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- PDB-6phi: Crystal structure of native glucagon in space group I41 at 1.1 A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6phi
タイトルCrystal structure of native glucagon in space group I41 at 1.1 A resolution
要素Glucagon
キーワードHORMONE / glucagon / GPCR ligand / peptide hormone
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon receptor binding / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A signaling / regulation of insulin secretion ...glucagon receptor binding / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucagon stimulus / protein kinase A signaling / regulation of insulin secretion / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / gluconeogenesis / response to activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / glucose homeostasis / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / secretory granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor ligand activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucagon / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Mroz, P.A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / DiMarchi, R.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentIndiana University Internal grant 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: High resolution X-ray structure of glucagon and selected stereo-inversed analogs in novel crystallographic packing arrangement.
著者: Mroz, P.A. / Gonzalez-Gutierrez, G. / DiMarchi, R.D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucagon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5583
ポリマ－3,4871
非ポリマー712
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area250 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area2980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.555, 42.555, 28.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Space group name HallI4bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Glucagon


分子量: 3486.781 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 53-81 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01275
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.88 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.5 M sodium chloride, 0.1 M imidazole, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2017年9月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→23.61 Å / Num. obs: 10334 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 8.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.045 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 28.4
反射 シェル解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique obs: 536 / CC1/2: 0.898 / Rpim(I) all: 0.226 / Rrim(I) all: 0.574 / Rsym value: 0.526 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6PHO

6pho


解像度: 1.1→23.61 Å / SU ML: 0.0636 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.9201
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1387 496 4.8 %
Rwork0.1358 --
obs0.136 10327 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→23.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数236 0 2 33 271
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075262
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9752358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.050136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.901595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.210.17691150.14182479X-RAY DIFFRACTION99.85
1.21-1.390.15611110.11892476X-RAY DIFFRACTION100
1.39-1.750.13121350.12452458X-RAY DIFFRACTION100
1.75-23.610.13181350.14382418X-RAY DIFFRACTION96.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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