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- PDB-6pk3: Alanine-glyoxylate aminotransferase 1 (AGT1) from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pk3
タイトルAlanine-glyoxylate aminotransferase 1 (AGT1) from Arabidopsis thaliana
要素Serine--glyoxylate aminotransferase
キーワードTRANSFERASE / photorespiration / serine-glyoxylate aminotransferase / PLP / peroxisomal enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-glyoxylate transaminase / L-serine-glyoxylate transaminase activity / serine-pyruvate transaminase / alanine-glyoxylate transaminase / L-serine-pyruvate transaminase activity / alanine-glyoxylate transaminase activity / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / photorespiration / apoplast / chloroplast stroma ...serine-glyoxylate transaminase / L-serine-glyoxylate transaminase activity / serine-pyruvate transaminase / alanine-glyoxylate transaminase / L-serine-pyruvate transaminase activity / alanine-glyoxylate transaminase activity / 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの / photorespiration / apoplast / chloroplast stroma / chloroplast / peroxisome / mRNA binding / mitochondrion / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine-pyruvate aminotransferase/2-aminoethylphosphonate-pyruvate transaminase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Serine--glyoxylate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Liepman, A.H. / Saper, M.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH-GM08353 米国
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure Of Photorespiratory Alanine:Glyoxylate Aminotransferase 1 (AGT1) FromArabidopsis thaliana.
著者: Liepman, A.H. / Vijayalakshmi, J. / Peisach, D. / Hulsebus, B. / Olsen, L.J. / Saper, M.A.
履歴
登録2019年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine--glyoxylate aminotransferase
B: Serine--glyoxylate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0906
ポリマ－88,5142
非ポリマー5764
水6,143341
1
A: Serine--glyoxylate aminotransferase
B: Serine--glyoxylate aminotransferase
ヘテロ分子

A: Serine--glyoxylate aminotransferase
B: Serine--glyoxylate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,17912
ポリマ－177,0284
非ポリマー1,1528
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area23170 Å2
ΔGint-121 kcal/mol
Surface area48230 Å2
手法PISA
2
A: Serine--glyoxylate aminotransferase
ヘテロ分子

A: Serine--glyoxylate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1006
ポリマ－88,5142
非ポリマー5864
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area29670 Å2
手法PISA
3
B: Serine--glyoxylate aminotransferase
ヘテロ分子

B: Serine--glyoxylate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0796
ポリマ－88,5142
非ポリマー5654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area29990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.179, 62.289, 97.013
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-689-

HOH

21A-768-

HOH

31A-775-

HOH

41A-778-

HOH

51B-682-

HOH

61B-747-

HOH

71B-750-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Serine--glyoxylate aminotransferase / Alanine--glyoxylate aminotransferase / AGT / Asparagine aminotransferase / Serine--pyruvate aminotransferase


分子量: 44256.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AGT1, At2g13360, F14O4.7 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q56YA5, serine-glyoxylate transaminase, alanine-glyoxylate transaminase, 転移酵素; 含窒素の基を移すもの; H2N-アミノ基を移すもの, serine-pyruvate transaminase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 % / 解説: Clear
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein: 11 mg/ml in 0.2 mM pyridoxal-phosphate, 10% glycerol, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5. Precipitant: 4.1-4.2 M sodium formate. One microliter protein + 1 microliter precipitant equilibrated against precipitant.

