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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pq4 | |||||||||||||||
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タイトル | LCP-embedded Proteinase K treated with lipase | |||||||||||||||
要素 | Proteinase K | |||||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / Proteinase K / LCP / lipase / MicroED | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Parengyodontium album (菌類) | |||||||||||||||
手法 | 電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Bu, G. / Zhu, L. / Jing, L. / Shi, D. / Gonen, T. / Liu, W. / Nannenga, B.L. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2020 タイトル: Structure Determination from Lipidic Cubic Phase Embedded Microcrystals by MicroED. 著者: Lan Zhu / Guanhong Bu / Liang Jing / Dan Shi / Ming-Yue Lee / Tamir Gonen / Wei Liu / Brent L Nannenga / 要旨: The lipidic cubic phase (LCP) technique has proved to facilitate the growth of high-quality crystals that are otherwise difficult to grow by other methods. However, the crystal size optimization ...The lipidic cubic phase (LCP) technique has proved to facilitate the growth of high-quality crystals that are otherwise difficult to grow by other methods. However, the crystal size optimization process could be time and resource consuming, if it ever happens. Therefore, improved techniques for structure determination using these small crystals is an important strategy in diffraction technology development. Microcrystal electron diffraction (MicroED) is a technique that uses a cryo-transmission electron microscopy to collect electron diffraction data and determine high-resolution structures from very thin micro- and nanocrystals. In this work, we have used modified LCP and MicroED protocols to analyze crystals embedded in LCP converted by 2-methyl-2,4-pentanediol or lipase, including Proteinase K crystals grown in solution, cholesterol crystals, and human adenosine A receptor crystals grown in LCP. These results set the stage for the use of MicroED to analyze microcrystalline samples grown in LCP, especially for those highly challenging membrane protein targets. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pq4.cif.gz | 113.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pq4.ent.gz | 82.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pq4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pq4_validation.pdf.gz | 422.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pq4_full_validation.pdf.gz | 422.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6pq4_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pq4_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/6pq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/6pq4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 106-384 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NO3 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子線結晶学 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 3D ARRAY / 3次元再構成法: 電子線結晶学 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Proteinase K / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Parengyodontium album (菌類) |
緩衝液 | pH: 6.5 |
試料 | 濃度: 40 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-データ収集
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F20 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: DIFFRACTION |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 0.04 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) |
EM回折 | カメラ長: 1940 mm |
EM回折 シェル | 解像度: 2.05→2 Å / フーリエ空間範囲: 94.8 % / 多重度: 5.4 / 構造因子数: 1191 / 位相残差: 1.0E-5 ° |
EM回折 統計 | フーリエ空間範囲: 94.6 % / 再高解像度: 2 Å / 測定した強度の数: 85421 / 構造因子数: 16351 / 位相誤差: 0 ° / 位相残差: 1.0E-5 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 40.4 / Rsym: 40.4 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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EM 3D crystal entity | ∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 67.56 Å / B: 67.56 Å / C: 106.8 Å / 空間群名: P43212 / 空間群番号: 96 | ||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL | ||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER | ||||||||||||||||||||
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2ID8 解像度: 2→16.58 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.0001→2.0589 Å
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