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- PDB-6pon: CRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF FIBRONECTIN- BINDIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pon
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF FIBRONECTIN- BINDING PROTEIN PAVA FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
要素Adherence and virulence protein A
キーワードCELL ADHESION / fibronectin-binding protein / Pneumococcal adherence and virulence factor A / PavA
機能・相同性
機能・相同性情報


RQC complex / ribosomal large subunit binding / rescue of stalled ribosome / tRNA binding / cell surface / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus fold / ibrinogen binding protein from staphylococcus aureus domain / Rqc2 homolog RqcH, bacterial / : / NFACT, RNA-binding domain / NFACT protein RNA binding domain / NFACT N-terminal and middle domains / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rqc2 homolog RqcH / Rqc2 homolog RqcH
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.395 Å
データ登録者Manne, K. / Narayana, S.V.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01- AI106808 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of the fibronectin-binding protein PavA from Streptococcus pneumoniae.
著者: Manne, K. / Narayana, S.V.L. / Chattopadhyay, D.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adherence and virulence protein A
B: Adherence and virulence protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8972
ポリマ－62,8972
非ポリマー00
水6,612367
1
A: Adherence and virulence protein A

B: Adherence and virulence protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8972
ポリマ－62,8972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_456x-1,y,z+11
Buried area5830 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area26490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.873, 46.814, 83.678
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.931, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Adherence and virulence protein A


分子量: 31448.643 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: pavA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RNF3, UniProt: Q8DQ36*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 27% (w/v) PEG 4000, 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Sodium Citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月4日
放射モノクロメーター: Cu filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.395→83.667 Å / Num. obs: 23361 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.26 % / Biso Wilson estimate: 25.5368070055 Å2 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.395→2.44 Å / Num. unique obs: 2228 / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.272

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5H3X

5h3x


解像度: 2.395→41.83 Å / SU ML: 0.266668916687 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.321888896
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1141 4.8846269104 %
Rwork0.1665 --
obs0.17 23359 99.2732681683 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.5245750125 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.395→41.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4188 0 0 368 4556
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00809653728654266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9048340612695769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522595940258665
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00499847624697750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.61663876292604
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.395-2.5041592621X-RAY DIFFRACTION95.8620689655
2.504-2.6361502759X-RAY DIFFRACTION99.6915695682
2.636-2.80111342793X-RAY DIFFRACTION99.6934604905
2.8011-3.01741382754X-RAY DIFFRACTION99.7585374267
3.0174-3.32090.2532459912481640.1739475132422781X-RAY DIFFRACTION99.8305084746
3.3209-3.80120.2403303691751290.1508795050952793X-RAY DIFFRACTION99.9316005472
3.8012-4.7880.1940025943471380.1344106975072805X-RAY DIFFRACTION99.7965412004
4.788-41.83347673550.1792035307441290.1623686116952912X-RAY DIFFRACTION99.5743287492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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