[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-6ph2: Complete LOV domain from the LOV-HK sensory protein from Brucella... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ph2 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Complete LOV domain from the LOV-HK sensory protein from Brucella abortus (mutant C69S, construct 15-155) | ||||||||||||
![]() | Blue-light-activated histidine kinase | ||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / PAS SUPERFAMILY / BLUE-LIGHT PHOTORECEPTOR / FMN BINDING | ||||||||||||
Function / homology | ![]() protein histidine kinase activity / response to stimulus / histidine kinase / photoreceptor activity / ATP binding Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Rinaldi, J. / Otero, L.H. / Fernandez, I. / Goldbaum, F.A. / Shin, H. / Yang, X. / Klinke, S. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() Title: Dimer Asymmetry and Light Activation Mechanism in Brucella Blue-Light Sensor Histidine Kinase. Authors: Rinaldi, J. / Fernandez, I. / Shin, H. / Sycz, G. / Gunawardana, S. / Kumarapperuma, I. / Paz, J.M. / Otero, L.H. / Cerutti, M.L. / Zorreguieta, A. / Ren, Z. / Klinke, S. / Yang, X. / Goldbaum, F.A. | ||||||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 117.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 89.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 514.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 514.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 1.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 7.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6ph3C ![]() 6ph4C ![]() 6ppsC ![]() 3t50S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 16752.086 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C69S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / Gene: BMEII0679 / Plasmid: pET-24a / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-FMN / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.76 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.2 / Details: 15% (w/v) PEG 3350 + 0.1 M sodium citrate, pH 5.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 16, 2016 / Details: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BIMORPH MIRRORS |
Radiation | Monochromator: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.34→48.63 Å / Num. obs: 29308 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 11.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.34→2.49 Å / Redundancy: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 4523 / CC1/2: 0.506 / Rrim(I) all: 0.624 / % possible all: 96.7 |
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3T50 Resolution: 2.34→48.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 9.903 / SU ML: 0.214 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.239
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.838 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.34→48.63 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|