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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pl6 | ||||||
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タイトル | Structural coordination of polymerization and crosslinking by a peptidoglycan synthase complex | ||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Peptidoglycan Glycosyltransferase / transmembrane protein / Shape Elongation Division and Sporulation / elongasome / Peptidoglycan transpeptidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipid-linked peptidoglycan transporter activity / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / cell division site / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sjodt, M. / Rohs, P.D.A. / Erlandson, S.C. / Zheng, S. / Rudner, D.Z. / Bernhardt, T.G. / Kruse, A.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural coordination of polymerization and crosslinking by a SEDS-bPBP peptidoglycan synthase complex. 著者: Sjodt, M. / Rohs, P.D.A. / Gilman, M.S.A. / Erlandson, S.C. / Zheng, S. / Green, A.G. / Brock, K.P. / Taguchi, A. / Kahne, D. / Walker, S. / Marks, D.S. / Rudner, D.Z. / Bernhardt, T.G. / Kruse, A.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 373.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 305.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 788.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 801.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40553.844 Da / 分子数: 1 / 変異: D255A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rodA, TTHA1241 / プラスミド: pCOLA / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 65452.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA1191 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q5SJ23 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 化合物 | ChemComp-AIX / ( |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.6 詳細: Protein complex was reconstituted with monoolein. Crystals were grown in 100 mM MES pH 5.8-6.8, 100 mM Na2SO4, 10 mM SrCl2, 35-45% PEG 300 PH範囲: 5.8-6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→49.235 Å / Num. obs: 59327 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.77 % / Biso Wilson estimate: 127.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.243 / Net I/σ(I): 5.86 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.39 Å / 冗長度: 6.82 % / Mean I/σ(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 2411 / CC1/2: 0.33 / % possible all: 99.7 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6PL5 解像度: 3.3→49.235 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.46
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 299.95 Å2 / Biso mean: 157.009 Å2 / Biso min: 71.75 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.3→49.235 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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