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万見
- PDB-6pok: Crystal structure of the Robo3 FN2-3 domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pok
タイトルCrystal structure of the Robo3 FN2-3 domains
要素Roundabout homolog 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / Axon guidance / Nervous system / Cell surface receptor / Fibronectin type III domains
機能・相同性
機能・相同性情報


ROBO receptors bind AKAP5 / dendrite self-avoidance / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / cell-cell adhesion mediator activity / axon midline choice point recognition / positive regulation of axon guidance / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / axon guidance / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / chemotaxis ...ROBO receptors bind AKAP5 / dendrite self-avoidance / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / cell-cell adhesion mediator activity / axon midline choice point recognition / positive regulation of axon guidance / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / axon guidance / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / chemotaxis / axon / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily ...Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Roundabout homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.796 Å
データ登録者Wang, J. / Pak, J.S. / Ozkan, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS097161 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: NELL2-Robo3 complex structure reveals mechanisms of receptor activation for axon guidance.
著者: Pak, J.S. / DeLoughery, Z.J. / Wang, J. / Acharya, N. / Park, Y. / Jaworski, A. / Ozkan, E.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Roundabout homolog 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5862
ポリマ－22,4941
非ポリマー921
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.986, 36.607, 64.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Roundabout homolog 3 / Roundabout-like protein 3


分子量: 22494.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminus was proteolysed during crystallization. Exact N-terminus residue is unknown.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ROBO3 / 細胞株 (発現宿主): High Five Cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96MS0
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 12% PEG 6,000

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月6日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair Si plus Pt, Rh coatings
放射モノクロメーター: Double Si(111) crystal, cryo-cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.796→55 Å / Num. obs: 21801 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 6.59
反射 シェル解像度: 1.796→1.91 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 5642 / CC1/2: 0.586 / Rrim(I) all: 1.207 / % possible all: 80.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14rc1_3177: ???)精密化
XDS20170601データ削減
XDS20170601データスケーリング
MoRDa1.3.02, database v. 20位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HLJ

4hlj


解像度: 1.796→50.06 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 31.74
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2431 1083 4.97 %Random selection
Rwork0.2173 ---
obs0.2185 21770 97.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.796→50.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1441 0 6 138 1585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021515
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5312078
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.728907
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044239
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7964-1.87810.41091260.42142341X-RAY DIFFRACTION90
1.8781-1.97720.33351310.33122587X-RAY DIFFRACTION98
1.9772-2.1010.29521350.27332586X-RAY DIFFRACTION99
2.101-2.26330.2741400.23432603X-RAY DIFFRACTION99
2.2633-2.4910.27551370.22152625X-RAY DIFFRACTION100
2.491-2.85150.27831350.22182627X-RAY DIFFRACTION99
2.8515-3.59240.20351400.19712616X-RAY DIFFRACTION98
3.5924-50.07920.20591390.18322702X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7644-0.84630.64913.38420.77672.7374-0.8073-2.0730.2561.05440.5455-0.349-0.3808-0.34690.30020.60250.258-0.07651.0069-0.03960.525515.093915.533118.5496
25.42441.63531.9392.49341.19581.9001-0.16590.3668-0.0844-0.3280.09690.125-0.09370.17680.06690.256-0.00170.04290.18610.01830.2763-21.56620.2204-3.6218
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 668 through 762 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 763 through 866 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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