979	0.224725203613	0.0107629728242	0.248160790066	107.636363653	-14.121673828	15.1601019918

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 115 through 148 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 149 through 209 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 210 through 247 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 248 through 331 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 332 through 367 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 368 through 432 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 433 through 457 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 209 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 210 through 457 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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