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- PDB-6pnz: The structure of the Aspartate Transcarbamoylase trimer from Stap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pnz
タイトルThe structure of the Aspartate Transcarbamoylase trimer from Staphylococcus aureus complexed with PALA at 2.27 Resolution.
要素Aspartate carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Transferase-Inhibitor complex / Trimer / Pyrimidines
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / amino acid metabolic process / amino acid binding / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold ...Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID / Aspartate carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Edwards, B.F.P. / Evans, D.R. / Patel, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
American Heart Association17PRE33660545 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The structure of the Aspartate Transcarbamoylase trimer from Staphylococcus aureus complexed with PALA at 2.27 Resolution.
著者: Edwards, B.F.P. / Evans, D.R. / Patel, C.
履歴
登録2019年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase
C: Aspartate carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6596
ポリマ－99,8933
非ポリマー7653
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8260 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area31060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.998000, 111.998000, 151.358000
Angle α, β, γ (deg.)90.000000, 90.000000, 120.000000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate transcarbamylase / ATCase


分子量: 33297.727 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: pyrB, SACOL1212 / プラスミド: pMCSG19C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Hi-control E. coli BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HGN2, aspartate carbamoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PAL / N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID / PALA


分子量: 255.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 % / 解説: small cube
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1uL Protein Solution: ATC Staac (8 mg/ml) with 200uM PALA 50mM Tris 7.5, 200mM NaCl, 1mM dithiothreitol (DTT) + 1uL Well Solution: 2M ammonium sulfate., 5% PEG 400, 0.1M 2-(N-morpholino) ...詳細: 1uL Protein Solution: ATC Staac (8 mg/ml) with 200uM PALA 50mM Tris 7.5, 200mM NaCl, 1mM dithiothreitol (DTT) + 1uL Well Solution: 2M ammonium sulfate., 5% PEG 400, 0.1M 2-(N-morpholino) ethane sulfonic acid (MES) pH6.5
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月22日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→96.99 Å / Num. obs: 49596 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 44.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/av σ(I): 21.9 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 2.27→2.39 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 7392 / CC1/2: 0.853 / Rpim(I) all: 0.252 / Rsym value: 0.701 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R7D

3r7d


解像度: 2.27→96.99 Å / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.19
詳細: Solved, built, and refined with Phenix (Phaser, Autobuild, Refine). "Polished" with PDB_REDO (Refmac).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20779 2402 4.8 %RANDOM
Rwork0.18111 ---
obs0.18243 47164 96.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.552 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20.1 Å20 Å2
2--0.2 Å2-0 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→96.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7011 0 48 179 7238
LS精密化 シェル解像度: 2.272→2.331 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 189 5.3 %
Rwork0.231 3559 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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