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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pkf | ||||||
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タイトル | Myocilin OLF mutant N428E/D478K | ||||||
![]() | Myocilin | ||||||
![]() | CELL ADHESION / propeller | ||||||
機能・相同性 | ![]() skeletal muscle hypertrophy / clustering of voltage-gated sodium channels / myosin light chain binding / non-canonical Wnt signaling pathway / myelination in peripheral nervous system / node of Ranvier / frizzled binding / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion ...skeletal muscle hypertrophy / clustering of voltage-gated sodium channels / myosin light chain binding / non-canonical Wnt signaling pathway / myelination in peripheral nervous system / node of Ranvier / frizzled binding / negative regulation of stress fiber assembly / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of mitochondrial depolarization / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of focal adhesion assembly / regulation of MAPK cascade / fibronectin binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / rough endoplasmic reticulum / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of JNK cascade / bone development / mitochondrial intermembrane space / cilium / receptor tyrosine kinase binding / osteoblast differentiation / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / collagen-containing extracellular matrix / mitochondrial outer membrane / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / mitochondrial inner membrane / positive regulation of cell migration / Golgi apparatus / signal transduction / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lieberman, R.L. / Hill, S.E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Calcium-ligand variants of the myocilin olfactomedin propeller selected from invertebrate phyla reveal cross-talk with N-terminal blade and surface helices. 著者: Hill, S.E. / Cho, H. / Raut, P. / Lieberman, R.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 83.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31226.086 Da / 分子数: 1 / 変異: N428E, D478K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.73 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG 3350, M Bis Tris pH 6, magnesium formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→33.369 Å / Num. obs: 40126 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 11.92 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.129 / Net I/σ(I): 31.73 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.54 Å / Num. unique obs: 41877 / % possible all: 95.49 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6OU1 解像度: 1.484→33.369 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.81
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.49 Å2 / Biso mean: 18.841 Å2 / Biso min: 5.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.484→33.369 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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