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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6phm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of glucagon analog fully composed of D-amino acids in space group I41 at 1.1 A resolution | ||||||
要素 | D-glucagon | ||||||
キーワード | HORMONE / glucagon / GPCR ligand / peptide hormone | ||||||
機能・相同性 | polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å | ||||||
データ登録者 | Mroz, P.A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / DiMarchi, R.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: High resolution X-ray structure of glucagon and selected stereo-inversed analogs in novel crystallographic packing arrangement. 著者: Mroz, P.A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / DiMarchi, R.D. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010 タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. 著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart / 要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6phm.cif.gz | 34.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6phm.ent.gz | 26.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6phm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6phm_validation.pdf.gz | 746.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6phm_full_validation.pdf.gz | 747.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6phm_validation.xml.gz | 4.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6phm_validation.cif.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/6phm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/6phm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: Polypeptide(D) | 分子量: 3485.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 20% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å |
検出器 | タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年9月20日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.1→29.96 Å / Num. obs: 10382 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.9 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.036 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 39.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.1→1.29 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 3234 / CC1/2: 0.975 / Rpim(I) all: 0.134 / Rrim(I) all: 0.24 / Rsym value: 0.196 / % possible all: 90.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6PHO 解像度: 1.1→29.96 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.98
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→29.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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