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- PDB-6pop: Crystal structure of DauA in complex with NADP+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pop
タイトルCrystal structure of DauA in complex with NADP+
要素Aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudoalteromonas fuliginea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.147 Å
データ登録者Pluvinage, B. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Insights into the kappa / iota-carrageenan metabolism pathway of some marinePseudoalteromonasspecies.
著者: Hettle, A.G. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Vickers, C. / Abe, K.T. / Salama-Alber, O. / McGuire, B.E. / Hehemann, J.H. / Hui, J.P.M. / Berrue, F. / Banskota, A. / Zhang, J. / Bottos, E.M. / ...著者: Hettle, A.G. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Vickers, C. / Abe, K.T. / Salama-Alber, O. / McGuire, B.E. / Hehemann, J.H. / Hui, J.P.M. / Berrue, F. / Banskota, A. / Zhang, J. / Bottos, E.M. / Van Hamme, J. / Boraston, A.B.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
E: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,64228
ポリマ－320,2646
非ポリマー5,37822
水10,160564
1
A: Aldehyde dehydrogenase
E: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,67611
ポリマ－106,7552
非ポリマー1,9219
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9580 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area31940 Å2
手法PISA
2
B: Aldehyde dehydrogenase
F: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,4528
ポリマ－106,7552
非ポリマー1,6976
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area31830 Å2
手法PISA
3
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5149
ポリマ－106,7552
非ポリマー1,7597
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8810 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area31940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.687, 232.817, 88.257
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase


分子量: 53377.258 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas fuliginea (バクテリア)
遺伝子: DC53_13140 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A063KJS9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 564 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate, 0.1 M Bis-Tris and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.147→39.853 Å / Num. obs: 167353 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル解像度: 2.15→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.579 / Num. unique obs: 8002 / CC1/2: 0.671 / Rpim(I) all: 0.328 / % possible all: 98.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.15.2_3472精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PNU

6pnu


解像度: 2.147→39.853 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 8511 5.09 %
Rwork0.2137 --
obs0.216 167259 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.46 Å2 / Biso mean: 36.1514 Å2 / Biso min: 17.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.147→39.853 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21251 0 346 564 22161
Biso mean--35.57 35.02 -
残基数----2850
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.147-2.17140.37522680.3173503296
2.1714-2.1970.33541950.30455381100
2.197-2.22380.3322380.295339100
2.2238-2.25190.31562700.28255299100
2.2519-2.28150.35123380.28995225100
2.2815-2.31280.33683270.27675252100
2.3128-2.34580.29683110.26185280100
2.3458-2.38080.30552920.25145243100
2.3808-2.4180.29762870.25525317100
2.418-2.45770.28933550.24735209100
2.4577-2.50.31863350.2445234100
2.5-2.54550.30082570.2325334100
2.5455-2.59440.29353040.23255287100
2.5944-2.64740.29173010.23035267100
2.6474-2.70490.28783030.22965289100
2.7049-2.76780.29012760.22635310100
2.7678-2.8370.26492390.23055332100
2.837-2.91370.27572570.23175297100
2.9137-2.99940.2972600.23125311100
2.9994-3.09620.31723990.24265209100
3.0962-3.20680.2842920.24575273100
3.2068-3.33520.29932740.23085309100
3.3352-3.48690.26392580.22355338100
3.4869-3.67060.27752630.21785370100
3.6706-3.90040.24752750.20255275100
3.9004-4.20120.2092930.18525324100
4.2012-4.62350.19312230.16955394100
4.6235-5.29120.19322310.16625350100
5.2912-6.66120.21973350.18125272100
6.6612-39.8530.15752550.14385396100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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