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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ppu | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of AdnAB-AMPPNP-DNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA (デオキシリボ核酸) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA helicase complex / DNA 3'-5' helicase / 相同組換え / exonuclease activity / 3'-5' DNA helicase activity / DNA helicase activity / ヘリカーゼ / hydrolase activity / DNA修復 / DNA binding ...DNA helicase complex / DNA 3'-5' helicase / 相同組換え / exonuclease activity / 3'-5' DNA helicase activity / DNA helicase activity / ヘリカーゼ / hydrolase activity / DNA修復 / DNA binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Jia, N. / Unciuleac, M. / Shuman, S. / Patel, D.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Structures and single-molecule analysis of bacterial motor nuclease AdnAB illuminate the mechanism of DNA double-strand break resection. 著者: Ning Jia / Mihaela C Unciuleac / Chaoyou Xue / Eric C Greene / Dinshaw J Patel / Stewart Shuman / 要旨: Mycobacterial AdnAB is a heterodimeric helicase-nuclease that initiates homologous recombination by resecting DNA double-strand breaks (DSBs). The AdnA and AdnB subunits are each composed of an N- ...Mycobacterial AdnAB is a heterodimeric helicase-nuclease that initiates homologous recombination by resecting DNA double-strand breaks (DSBs). The AdnA and AdnB subunits are each composed of an N-terminal motor domain and a C-terminal nuclease domain. Here we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of AdnAB in three functional states: in the absence of DNA and in complex with forked duplex DNAs before and after cleavage of the 5' single-strand DNA (ssDNA) tail by the AdnA nuclease. The structures reveal the path of the 5' ssDNA through the AdnA nuclease domain and the mechanism of 5' strand cleavage; the path of the 3' tracking strand through the AdnB motor and the DNA contacts that couple ATP hydrolysis to mechanical work; the position of the AdnA iron-sulfur cluster subdomain at the Y junction and its likely role in maintaining the split trajectories of the unwound 5' and 3' strands. Single-molecule DNA curtain analysis of DSB resection reveals that AdnAB is highly processive but prone to spontaneous pausing at random sites on duplex DNA. A striking property of AdnAB is that the velocity of DSB resection slows after the enzyme experiences a spontaneous pause. Our results highlight shared as well as distinctive properties of AdnAB vis-à-vis the RecBCD and AddAB clades of bacterial DSB-resecting motor nucleases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ppu.cif.gz | 256.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ppu.ent.gz | 188.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ppu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/6ppu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pp/6ppu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 118128.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEI_1900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I7FZ56 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 76049.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア), (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: pcrA_1, ERS451418_01973 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0D6HKQ2, UniProt: A0QTR9*PLUS, ヘリカーゼ |
#3: DNA鎖 | 分子量: 21477.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 値: 0.2 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 | 式: Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 2.16 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 2.1 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 60108 / 対称性のタイプ: POINT |