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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pou | ||||||
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タイトル | Structure of human endothelial nitric oxide synthase heme domain in complex with 7-(4-(2-Aminoethyl)phenyl)-4-methylquinolin-2-amine | ||||||
![]() | Nitric oxide synthase, endothelial | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / nitric oxide synthase inhibitor / heme enzyme / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / tetrahydrobiopterin metabolic process / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / smooth muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis ...regulation of the force of heart contraction by chemical signal / NOSIP mediated eNOS trafficking / negative regulation of muscle hyperplasia / tetrahydrobiopterin metabolic process / NOSTRIN mediated eNOS trafficking / smooth muscle hyperplasia / regulation of nervous system process / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / ovulation from ovarian follicle / pulmonary valve morphogenesis / response to fluid shear stress / negative regulation of biomineral tissue development / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / aortic valve morphogenesis / endocardial cushion morphogenesis / ventricular septum morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / cadmium ion binding / negative regulation of calcium ion transport / negative regulation of potassium ion transport / negative regulation of platelet activation / nitric oxide mediated signal transduction / actin monomer binding / nitric-oxide synthase (NADPH) / blood vessel remodeling / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / nitric-oxide synthase activity / endothelial cell migration / L-arginine catabolic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / regulation of sodium ion transport / negative regulation of blood pressure / response to hormone / eNOS activation / nitric oxide metabolic process / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / nitric oxide biosynthetic process / homeostasis of number of cells within a tissue / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / lung development / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / blood vessel diameter maintenance / VEGFR2 mediated vascular permeability / mitochondrion organization / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / establishment of localization in cell / caveola / potassium ion transport / regulation of blood pressure / vasodilation / endocytic vesicle membrane / positive regulation of angiogenesis / calcium ion transport / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / response to heat / scaffold protein binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / angiogenesis / response to lipopolysaccharide / in utero embryonic development / calmodulin binding / cytoskeleton / Extra-nuclear estrogen signaling / Golgi membrane / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of gene expression / Golgi apparatus / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, H. / Poulos, T.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: First Contact: 7-Phenyl-2-Aminoquinolines, Potent and Selective Neuronal Nitric Oxide Synthase Inhibitors That Target an Isoform-Specific Aspartate. 著者: Cinelli, M.A. / Reidl, C.T. / Li, H. / Chreifi, G. / Poulos, T.L. / Silverman, R.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1008.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 837.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6pmvC ![]() 6pmwC ![]() 6pmxC ![]() 6pmyC ![]() 6pmzC ![]() 6pn0C ![]() 6pn1C ![]() 6pn2C ![]() 6pn3C ![]() 6pn4C ![]() 6pn5C ![]() 6pn6C ![]() 6pn7C ![]() 6pn8C ![]() 6pn9C ![]() 6pnaC ![]() 6pnbC ![]() 6pncC ![]() 6pndC ![]() 6pneC ![]() 6pnfC ![]() 6pngC ![]() 6pnhC ![]() 6po5C ![]() 6po7C ![]() 6po8C ![]() 6po9C ![]() 6poaC ![]() 6pobC ![]() 6pocC ![]() 6potC ![]() 6povC ![]() 6powC ![]() 6poxC ![]() 6poyC ![]() 6pozC ![]() 6pp0C ![]() 6pp1C ![]() 6pp2C ![]() 6pp3C ![]() 6pp4C ![]() 4d1pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 49345.770 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 913分子 












#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-M16 / #4: 化合物 | ChemComp-BTB / #5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 化合物 | ChemComp-GD / #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 % / 解説: rods |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10-12% PEG3350, 0.1M BIS-TRIS 0.2-0.3M MG ACETATE, 0.1M GdCl3 10% glycerol, 5 mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.194→80 Å / Num. obs: 150827 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.303 / Rpim(I) all: 0.095 / Rsym value: 0.303 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.194→2.25 Å / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 1.903 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6538 / CC1/2: 0.465 / Rpim(I) all: 0.601 / Rsym value: 1.903 / % possible all: 88.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4D1P 解像度: 2.194→79.608 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.1
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.194→79.608 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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