PDB-6pr2: R261A/S128A S. typhimurium siroheme synthase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pr2

タイトル

R261A/S128A S. typhimurium siroheme synthase

要素

Siroheme synthase

キーワード

TRANSFERASE / precorrin-2 / tetrapyrrole biosynthesis / CysG

機能・相同性

機能・相同性情報

precorrin-2 dehydrogenase / precorrin-2 dehydrogenase activity / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrin-III C-methyltransferase activity / sirohydrochlorin ferrochelatase / sirohydrochlorin ferrochelatase activity / siroheme biosynthetic process / cobalamin biosynthetic process / NAD binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Pennington, J.M. / Stroupe, M.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Siroheme synthase orients substrates for dehydrogenase and chelatase activities in a common active site.
著者: Pennington, J.M. / Kemp, M. / McGarry, L. / Chen, Y. / Stroupe, M.E.

履歴

登録	2019年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6pr2.ent.gz	302.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6pr2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pr2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6pr2_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	6pr2_validation.cif.gz	52.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/6pr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/6pr2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6p5xC 6p5zC 6p7cC 6p7dC 6pqzC 6pr0C 6pr1C 6pr3C 6pr4C 6uluC 6vebC 1pjsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pr4-d 1pjt-d 6xi9-d 6ulu-d 6p7c-d 6pr0-d 1pjs-d 3fat-d 1h2t-d 6eg8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Siroheme synthase

B: Siroheme synthase

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.438, 99.758, 146.587
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Siroheme synthase 分子量: 50104.383 Da / 分子数: 2 / 変異: R261A, S128A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_ ...遺伝子: cysG, cobA, AAP89_23165, ABO94_22995, AF480_23265, AF488_22710, AF489_21700, AIC76_23675, AXR84_23260, AXU58_22185, C2253_19735, CD48_22680, CE87_23070, CET98_25025, CVR97_13625, D7F20_23535, D7H43_21790, DJ388_17225, E2F01_22980, FCJ89_03505, FGA22_01875, FGA24_01980, FGA25_01865, FGA26_01870, GW08_22845, JO10_22525, LZ63_24065, NCTC13348_03825, NG18_22490, NU83_22495, QA89_22165, QB40_24005, QD15_23475, RJ78_23420, SE14_03689, Y934_21155, YG50_22125, YI33_23225, YR17_23015, ZC54_23835 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0F7JCI1, UniProt: P25924*PLUS, uroporphyrinogen-III C-methyltransferase, precorrin-2 dehydrogenase, sirohydrochlorin ferrochelatase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 4-14% PEG 4000, 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 5.0, 500mM sodium chloride, 7 mM 2-Mercaptoethanol (BME)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→41.24 Å / Num. obs: 47523 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.2836 / R_pim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 25.8
反射シェル	解像度: 2.16→2.237 Å / Num. unique obs: 4664 / R_pim(I) all: 0.696

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PJS

1pjs

解像度: 2.16→41.24 Å / SU ML: 0.2265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5583

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.216	1254	2.64 %
R_work	0.1656	-	-
obs	0.1669	47501	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→41.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6910	0	15	311	7236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0077	7115
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9692	9650
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0593	1111
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0058	1263
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.2087	5912

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.16-2.25	0.2789	138	0.221	5052	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.25-2.35	0.2464	137	0.2153	5081	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.35-2.47	0.2674	138	0.1937	5086	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.47-2.63	0.2459	137	0.1812	5080	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.63-2.83	0.2341	140	0.1775	5120	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.83-3.12	0.2393	138	0.1809	5113	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.12-3.57	0.2371	139	0.1676	5137	X-RAY DIFFRACTION	100
3.57-4.49	0.1712	141	0.139	5203	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.49-41.24	0.2004	146	0.1547	5375	X-RAY DIFFRACTION	99.14

