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- PDB-6ppx: Crystal structure of metal-free NeuB, an N-acetylneuraminate synt... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ppx
タイトルCrystal structure of metal-free NeuB, an N-acetylneuraminate synthase from Neisseria meningitidis in complex with malate
要素N-acetylneuraminate synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TRANSFERASE / NeuB / sialic acid synthase / N-acetylneuraminate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylneuraminate synthase / N-acetylneuraminate synthase activity / N-acylneuraminate-9-phosphate synthase activity / glycosylation / carbohydrate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-acetylneuraminic acid synthase, N-terminal / NeuB family / SAF domain / SAF domain / SAF / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily ...N-acetylneuraminic acid synthase, N-terminal / NeuB family / SAF domain / SAF domain / SAF / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-MALATE / N-acetylneuraminate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Rosanally, A.Z. / Junop, M.S. / Berti, P.J.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-64422 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-89903 カナダ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: NeuNAc Oxime: A Slow-Binding and Effectively Irreversible Inhibitor of the Sialic Acid Synthase NeuB.
著者: Popovic, V. / Morrison, E. / Rosanally, A.Z. / Balachandran, N. / Senson, A.W. / Szabla, R. / Junop, M.S. / Berti, P.J.
履歴
登録2019年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2019年10月9日ID: 3CM4
改定 1.12019年10月9日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_database_PDB_obs_spr
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylneuraminate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5302
ポリマ－38,3961
非ポリマー1341
水6,107339
1
A: N-acetylneuraminate synthase
ヘテロ分子

A: N-acetylneuraminate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,0604
ポリマ－76,7912
非ポリマー2682
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area26260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.070, 76.200, 77.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 N-acetylneuraminate synthase / SynC protein


分子量: 38395.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
遺伝子: synC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H2VFG5, N-acetylneuraminate synthase
#2: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 3% (v/v) MPD 1.75M Malic acid 10mM magnesium chloride 10mM N-acetylneuraminic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月29日
放射モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→77.62 Å / Num. obs: 29645 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 23.03 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 2.53
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 2676 / CC1/2: 0.915 / Rpim(I) all: 0.248

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XUZ

1xuz


解像度: 1.85→46.48 Å / SU ML: 0.2857 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.1387
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2425 1506 5.08 %
Rwork0.1876 --
obs0.1904 29641 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2681 0 9 339 3029
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072736
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8063691
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053487
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.9471033
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.910.37691320.34172469X-RAY DIFFRACTION96.69
1.91-1.980.32681390.30042494X-RAY DIFFRACTION97.77
1.98-2.060.32411450.26142485X-RAY DIFFRACTION97.55
2.06-2.150.27281250.22582540X-RAY DIFFRACTION98.3
2.15-2.260.28511400.20612517X-RAY DIFFRACTION98.88
2.26-2.410.2741250.20262584X-RAY DIFFRACTION99.6
2.41-2.590.25961520.19632553X-RAY DIFFRACTION99.82
2.59-2.850.30681280.1992605X-RAY DIFFRACTION99.74
2.85-3.270.24781210.18282615X-RAY DIFFRACTION99.74
3.27-4.110.20691530.14192616X-RAY DIFFRACTION99.6
4.11-46.50.1681460.1422657X-RAY DIFFRACTION95.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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