PDB-6pmu: Structural Characterization of Beta Cyanoalanine Synthase from Te...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pmu

タイトル

Structural Characterization of Beta Cyanoalanine Synthase from Tetranychus Urticae

要素

Beta-cyanoalanine synthase

キーワード

TRANSFERASE / Beta Cyanoalanine Synthase / PLP / two-spotted spider mite

機能・相同性

cysteine biosynthetic process / : / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / cytoplasm / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Beta-cyanoalanine synthase

機能・相同性情報

生物種

Tetranychus urticae (なみはだに)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Daneshian, L. / Schlachter, C. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Characterization of Beta Cyanoalanine Synthase from Tetranychus Urticae
著者: Daneshian, L. / Schlachter, C. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2019年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pmu.cif.gz	227.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pmu.ent.gz	181.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pmu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pmu_validation.pdf.gz	354.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pmu_full_validation.pdf.gz	354.7 KB	表示
XML形式データ	6pmu_validation.xml.gz	1.2 KB	表示
CIF形式データ	6pmu_validation.cif.gz	8.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/6pmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pm/6pmu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vbeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hla-2 5nap-d 6hl4-2 2p2f-2 6lgq-d 4w6v-d 6gy9-d 6sbt-1 3ni2-d 1hbj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Beta-cyanoalanine synthase

B: Beta-cyanoalanine synthase

ヘテロ分子

69.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.387, 91.387, 137.426
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 5 - 317 / Label seq-ID: 6 - 318

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Beta-cyanoalanine synthase 分子量: 34389.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに) 遺伝子: 107363798 / プラスミド: pMCSG35 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1KF23
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Sodium malonate pH 6.0, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 30969 / % possible obs: 88.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.051 / R_rim(I) all: 0.111 / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 39
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1700 / CC_1/2: 0.88 / R_pim(I) all: 0.202 / R_rim(I) all: 0.476 / R_sym value: 0.428 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3vbe

3vbe

解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.195
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2234	1488	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.1821	29271	88.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.63 Å² / B_iso mean: 35.336 Å² / B_iso min: 13.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4204	0	30	272	4506
B_iso mean	-	-	41.8	42.7	-
残基数	-	-	-	-	563

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	4316
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	4004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.515	1.643	5854
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.347	1.574	9314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.333	5	561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.331	23.613	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.801	15	717
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.331	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	583
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4852
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	826

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8419 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	115	-
R_work	0.183	2381	-
all	-	2496	-
obs	-	-	99.24 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1506	-0.103	-0.1734	0.5016	0.1643	0.9721	-0.0254	0.0059	-0.0181	-0.1389	-0.0796	0.0396	-0.1026	-0.0135	0.1049	0.1103	-0.0093	0.0047	0.096	-0.0239	0.0313	-23.029	25.099	-7.875
2	1.2206	0.3725	-0.2629	0.4855	0.3637	0.6333	-0.1268	-0.0443	-0.1422	-0.0834	0.0241	-0.0213	0.007	0.0899	0.1028	0.1445	-0.0032	0.053	0.1067	0.0298	0.0647	-11.229	16.46	-18.991
3	1.539	-0.2412	0.1901	1.4909	-0.0976	0.9125	0.0368	0.0282	0.1091	-0.1369	-0.0464	-0.1195	-0.1152	0.0673	0.0095	0.0753	-0.0363	0.0249	0.0675	-0.0049	0.0182	-14.459	39.543	-2.556
4	0.8914	0.504	0.3603	0.5822	0.1485	0.7892	0.0746	-0.1185	-0.0704	0.1017	-0.047	0.0492	0.0237	-0.0435	-0.0276	0.0675	-0.032	0.0232	0.1153	-0.0037	0.0373	-25.922	22.828	13.009
5	3.6493	-1.243	0.7197	2.5975	-0.9332	3.2689	0.1054	-0.1115	-0.6543	0.0374	-0.1692	0.1569	0.4316	0.233	0.0637	0.1039	-0.0224	-0.0141	0.0983	0.0664	0.1428	-7.188	15.473	21.453
6	1.2583	0.8754	0.3877	1.9881	0.7792	1.7073	0.1445	-0.212	-0.1654	0.1956	-0.1929	0.0289	0.3203	-0.1717	0.0483	0.0768	-0.0555	0.0069	0.0652	0.0151	0.0448	-32.993	9.265	9.425

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	109 - 167
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	168 - 318
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	0 - 90
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	91 - 159
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	160 - 319

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関連情報:EMDBヘッダ

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