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万見
- PDB-6plm: Legionella pneumophila SidJ/ Calmodulin 2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6plm
タイトルLegionella pneumophila SidJ/ Calmodulin 2 complex
要素
  • Calmodulin-2
  • SidJ protein
キーワードTRANSFERASE / SidJ / Calmodulin / polyglutamylation / pseudokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-glutamic acid ligase activity, initiating / protein-glutamic acid ligase activity, elongating / 合成酵素 / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / presynaptic endocytosis / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / calcineurin-mediated signaling ...protein-glutamic acid ligase activity, initiating / protein-glutamic acid ligase activity, elongating / 合成酵素 / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / presynaptic endocytosis / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / calcineurin-mediated signaling / protein phosphatase activator activity / adenylate cyclase binding / catalytic complex / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / presynaptic cytosol / calcium channel inhibitor activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / regulation of calcium-mediated signaling / titin binding / voltage-gated potassium channel complex / sperm midpiece / substantia nigra development / calcium channel complex / calyx of Held / cysteine-type peptidase activity / adenylate cyclase activator activity / regulation of heart rate / protein serine/threonine kinase activator activity / sarcomere / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / long-term synaptic potentiation / response to calcium ion / spindle pole / calcium-dependent protein binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / myelin sheath / transferase activity / vesicle / transmembrane transporter binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / nucleotide binding / centrosome / calcium ion binding / protein kinase binding / protein-containing complex / proteolysis / metal ion binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF-hand / : / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PYROPHOSPHATE 2- / Calmodulin-2 / Calmodulin-dependent glutamylase SidJ
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.592 Å
データ登録者Mao, Y. / Sulpizio, A. / Minelli, M.E. / Wu, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM094347 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Protein polyglutamylation catalyzed by the bacterial calmodulin-dependent pseudokinase SidJ.
著者: Sulpizio, A. / Minelli, M.E. / Wan, M. / Burrowes, P.D. / Wu, X. / Sanford, E.J. / Shin, J.H. / Williams, B.C. / Goldberg, M.L. / Smolka, M.B. / Mao, Y.
履歴
登録2019年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SidJ protein
B: SidJ protein
C: Calmodulin-2
D: Calmodulin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,27314
ポリマ－207,9864
非ポリマー1,28710
水2,810156
1
A: SidJ protein
C: Calmodulin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6377
ポリマ－103,9932
非ポリマー6435
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SidJ protein
D: Calmodulin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6377
ポリマ－103,9932
非ポリマー6435
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.351, 103.792, 110.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.69, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A1 - 900
2114B1 - 900
1124C1 - 149
2124D1 - 149

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.295541, 0.14417, -0.944389), (0.15161, -0.983097, -0.102634), (-0.943223, -0.112847, -0.312403)78.07452, 34.41334, 111.94678

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 SidJ protein


分子量: 87487.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg2155 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZTK6
#2: タンパク質 Calmodulin-2


分子量: 16506.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALM2, CAM2, CAMB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DP24

-
非ポリマー , 4種, 166分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris pH 9.2, 0.2 M Sodium Iodide , 15% PEG 3350, 1 mM Calcium Chloride, 1 mM ATP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→29.33 Å / Num. obs: 69809 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.908 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.59→2.66 Å / Rmerge(I) obs: 0.797 / Num. unique obs: 3687

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.592→29.33 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24055 --
Rwork0.17573 --
obs-66333 97.69 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.592→29.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14434 0 70 156 14660
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01414847
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8171.66420059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0041.63731188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.56251776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6522.911821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.682152694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4251587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022763
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.33.9147128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.33.9137127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6175.8658896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6175.8658897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7754.1987719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7754.1987720
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.376.18811164
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.41145.46416605
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.4145.45116594
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A11742MEDIUM POSITIONAL0.390.5
1A11742MEDIUM THERMAL3.762
2C2026MEDIUM POSITIONAL0.60.5
2C2026MEDIUM THERMAL4.262
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.85580.03550.2481.0933-0.68872.13980.022-0.00920.01820.00580.0890.17370.1161-0.1611-0.1110.0439-0.02120.04640.02430.00240.09518.02411.511744.2968
21.2479-0.29390.05460.78440.00720.9955-0.03880.07460.01330.0408-0.02640.005-0.00260.10260.06520.0851-0.04070.04170.0319-0.0120.025739.582420.002989.8044
33.24230.3978-0.9521.5174-0.49842.7195-0.0980.01540.13860.04830.13480.7487-0.2528-0.9315-0.03690.3755-0.1392-0.12820.92350.14510.8863-24.61626.922846.3456
44.62940.2303-1.22571.6606-0.94882.87390.0313-0.8679-0.37280.3495-0.00890.12110.31960.1289-0.02240.51050.02540.00410.3782-0.00690.151227.319318.8753120.476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A98 - 1004
2X-RAY DIFFRACTION2B97 - 1004
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 201
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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