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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pqr | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HzTransib/intact TIR substrate DNA pre-reaction complex (PRC) | ||||||
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![]() | recombination/dna / RAG-like transposase / DDE family enzyme / Transib / Terminal inverted repeat. / RECOMBINATION / recombination-dna complex | ||||||
機能・相同性 | metal ion binding / : / DNA / DNA (> 10) / Putative DNA-mediated transposase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Liu, C. / Yang, Y. / Schatz, D.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of a RAG-like transposase during cut-and-paste transposition. 著者: Chang Liu / Yang Yang / David G Schatz / ![]() 要旨: Transposons have had a pivotal role in genome evolution and are believed to be the evolutionary progenitors of the RAG1-RAG2 recombinase, an essential component of the adaptive immune system in jawed ...Transposons have had a pivotal role in genome evolution and are believed to be the evolutionary progenitors of the RAG1-RAG2 recombinase, an essential component of the adaptive immune system in jawed vertebrates. Here we report one crystal structure and five cryo-electron microscopy structures of Transib, a RAG1-like transposase from Helicoverpa zea, that capture the entire transposition process from the apo enzyme to the terminal strand transfer complex with transposon ends covalently joined to target DNA, at resolutions of 3.0-4.6 Å. These structures reveal a butterfly-shaped complex that undergoes two cycles of marked conformational changes in which the 'wings' of the transposase unfurl to bind substrate DNA, close to execute cleavage, open to release the flanking DNA and close again to capture and attack target DNA. Transib possesses unique structural elements that compensate for the absence of a RAG2 partner, including a loop that interacts with the transposition target site and an accordion-like C-terminal tail that elongates and contracts to help to control the opening and closing of the enzyme and assembly of the active site. Our findings reveal the detailed reaction pathway of a eukaryotic cut-and-paste transposase and illuminate some of the earliest steps in the evolution of the RAG recombinase. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 220.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 168.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 56582.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B0F0C5 |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#2: DNA鎖 | 分子量: 7402.806 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: DNA鎖 | 分子量: 7335.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-非ポリマー , 3種, 6分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Pre-reaction complex of HzTransib with intact TIR substrate DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() 細胞: Sf9 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Solutions were made fresh from concentrated and filtered to avoid microbial contamination. | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Recombinantly expressed HzTransib transposase was mixed with chemically synthesized TIR substrate DNA. The complex was further purified on size-exclusion chromatography column. The final complex was monodisperse. | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 296 K / 詳細: Blot for 3 seconds before plunging |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Preliminary grid screening was performed manually. |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50.8 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 詳細: Images were collected in movie-mode at 5 frames per second. |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 32984 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient 詳細: Initial local fitting was done using UCSF Chimera, then manually adjusted and rebuilt in Coot. Final model was refined using Phenix real-space refinement. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6PQN PDB chain-ID: A / Accession code: 6PQN / Pdb chain residue range: 21-501 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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