PDB-6pis: Mouse two pore domain K+ channel TRAAK (K2P4.1) - Fab complex str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pis

タイトル

Mouse two pore domain K+ channel TRAAK (K2P4.1) - Fab complex structure

要素

ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
Potassium channel subfamily K member 4

キーワード

ION TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / POTASSIUM ION CHANNEL

機能・相同性

機能・相同性情報

TWIK related potassium channel (TREK) / Phase 4 - resting membrane potential / temperature-gated cation channel activity / mechanosensitive potassium channel activity / sensory perception of temperature stimulus / potassium channel complex / stabilization of membrane potential / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / cellular response to alkaline pH / potassium ion leak channel activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Cricetulus migratorius (ネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.77 Å

データ登録者

Brohawn, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The mechanosensitive ion channel TRAAK is localized to the mammalian node of Ranvier.
著者: Brohawn, S.G. / Wang, W. / Handler, A. / Campbell, E.B. / Schwarz, J.R. / MacKinnon, R.

履歴

登録	2019年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月21日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns_shell / struct_conn Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all ..._reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pis.cif.gz	270.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pis.ent.gz	213.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pis	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wfeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1mco-1 20444 1uxl-d 3jqq-d 3utz-4 3gzo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (4) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Potassium channel subfamily K member 4

B: Potassium channel subfamily K member 4

L: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

H: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

I: ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN

M: ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN

ヘテロ分子

163 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.450, 154.510, 202.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	L
2	2	M
1	3	H
2	3	I

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	28 - 284	28 - 284
2	1	ARG	ARG	LEU	LEU	B	B	28 - 284	28 - 284
1	2	ASP	ASP	ASN	ASN	L	C	1 - 211	1 - 211
2	2	ASP	ASP	ASN	ASN	M	F	1 - 211	1 - 211
1	3	GLN	GLN	PRO	PRO	H	D	1 - 224	1 - 224
2	3	GLN	GLN	PRO	PRO	I	E	1 - 224	1 - 224

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Potassium channel subfamily K member 4 / TWIK-related arachidonic acid-stimulated potassium channel protein / TRAAK 分子量: 33725.898 Da / 分子数: 2 / 変異: N107Q, N110Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnk4, Traak / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: O88454
#2: 抗体	ANTIBODY FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN 分子量: 23526.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cricetulus migratorius (ネズミ)
#3: 抗体	ANTIBODY FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN 分子量: 24035.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cricetulus migratorius (ネズミ)
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 50 mM Sodium Citrate pH 5.5 500 mM KCl 12% PEG4000 (w/v)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→122.91 Å / Num. obs: 26117 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 13.384 % / B_iso Wilson estimate: 118.358 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.483 / R_rim(I) all: 0.502 / Χ²: 0.983 / Net I/σ(I): 3.49

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	% possible all	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.6-2.67	5.068	23529	5194	4643	89.4
2.67-2.74	8.98	43707	5025	4867	96.9
2.74-2.82	12.06	58648	4921	4863	98.8
2.82-2.91	13.961	66580	4799	4769	99.4
2.91-3	14.829	68066	4611	4590	99.5	0.18	0.184
3-3.11	14.929	66600	4489	4461	99.4	0.36	0.326
3.11-3.22	14.985	65139	4368	4347	99.5	0.53	0.457	7.836	8.112
3.22-3.36	14.987	62242	4165	4153	99.7	0.89	0.758	4.76	4.928
3.36-3.5	14.949	59468	3996	3978	99.5	1.26	0.927	3.151	3.263
3.5-3.68	14.94	57459	3861	3846	99.6	1.79	0.92	2.196	2.274
3.68-3.87	14.883	54413	3661	3656	99.9	2.55	0.959	1.398	1.448
3.87-4.11	14.83	51432	3472	3468	99.9	3.53	0.976	0.935	0.968
4.11-4.39	14.767	48288	3275	3270	99.8	5.13	0.99	0.577	0.598
4.39-4.75	14.591	44677	3063	3062	100	7.23	0.991	0.377	0.39
4.75-5.2	14.464	41005	2835	2835	100	8.56	0.992	0.325	0.337
5.2-5.81	14.399	36876	2561	2561	100	9.4	0.992	0.29	0.3
5.81-6.71	14.137	32486	2298	2298	100	11.04	0.994	0.231	0.239
6.71-8.22	13.596	26607	1957	1957	100	17.04	0.997	0.132	0.137
8.22-11.62	12.949	19916	1538	1538	100	24.46	0.998	0.086	0.089
11.62-122.91	11.751	10576	918	900	98	25.72	0.997	0.071	0.074

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.91 Å	122.91 Å
Translation	7.91 Å	122.91 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS	March 15, 2019	データ削減
XSCALE	March 15, 2019	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WFE

4wfe

解像度: 2.77→122.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.839 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.851 / SU B: 22.79 / SU ML: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.679 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2863	1287	4.9 %	RANDOM
R_work	0.24843	-	-	-
obs	0.2503	24830	44.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.526 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.77→122.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10244	0	6	0	10250

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.014	10517
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9484
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.923	1.646	14339
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.708	1.629	22142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.509	5	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.192	22.692	442
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.37	15	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.915	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	1399
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	11635
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2069
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.767	8.389	5288
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.766	8.389	5287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.922	12.574	6589
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.921	12.574	6590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.406	8.516	5229
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.402	8.516	5227
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.616	12.699	7750
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.791	99.442	11812
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.79	99.444	11813
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7066	0.09
1	2	B	7066	0.09
2	1	L	6331	0.08
2	2	M	6331	0.08
3	1	H	6411	0.06
3	2	I	6411	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.77→2.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.531	8	-
R_work	0.502	105	-
obs	-	-	2.65 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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