[日本語] English
万見
- PDB-6pk5: Adenylate kinase from Methanococcus igneus - apo form -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pk5
タイトルAdenylate kinase from Methanococcus igneus - apo form
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE / adenylate kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate kinase / AMP kinase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase AdkA / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Methanotorris igneus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Moon, S. / Kim, J. / Bae, E. / Phillips Jr., G.N.
資金援助 韓国, 米国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)PJ013181 韓国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Adenylate kinase from Methanococcus igneus - apo form
著者: Bae, E.
履歴
登録2019年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
D: Adenylate kinase
E: Adenylate kinase
F: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,53821
ポリマ－135,0066
非ポリマー53215
水2,504139
1
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
C: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,75110
ポリマ－67,5033
非ポリマー2487
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area27580 Å2
手法PISA
2
D: Adenylate kinase
E: Adenylate kinase
F: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,78711
ポリマ－67,5033
非ポリマー2848
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area27620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.710, 68.710, 257.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase


分子量: 22501.016 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanotorris igneus (古細菌) / 遺伝子: adkA, adk / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43408, adenylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 30%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48 Å / Num. obs: 60464 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.89 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.08
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 9674 / CC1/2: 0.402 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→31.332 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2673 1903 3.15 %
Rwork0.2293 --
obs0.2306 60422 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8844 0 15 139 8998
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0158923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.53712006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9885572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091521
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6328-0.2678-0.23913.76160.58425.4190.12490.1152-0.4063-0.2731-0.2011-0.20251.11180.15310.05310.83190.08710.03750.40190.0470.5167-61.6687-24.4903-25.7362
23.44910.80360.72773.4166-0.48835.0442-0.15140.5930.4483-0.43550.0545-0.4172-0.58230.67250.0350.5977-0.06910.07340.55680.07930.5443-49.78113.9604-27.1288
33.5745-0.57650.63013.06330.41225.33910.11870.2698-0.0299-0.0536-0.18960.553-0.0495-0.94870.02250.4895-0.00580.00840.5401-0.01330.4612-80.2354-0.0659-26.0979
43.635-0.52520.02533.6127-0.99065.0001-0.08680.0185-0.29180.1749-0.0538-0.33930.52320.65630.07790.4996-0.00280.00290.37870.00990.4854-45.9007-11.674817.8148
52.4242-0.2365-0.25712.76190.71874.13830.0495-0.1834-0.22910.1104-0.13170.4580.4492-0.50570.05460.5579-0.19010.04720.45110.00060.5481-76.3663-17.090618.9367
61.6572-0.4827-0.22662.1620.66794.6742-0.07580.02750.4291-0.034-0.0249-0.1484-0.69540.11780.0750.6035-0.1036-0.03940.32730.03840.5554-66.067611.877417.9962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E'
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F'

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る