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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pl5 | ||||||
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タイトル | Structural coordination of polymerization and crosslinking by a peptidoglycan synthase complex | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Peptidoglycan Glycosyltransferase / transmembrane protein / Shape Elongation Division and Sporulation / elongasome / Peptidoglycan transpeptidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipid-linked peptidoglycan transporter activity / peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / cell division site / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Sjodt, M. / Rohs, P.D.A. / Erlandson, S.C. / Zheng, S. / Rudner, D.Z. / Bernhardt, T.G. / Kruse, A.C. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020 タイトル: Structural coordination of polymerization and crosslinking by a SEDS-bPBP peptidoglycan synthase complex. 著者: Sjodt, M. / Rohs, P.D.A. / Gilman, M.S.A. / Erlandson, S.C. / Zheng, S. / Green, A.G. / Brock, K.P. / Taguchi, A. / Kahne, D. / Walker, S. / Marks, D.S. / Rudner, D.Z. / Bernhardt, T.G. / Kruse, A.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pl5.cif.gz | 371.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pl5.ent.gz | 303.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pl5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pl5_validation.pdf.gz | 445.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pl5_full_validation.pdf.gz | 455 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6pl5_validation.xml.gz | 32.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pl5_validation.cif.gz | 43.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/6pl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pl/6pl5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40597.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: rodA, TTHA1241 / プラスミド: pCOLA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q5SIX3, peptidoglycan glycosyltransferase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 65452.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA1191 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q5SJ23 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 954.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.37 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.4 詳細: Protein complex was reconstituted with monoolein. Crystals were grown in 100 mM MES pH 5.8-6.5, 100 mM Li2SO4, 40-50% PEG 300 PH範囲: 5.8-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→44.766 Å / Num. obs: 50777 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.11 % / Biso Wilson estimate: 155.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.159 / Net I/σ(I): 8.15 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→3.59 Å / 冗長度: 6.11 % / Mean I/σ(I) obs: 0.62 / Num. unique obs: 2071 / CC1/2: 0.334 / % possible all: 99.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6BAR,3LO7 解像度: 3.5→44.766 Å / SU ML: 0.67 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.31
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 419.99 Å2 / Biso mean: 175.8364 Å2 / Biso min: 75.51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.5→44.766 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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