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.48479448153	1.51969259846	0.00824199921982	3.2740307416	-0.233450661603	1.98078511977	0.0747674363841	-0.134789491643	-0.295547170438	0.0112107912246	-0.0277202504841	-0.0497845589529	0.252800953478	0.0154246974102	-0.0233955296183	0.198674384132	0.0110998878806	-0.0170125162393	0.220001926034	-0.0299353210137	0.251921702424	59.0810788678	-20.9828688193	47.6140959999
2	3.94563596773	1.39973439363	2.40549162238	0.783912695244	0.322156395167	4.64506990556	-0.0282437041579	-0.47625961858	0.0206286366306	-0.0891549093764	-0.160019573586	0.0565632791216	0.0876814677546	-0.451029761999	0.0843874024815	0.234597145871	0.0631472428369	0.0264376321757	0.320962016697	-0.0356720495074	0.26805262391	86.7449043911	-16.4420317189	46.4199705146
3	3.41198645211	0.897314100747	0.26342148862	4.32616276946	-0.00754278255413	2.73286965685	0.0320100695854	-0.745889556263	-0.442857576639	0.162737277587	-0.155990550398	0.114790551691	0.431388736808	-0.0717223396561	0.117359183661	0.31488906867	-0.0578261125093	0.0214272509729	0.471928899027	0.00707362505204	0.331815679386	100.533305188	-19.487259513	57.0930140476
4	0.900651367487	-0.451089280384	-0.0781315048428	1.01915674525	-0.861270043111	1.08902997016	-0.0410899889601	-0.310592575887	0.166316238991	0.318234671173	0.0660644897732	-0.0205518957911	-0.630406513791	-0.0499701766539	-0.0328468297537	0.568554049821	-0.0157937469878	0.0948606897699	0.35052261855	-0.0570510126059	0.326210020348	96.0878711218	-3.31690707853	33.4636790348
5	1.97087715463	-0.434029866238	0.381061503512	1.75311577201	0.820904077501	3.07287443974	0.0585464319418	-0.173942337167	0.888836043406	0.221868888707	0.0126418014468	0.372353436732	-1.11127636595	-0.0183984552772	0.0102544212358	0.838484822374	-0.00936101976045	0.137496923475	0.365477474949	-0.0922126824936	0.671938308329	96.1851670502	5.41937774655	28.703222974
6	4.34470908041	2.60553248212	0.125193523528	3.3393029886	-1.32325195994	2.82292170015	-0.250553545048	0.33340733047	0.451942627349	-0.648433498205	0.115379492451	0.176968635938	0.170977114936	0.30696325663	0.0675862572389	0.35790174748	0.00389077846939	0.030439490118	0.334288744492	0.0597467290763	0.291149152151	101.70246496	-3.9795535067	4.79084042775
7	1.97013185661	0.474057137156	-0.549617557274	2.93582479857	-2.48856988673	4.06274622183	-0.0220637221688	0.512890491751	0.197466218687	-0.370917099515	0.22860211679	0.286087821521	0.1827138258	-0.393478071686	-0.15208785232	0.326649174448	-0.00292210126202	-0.0325625412145	0.370785234129	0.0780417492856	0.301970317829	94.7262423873	-1.69884095158	-0.127942529024
8	2.63443487671	1.86605925224	-0.168552190283	4.59036319075	0.846044859837	2.41329601679	-0.0185652819358	0.117596929205	0.46025065284	-0.384032730581	0.147333033799	0.216840227215	-0.368920593947	0.08889908055	-0.103473958626	0.285787843611	-0.0220713153043	0.0166384606811	0.221063449438	-0.0120570161321	0.379165171398	69.0825390973	2.68622318771	43.538129679
9	1.07189587361	-0.661103654126	-0.912084052913	1.6904207753	0.670404864285	1.17047333771	0.0192649705122	-0.215741553574	0.176418533726	0.0523795140667	0.128844278551	-0.170200442049	-0.217897058811	0.468246539711	-0.0669988968764	0.244602152129	-0.0548019872512	-0.00153540564257	0.380477169526	-0.0814839180736	0.348890593391	75.7699293214	-9.26027767527	44.5233771916
10	1.90925681924	-0.263388038634	1.0802629897	2.37841033331	-0.755558377131	3.70178184245	-0.0712197893106	0.464796697344	-0.0942739090563	-0.638826131527	0.235871419542	0.27483647126	0.478506737156	0.0274360314067	-0.0924667729317	0.389114510909	-0.0933269791655	-0.0117880166074	0.429936203477	0.0206924310273	0.326715588959	77.2290410121	-23.6865547596	21.5161488599
11	2.24925616114	-0.0840229310779	0.0428397101844	3.55914976788	0.433971965918	3.2285344116	0.0406394245703	-0.280076430785	-0.541827840134	0.00625838337643	0.0280556246639	0.0979816919946	0.695696244969	0.0116516218198	-0.0228158401251	0.399613216775	-0.00537274306875	-0.000982256549137	0.212228065485	0.0539168470722	0.311078282136	97.236102026	-26.0221634301	20.5662893633
12	2.7225125477	0.781211971407	-0.500599493996	3.17994906328	-2.23201345746	3.1927159863	-0.0535010334842	0.133631760039	-0.0415612202479	-0.234430662897	-0.303582452625	-0.637074856218	0.086125799353	0.632439379936	0.210861923387	0.282781031971	0.0578489853113	0.0304865394582	0.372268376912	0.0571563832187	0.383442586602	111.42927944	-9.75094867786	13.2747452653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 114 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 115 through 184 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 185 through 209 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 210 through 247 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 248 through 331 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 332 through 367 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 368 through 456 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 96 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 97 through 132 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 133 through 209 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 210 through 278 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 279 through 455 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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