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万見
- PDB-6pl5: Structural coordination of polymerization and crosslinking by a p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pl5
タイトルStructural coordination of polymerization and crosslinking by a peptidoglycan synthase complex
要素
  • Penicillin-binding protein 2/cell division protein FtsI
  • Peptidoglycan glycosyltransferase RodA
  • Unknown peptide
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Peptidoglycan Glycosyltransferase / transmembrane protein / Shape Elongation Division and Sporulation / elongasome / Peptidoglycan transpeptidase
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid-linked peptidoglycan transporter activity / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / peptidoglycan glycosyltransferase activity / cell division site / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Probable peptidoglycan glycosyltransferase RodA/MrdB / Cell cycle, FtsW / RodA / SpoVE, conserved site / Cell cycle proteins ftsW / rodA / spoVE signature. / Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase ...Probable peptidoglycan glycosyltransferase RodA/MrdB / Cell cycle, FtsW / RodA / SpoVE, conserved site / Cell cycle proteins ftsW / rodA / spoVE signature. / Probable peptidoglycan glycosyltransferase FtsW/RodA / Cell cycle protein / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptidoglycan glycosyltransferase RodA / Penicillin-binding protein 2/cell division protein FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Sjodt, M. / Rohs, P.D.A. / Erlandson, S.C. / Zheng, S. / Rudner, D.Z. / Bernhardt, T.G. / Kruse, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI109764 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structural coordination of polymerization and crosslinking by a SEDS-bPBP peptidoglycan synthase complex.
著者: Sjodt, M. / Rohs, P.D.A. / Gilman, M.S.A. / Erlandson, S.C. / Zheng, S. / Green, A.G. / Brock, K.P. / Taguchi, A. / Kahne, D. / Walker, S. / Marks, D.S. / Rudner, D.Z. / Bernhardt, T.G. / Kruse, A.C.
履歴
登録2019年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan glycosyltransferase RodA
B: Penicillin-binding protein 2/cell division protein FtsI
D: Unknown peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,0043
ポリマ－107,0043
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.570, 119.570, 267.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan glycosyltransferase RodA / PGT / Cell elongation protein RodA / Cell wall polymerase / Peptidoglycan polymerase / PG polymerase


分子量: 40597.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rodA, TTHA1241 / プラスミド: pCOLA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q5SIX3, peptidoglycan glycosyltransferase
#2: タンパク質 Penicillin-binding protein 2/cell division protein FtsI


分子量: 65452.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA1191 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q5SJ23
#3: タンパク質・ペプチド Unknown peptide


分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.4
詳細: Protein complex was reconstituted with monoolein. Crystals were grown in 100 mM MES pH 5.8-6.5, 100 mM Li2SO4, 40-50% PEG 300
PH範囲: 5.8-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→44.766 Å / Num. obs: 50777 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.11 % / Biso Wilson estimate: 155.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 8.15
反射 シェル解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 6.11 % / Mean I/σ(I) obs: 0.62 / Num. unique obs: 2071 / CC1/2: 0.334 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BAR,3LO7

6bar

3lo7


解像度: 3.5→44.766 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3053 3380 6.66 %
Rwork0.2855 --
obs0.2869 50777 94.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 419.99 Å2 / Biso mean: 175.8364 Å2 / Biso min: 75.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→44.766 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6843 0 0 0 6843
残基数----924
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4999-3.54990.41231230.39941638176179
3.5499-3.60290.43251180.39181795191384
3.6029-3.65920.35231330.37331840197389
3.6592-3.71910.37131430.35761961210493
3.7191-3.78320.40591300.35661929205995
3.7832-3.8520.41221530.37462056220995
3.852-3.9260.40161360.35551972210896
3.926-4.00610.35381480.34392026217496
4.0061-4.09320.38981420.34431999214196
4.0932-4.18830.36851420.33472019216196
4.1883-4.2930.34211520.32752013216596
4.293-4.40890.34841420.31762013215596
4.4089-4.53860.34071390.31072018215797
4.5386-4.68490.37061390.30041980211996
4.6849-4.85220.3241470.27911954210194
4.8522-5.04620.31271350.28092055219095
5.0462-5.27550.28461410.28911960210195
5.2755-5.55320.3961460.29652014216096
5.5532-5.90040.35411520.29042044219698
5.9004-6.35480.2681430.2892049219297
6.3548-6.99210.31431360.29552040217697
6.9921-7.99890.28361540.2572006216097
7.9989-10.05890.22641460.20372020216697
10.0589-44.76970.22971400.26171996213695
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4773-4.1274-2.41249.57624.99972.7628-0.50130.32530.49770.21580.274-2.02710.49932.7353-0.19861.0615-0.22140.14492.0742-0.03111.093420.608367.6948-43.766
22.33621.08970.09927.02671.80560.35330.1226-1.09380.39991.3913-0.660.5027-0.1690.83270.48331.0151-0.0592-0.07452.7255-0.12271.322724.878348.0814-43.8613
33.9281-0.4008-5.03026.7871-2.12588.319-0.10770.07970.28-0.75840.3409-0.80580.96282.1051-0.22310.97270.0714-0.03061.5862-0.06270.60747.710542.9209-51.8539
43.69990.022.29821.0569-0.49643.29091.6237-1.7337-0.97552.0014-1.46841.40146.2087-1.8344-0.2363.4382-0.61140.12431.9213-0.13161.3734-6.090742.0908-35.3975
54.1527-1.7681-1.93222.21833.16996.2741-0.0570.1643-1.1103-0.59970.11391.01780.25121.72880.27741.0008-0.00570.28921.9137-0.30891.13796.888760.5147-24.1485
63.49371.3747-1.63373.85022.49216.97980.87460.897-0.29390.1936-0.4229-0.44950.35860.3961-0.32271.2995-0.3648-0.03932.1983-0.02060.640212.097360.212-46.7842
70.3599-1.16341.009-0.61450.24934.048-0.1029-0.1780.17690.13390.32-0.0302-0.08170.4675-0.25291.8126-0.40810.14421.8366-0.02090.9622-9.074553.4181-4.1977
83.02580.81910.76431.15970.48562.64680.1112-0.3394-0.62520.31380.0891-0.12061.5031-0.2227-0.22552.6512-0.4938-0.01631.37260.10270.8765-35.905218.8065-0.9415
92.66882.59591.17435.815-1.30042.3269-0.56750.0221-0.35230.0187-0.4684-0.7702-0.27830.40030.27890.6846-0.62480.17911.07370.02190.5344-9.552860.0872-1.5713
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 36 )A8 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 105 )A37 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 106 through 173 )A106 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 174 through 212 )A174 - 212
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 213 through 256 )A213 - 256
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 257 through 359 )A257 - 359
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 240 )B1 - 240
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 241 through 580 )B241 - 580
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 11 )D1 - 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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