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万見
- PDB-6ppm: Ancestral Caspase 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ppm
タイトルAncestral Caspase 6
要素
  • Ancestral Caspase-6 Large Subunit
  • Ancestral Caspase-6 small subunit
  • VAL-GLU-ILE-ASP Inhibitor
キーワードAPOPTOSIS / Ancestral Effector Caspase / protease / ancestral protein reconstruction
機能・相同性Caspase-like / Rossmann fold - #1460 / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Clark, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127654 米国
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Resurrection of ancestral effector caspases identifies novel networks for evolution of substrate specificity.
著者: Grinshpon, R.D. / Shrestha, S. / Titus-McQuillan, J. / Hamilton, P.T. / Swartz, P.D. / Clark, A.C.
履歴
登録2019年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ancestral Caspase-6 Large Subunit
B: Ancestral Caspase-6 small subunit
E: VAL-GLU-ILE-ASP Inhibitor
G: Ancestral Caspase-6 Large Subunit
H: Ancestral Caspase-6 small subunit
I: VAL-GLU-ILE-ASP Inhibitor
C: Ancestral Caspase-6 Large Subunit
D: Ancestral Caspase-6 small subunit
J: Ancestral Caspase-6 Large Subunit
K: Ancestral Caspase-6 small subunit
L: VAL-GLU-ILE-ASP Inhibitor
F: VAL-GLU-ILE-ASP Inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,58812
ポリマ－115,58812
非ポリマー00
水1,802100
1
A: Ancestral Caspase-6 Large Subunit
B: Ancestral Caspase-6 small subunit
E: VAL-GLU-ILE-ASP Inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8973
ポリマ－28,8973
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
G: Ancestral Caspase-6 Large Subunit
H: Ancestral Caspase-6 small subunit
I: VAL-GLU-ILE-ASP Inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8973
ポリマ－28,8973
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ancestral Caspase-6 Large Subunit
D: Ancestral Caspase-6 small subunit
F: VAL-GLU-ILE-ASP Inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8973
ポリマ－28,8973
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Ancestral Caspase-6 Large Subunit
K: Ancestral Caspase-6 small subunit
L: VAL-GLU-ILE-ASP Inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8973
ポリマ－28,8973
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.314, 88.542, 141.026
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Ancestral Caspase-6 Large Subunit


分子量: 17496.793 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP6, MCH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: caspase-6
#2: タンパク質
Ancestral Caspase-6 small subunit


分子量: 10925.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP6, MCH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: caspase-6
#3: タンパク質・ペプチド
VAL-GLU-ILE-ASP Inhibitor


分子量: 474.505 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium fluoride, pH 6.2, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→42.24 Å / Num. obs: 32724 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 51.8 Å2 / CC1/2: 0.951 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.61→2.7 Å / Num. unique obs: 3134

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J30

2j30


解像度: 2.61→42.24 Å / SU ML: 0.3442 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.7624
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2509 1999 6.11 %
Rwork0.1775 --
obs0.182 32724 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→42.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7570 0 7 100 7677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00747749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.910810465
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.68555329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.670.35871370.2562067X-RAY DIFFRACTION96.75
2.67-2.750.42121370.24542177X-RAY DIFFRACTION99.91
2.75-2.830.30191460.23412178X-RAY DIFFRACTION99.96
2.83-2.920.34341370.22762169X-RAY DIFFRACTION100
2.92-3.020.30351500.2192159X-RAY DIFFRACTION99.96
3.02-3.140.30551370.2142187X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.290.32721430.21682176X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.460.30411430.19212171X-RAY DIFFRACTION100
3.46-3.680.23211420.1612209X-RAY DIFFRACTION99.96
3.68-3.960.2361420.15762201X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.360.25491430.14462214X-RAY DIFFRACTION100
4.36-4.990.17481420.13282225X-RAY DIFFRACTION100
4.99-6.280.22291490.17362246X-RAY DIFFRACTION100
6.28-42.240.19921510.1782346X-RAY DIFFRACTION99.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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