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月14日
放射モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→22.6 Å / Num. obs: 41368 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 23.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.2-2.280.20921271.12148.2
2.28-2.370.19335841.113181.1
2.37-2.480.20341871.143194.5
2.48-2.610.19244101.171199.5
2.61-2.770.15844311.158199.9
2.77-2.990.12744811.1551100
2.99-3.290.09744471.128199.9
3.29-3.760.0745131.028199.9
3.76-4.740.05345400.968199.9
4.74-300.04246480.793197.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15-2精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SOLVE2.02位相決定
SCALEPACK1.6.1データスケーリング
DENZO0.95データ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.18→22.6 Å / SU ML: 0.149 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 16.2893
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1703 2789 7.02 %random
Rwork0.1393 ---
obs0.1415 39724 89.2 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→22.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6195 0 36 341 6572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00256460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54248815
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04191007
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00331125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.69653824
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.18-2.220.2349420.1797709X-RAY DIFFRACTION34.01
2.22-2.260.1872980.18481209X-RAY DIFFRACTION59.73
2.26-2.310.20911170.17341459X-RAY DIFFRACTION71.34
2.31-2.350.20411300.16761603X-RAY DIFFRACTION79.97
2.35-2.40.2211380.1661741X-RAY DIFFRACTION85.56
2.4-2.460.19381290.16041852X-RAY DIFFRACTION90.46
2.46-2.520.19051520.16541908X-RAY DIFFRACTION93.76
2.52-2.590.17421360.16341979X-RAY DIFFRACTION95.18
2.59-2.670.20791380.16831946X-RAY DIFFRACTION95.16
2.67-2.750.20971530.15551966X-RAY DIFFRACTION96.36
2.75-2.850.18961570.15621974X-RAY DIFFRACTION96.25
2.85-2.960.19571650.15782018X-RAY DIFFRACTION97.2
2.96-3.10.19971360.15722013X-RAY DIFFRACTION97.77
3.1-3.260.18551620.15181997X-RAY DIFFRACTION97.69
3.26-3.460.14891440.13892081X-RAY DIFFRACTION98.32
3.46-3.730.15921470.12352037X-RAY DIFFRACTION98.64
3.73-4.10.14671530.10882080X-RAY DIFFRACTION99.16
4.1-4.690.12161600.09792076X-RAY DIFFRACTION99.25
4.69-5.890.1381740.11942103X-RAY DIFFRACTION99.17
5.89-22.60.17431580.13662184X-RAY DIFFRACTION96.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.34452470756-2.71586956029-0.04673524066122.38090537046-0.08427687163240.745404963657-0.00274203190186-0.2295133076960.150868882471-0.01130332246490.142195420886-0.138331644736-0.110613155816-0.0187917987696-0.175885056550.187535262563-0.04341305121640.008327568254790.1659943665610.009158570475330.206387538022-12.42169197412.7952640909159.8768357463
24.760145465520.8903833061541.80360555051.951858423340.9502365345161.735741130490.08706612982130.205692348496-0.461430621841-0.02532994410560.00838951650886-0.2241859812690.1687191733440.0699528909598-0.111332702270.247077332614-0.01582994605110.01787061166880.143028198401-0.005834190228820.1853186373042.94961747382-13.296064997650.5520419532
31.26427684115-0.1099427651350.01486784320730.8803145172020.3020329861621.03639326724-0.0330182969020.455063696094-0.0553545075633-0.2081066025230.06961721479790.00423262584506-0.02472111055350.0101687320824-0.03385638825710.218840759508-0.0716379782545-0.01911858794930.293640157516-0.008259723925250.16535686255-16.5188343793-5.665129973129.0522612027
42.1483207207-0.248200664631-0.4769146684170.616354746325-1.000129311722.169021647440.04879679852950.455031340117-0.505144824341-0.04304111468140.222306303898-0.0418774570440.1794692395110.179114021427-0.2472394326350.241102169215-0.0674532905734-0.02384910930010.31244688894-0.1139434309330.230798904872-20.7933373348-16.868570859227.1812877017
52.40587661835-2.26607053951-1.16885330884.509968106745.348770957648.862056535510.02612802545080.0954456376065-0.3089107499610.1126559777940.05970287310540.1372326918390.1929829979820.0888793606648-0.1445556482770.199897302976-0.0500134806159-0.01726806523770.188997903319-0.001966497412850.207825451923-16.2590331717-14.141999711640.6438593917
61.628402761670.26574382780.2238141982860.618748977308-0.02926610837091.18594890324-0.05903462730320.286487193761-0.203128224825-0.08544367970230.0550134303367-0.06889657493920.1225445010540.07115108384090.0005432059297660.216258277582-0.02195759809810.01206219280360.166933152293-0.04344463693620.236683139703-1.35941068388-11.333901550541.5625045591
71.018058217310.129395595683-0.3215173925360.9035879022990.3842618544182.28205818988-0.02786492506860.20039531332-0.186737500724-0.04216348382720.03106447068980.1568113393490.0408349053599-0.12025470024-0.02779463656830.184148434004-0.0428077815357-0.02075347509920.1557447263190.001040472077990.193875186213-30.6009259439-5.2851103671149.0708929671
82.37049966005-1.039411258540.5519274254541.96845802434-0.3206277910382.42204785757-0.1682061506120.2478162435750.443010797861-0.2421892498450.1011037192060.131554918414-0.406127418927-0.1462377723010.06437841518310.231536869065-0.00807977673034-0.03570739952120.1408523697590.0620593709640.235893902417-27.796919460713.742941102951.1342263304
91.764366723810.0776313938058-0.5313596610731.82697275841-0.02436891361971.68413958986-0.02428381469320.0434292688447-0.0366565463786-0.03978214423020.03838127124050.0697557166993-0.0174383171097-0.136396414787-0.03971214102170.154796947987-0.017264148325-0.02779608036050.1383326384050.006593203079430.158538249711-28.61601500391.6089288379757.0179972332
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 55 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 155 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 156 through 175 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 176 through 198 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 199 through 270 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 271 through 307 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 308 through 330 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 331 through 401 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 2 through 270 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 271 through 401 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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