PDB-6po0: The structure of the orthorhombic (P212121) crystal form of beef ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6po0

タイトル

The structure of the orthorhombic (P212121) crystal form of beef liver catalase at 1.85 A resolution

要素

Catalase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell division / peroxisomal matrix / hydrogen peroxide catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

McPherson, A.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: The structure of the triclinic crystal form of beef liver catalase at 1.85 A resolution
著者: McPherson, A.

履歴

登録	2019年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6po0.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6po0.ent.gz	995.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6po0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6po0_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6po0_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	6po0_validation.xml.gz	86.8 KB	表示
CIF形式データ	6po0_validation.cif.gz	123.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6po0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/6po0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pm7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pm7-1 1dgh-d 4blc-d 3nwl-d 1dgb-d 3j7b-d 1th3-d 5gkn-d 3rgs-d 1th2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (17) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Catalase

B: Catalase

C: Catalase

D: Catalase

ヘテロ分子

245 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.984, 140.386, 228.177
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 501 / Label seq-ID: 4 - 502

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	A	A
2	3	D	D
1	4	B	B
2	4	C	C
1	5	B	B
2	5	D	D
1	6	C	C
2	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Catalase 分子量: 60001.129 Da / 分子数: 4 / 変異: N213D, N226D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: CAT / 発現宿主: Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00432, catalase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.11 % / 解説: orthorhombic prisms
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystals grown from 20 mM magnesium formate in 0.1 M Mes pH 6.5 reservoirs with drops equal amounts of 40 mg/ml catalase in water and the reservoir solution. Generally 2 to 6 days at room temperature. PH範囲: 6.0 - 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→228.18 Å / Num. obs: 202103 / % possible obs: 74.7 % / 冗長度: 21.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.152 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 4257522 / Scaling rejects: 1030
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 6.333 / Num. unique obs: 1168 / CC_1/2: 0.062 / R_pim(I) all: 3.52 / R_rim(I) all: 7.314 / % possible all: 8.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless	0.5.28	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→119.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 8.741 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.123
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2066	10179	5 %	RANDOM
R_work	0.1731	-	-	-
obs	0.1748	191814	74.62 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 139.48 Å² / B_iso mean: 43.244 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.75→119.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16068	0	588	1275	17931
B_iso mean	-	-	61.77	45.12	-
残基数	-	-	-	-	1996

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	16976
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.017	14817
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.434	1.674	23156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.325	1.589	34444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.745	5	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.019	21.992	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.281	15	2602
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.425	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	19321
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3819

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	16338
1	2	B	16338
2	1	A	16336
2	2	C	16336
3	1	A	16352
3	2	D	16352
4	1	B	16318
4	2	C	16318
5	1	B	16284
5	2	D	16284
6	1	C	16239
6	2	D	16239

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.496	137	-
R_work	0.476	2254	-
all	-	2391	-
obs	-	-	12.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0413	0.0341	-0.0003	0.7581	0.0915	0.0785	0.035	0.0541	0.005	0.3004	0.0382	0.0623	0.0117	0.0025	-0.0732	0.2135	0.0128	0.0177	0.0819	0.0146	0.155	4.9294	38.4203	87.9622
2	0.0092	-0.0719	-0.0214	0.7253	0.1399	0.0767	0.0277	-0.0092	0.0199	-0.1985	0.0784	-0.169	-0.0661	0.0003	-0.1061	0.0977	-0.0466	0.0481	0.1236	0.0108	0.2197	20.5209	39.4283	50.5889
3	0.027	0.0443	-0.0018	0.52	0.0786	0.0936	0.0225	0.0479	-0.0288	0.0179	0.0518	-0.1056	0.022	-0.0127	-0.0743	0.0505	0.0139	-0.0683	0.1201	-0.039	0.2444	20.8631	5.5551	57.6321
4	0.0184	0.0196	0.0125	0.8975	0.3101	0.2629	-0.0163	0.0184	0.0325	0.443	0.2466	-0.4746	0.1035	0.0363	-0.2304	0.2793	0.1112	-0.2841	0.0925	-0.0687	0.3991	34.6843	21.3421	92.2657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 1102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 1202
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 1302
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 1402

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)