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- PDB-6pjj: Human PRPF4B bound to benzothiophene inhibitor 224 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pjj
タイトルHuman PRPF4B bound to benzothiophene inhibitor 224
要素Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE Inhibitor / Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE / splicing KINASE PRPF4B / TRANSFERASE-TRANSFERASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hippo signaling / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mRNA cis splicing, via spliceosome / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of protein export from nucleus / kinetochore / mRNA splicing, via spliceosome ...positive regulation of hippo signaling / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mRNA cis splicing, via spliceosome / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / spliceosomal snRNP assembly / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / positive regulation of protein export from nucleus / kinetochore / mRNA splicing, via spliceosome / non-specific serine/threonine protein kinase / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Serine/threonine-protein PRP4, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain ...Serine/threonine-protein PRP4, catalytic domain / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OCJ / PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Godoi, P.H.C. / Santiago, A.S. / Fala, A.M. / Ramos, P.Z. / Sriranganadane, D. / Mascarello, A. / Segretti, N. / Azevedo, H. / Guimaraes, C.R.W. / Arruda, P. ...Godoi, P.H.C. / Santiago, A.S. / Fala, A.M. / Ramos, P.Z. / Sriranganadane, D. / Mascarello, A. / Segretti, N. / Azevedo, H. / Guimaraes, C.R.W. / Arruda, P. / Elkins, J.M. / Counago, R.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)13/50724-5 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: to be published
著者: Godoi, P.H.C. / Santiago, A.S. / Fala, A.M. / Ramos, P.Z. / Sriranganadane, D. / Mascarello, A. / Segretti, N. / Azevedo, H. / Guimaraes, C.R.W. / Arruda, P. / Elkins, J.M. / Counago, R.M.
履歴
登録2019年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
B: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
C: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
D: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,74024
ポリマ－163,8534
非ポリマー2,88620
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)241.812, 241.812, 50.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog / PRP4 kinase / PRP4 pre-mRNA-processing factor 4 homolog


分子量: 40963.363 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRPF4B, KIAA0536, PRP4, PRP4H, PRP4K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q13523, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-OCJ / 4-(5-{[(3-aminophenyl)methyl]carbamoyl}thiophen-2-yl)-1-benzothiophene-2-carboxamide


分子量: 407.509 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H17N3O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.46 % / 解説: needle
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.1M Na/K phosphate, 15% PEG smear high, 10% etylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→120.91 Å / Num. obs: 66509 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.328 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.337 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 1335190 / Scaling rejects: 689
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 20.5 % / Rmerge(I) obs: 1.832 / Num. measured all: 90043 / Num. unique obs: 4383 / CC1/2: 0.815 / Rpim(I) all: 0.412 / Rrim(I) all: 1.878 / Net I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.53 Å79.15 Å
Translation3.53 Å79.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CNH

6cnh


解像度: 2.4→79.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.538 / SU ML: 0.175 / SU R Cruickshank DPI: 0.3352 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.241
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2402 3265 4.9 %RANDOM
Rwork0.1903 ---
obs0.1928 63213 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.16 Å2 / Biso mean: 32.956 Å2 / Biso min: 8.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.05 Å2-0 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→79.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10260 0 184 226 10670
Biso mean--59.15 28.2 -
残基数----1290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01310636
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.64114348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1671.58323167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.61651279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.12422.599531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.342151917
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7281554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21357
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022146
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 237 -
Rwork0.245 4572 -
all-4809 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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