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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pi6 | ||||||
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タイトル | The evolving story of AtzT, a periplasmic binding protein | ||||||
要素 | Atrazine periplasmic binding protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / SAD phasing / periplasmic binding protein / evolution from purine binding to atrazine binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å | ||||||
データ登録者 | Peat, T.S. / Newman, J. / Scott, C. / Esquirol, L. / Dennis, M. / Nebl, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: The evolving story of AtzT, a periplasmic binding protein. 著者: Dennis, M.L. / Esquirol, L. / Nebl, T. / Newman, J. / Scott, C. / Peat, T.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pi6.cif.gz | 281.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pi6.ent.gz | 224.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pi6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pi6_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pi6_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pi6_validation.xml.gz | 54.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pi6_validation.cif.gz | 78.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pi/6pi6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38291.691 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (strain ADP) (バクテリア) 株: ADP / 遺伝子: orf97, AOX63_31690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q936X6 #2: 化合物 | ChemComp-OKM / #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Protein at 20 mg/mL in SD2 plates incubated at 20 C. Crystallisation conditions contained 6-8% Jeffamine M600 with 2-7% MPD and trisodium citrate at 1.1-1.2 M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953716 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953716 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→49.1 Å / Num. obs: 176707 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.265 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 8668 / CC1/2: 0.653 / Rpim(I) all: 0.515 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6PII 解像度: 1.65→49.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.984 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.079 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.06 Å2 / Biso mean: 27.596 Å2 / Biso min: 14.75 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→49.1 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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