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万見
- PDB-6ph3: LOV-PAS construct from the LOV-HK sensory protein from Brucella a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ph3
タイトルLOV-PAS construct from the LOV-HK sensory protein from Brucella abortus (dark-adapted, construct 15-273)
要素Blue-light-activated histidine kinase
キーワードTRANSFERASE / PAS SUPERFAMILY / BLUE-LIGHT PHOTORECEPTOR / FMN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


protein histidine kinase activity / response to stimulus / histidine kinase / photoreceptor activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / PAS fold-3 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) ...Signal transduction histidine kinase, HWE region / HWE histidine kinase / HWE histidine kinase / PAS fold-3 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Blue-light-activated histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella melitensis biotype 1 (マルタ熱菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Rinaldi, J. / Otero, L.H. / Fernandez, I. / Goldbaum, F.A. / Shin, H. / Yang, X. / Klinke, S.
資金援助 アルゼンチン, 3件
組織認可番号国
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT 2011-2672 アルゼンチン
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT 2014-0959 アルゼンチン
Agencia Nacional de Promocion Cientifica y Tecnologica (FONCYT)PICT 2016-1618 アルゼンチン
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2021
タイトル: Dimer Asymmetry and Light Activation Mechanism in Brucella Blue-Light Sensor Histidine Kinase.
著者: Rinaldi, J. / Fernandez, I. / Shin, H. / Sycz, G. / Gunawardana, S. / Kumarapperuma, I. / Paz, J.M. / Otero, L.H. / Cerutti, M.L. / Zorreguieta, A. / Ren, Z. / Klinke, S. / Yang, X. / Goldbaum, F.A.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Blue-light-activated histidine kinase
B: Blue-light-activated histidine kinase
C: Blue-light-activated histidine kinase
D: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,1128
ポリマ－121,2864
非ポリマー1,8254
水1,11762
1
A: Blue-light-activated histidine kinase
B: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5564
ポリマ－60,6432
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7520 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area26100 Å2
手法PISA
2
C: Blue-light-activated histidine kinase
D: Blue-light-activated histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5564
ポリマ－60,6432
非ポリマー9132
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7450 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area25930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.420, 56.930, 114.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Blue-light-activated histidine kinase / BM-LOV-histidine kinase / BM-LOV-HK


分子量: 30321.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella melitensis biotype 1 (strain 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094) (マルタ熱菌)
株: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / 遺伝子: BMEII0679 / プラスミド: pET-24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q8YC53, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.65 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 14% (w/v) PEG 4000 + 0.2 M lithium sulfate + 0.1 M Tris-HCl, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
詳細: CONVEX PREFOCUSSING MIRROR AND A KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF FOCUSSING MIRRORS
放射モノクロメーター: CRYOGENICALLY COOLED CHANNEL CUT SI[111] CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→47.7 Å / Num. obs: 36012 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 83.44 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.74→2.9 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5428 / CC1/2: 0.874 / Rrim(I) all: 0.91 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
MxCuBEデータ収集
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T50

3t50


解像度: 2.74→47.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 1.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.871 / SU Rfree Blow DPI: 0.342 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.353
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1801 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.227 36004 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 74.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.7351 Å20 Å2-5.1064 Å2
2---32.3827 Å20 Å2
3---15.6476 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.74→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8063 0 124 62 8249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018367HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1811372HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2911SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes207HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1296HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8367HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.04
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.59
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1111SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9323SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.82 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 134 5 %
Rwork0.293 2545 -
all0.294 2679 -
obs--91.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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