PDB-6pnt: Structural Characterization of UDP-glycosyltransferase from Tetra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pnt

タイトル

Structural Characterization of UDP-glycosyltransferase from Tetranychus Urticae

要素

UDP-glycosyltransferase 202A2

キーワード

TRANSFERASE / Uridine diphosphate / UDP-glycosyltransferase / Two-spotted Spider Mite / Pesticide detoxification

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glycosyltransferase activity / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Tetranychus urticae (なみはだに)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Daneshian, L. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Characterization of UDP-glycosyltransferase from Tetranychus Urticae
著者: Daneshian, L. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2019年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pnt.cif.gz	186.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pnt.ent.gz	147.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pnt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pnt_validation.pdf.gz	415.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pnt_full_validation.pdf.gz	415.6 KB	表示
XML形式データ	6pnt_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	6pnt_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/6pnt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/6pnt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2iyaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5u6m-2 5u6n-1 6yu2-1 1b1y-d 4k8v-2 5v2k-2 5tgn-d 6yu3-d 1ahj-2 5ulj-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-glycosyltransferase 202A2

49 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.481, 77.481, 130.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	UDP-glycosyltransferase 202A2 分子量: 48950.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに) 遺伝子: 107367435, UGT202A2 / プラスミド: pET100/D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: T1KUK4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5% Tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% PEG 5000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→40 Å / Num. obs: 39554 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.09 / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 33.32
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1947 / CC_1/2: 0.731 / R_pim(I) all: 0.267 / R_rim(I) all: 0.684 / R_sym value: 0.627 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2IYA

2iya

解像度: 1.85→29.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.124
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2079	1944	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1682	-	-	-
obs	0.1701	37336	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.23 Å² / B_iso mean: 31.231 Å² / B_iso min: 19.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	-0.22 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3357	0	0	380	3737
B_iso mean	-	-	-	41.22	-
残基数	-	-	-	-	427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	3436
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	3290
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.042	1.636	4651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.316	1.573	7660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.93	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.553	23.038	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.02	15	614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.809	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.142	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	675

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	154	-
R_work	0.246	2725	-
all	-	2879	-
obs	-	-	99.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6058	-0.1116	-0.2138	2.3438	-0.6392	1.6682	0.0899	0.1205	-0.0429	-0.3809	-0.0833	0.0149	0.0777	-0.0848	-0.0065	0.1967	-0.005	0.0118	0.1169	-0.0024	0.0034	-5.31	32.868	-10.086
2	0.5881	-0.4287	-0.19	1.4721	0.2401	0.2963	-0.0247	-0.073	0.0137	0.0834	-0.0021	-0.0544	-0.0032	0.0239	0.0267	0.1442	-0.0271	-0.0016	0.1226	-0.0021	0.0076	-9.629	44.342	4.116
3	1.2761	0.6128	0.3026	0.5343	0.2697	1.1149	-0.0809	-0.0093	0.0586	-0.173	-0.008	0.1644	-0.1038	-0.0759	0.089	0.1853	-0.0086	-0.0822	0.0931	-0.0105	0.0808	-29.963	50.137	-10.654
4	5.9786	-4.3242	0.7609	6.0954	-1.0099	0.2473	0.1251	0.195	0.3463	-0.6566	-0.2142	-0.5588	-0.0269	0.0798	0.0891	0.332	-0.026	0.0698	0.1486	0.0146	0.0523	-4.278	54.925	-13.258

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	73 - 259
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	260 - 400
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	401 - 436

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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