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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pgy | ||||||
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タイトル | MTSL labelled T4 lysozyme pseudo-wild type K65C mutant | ||||||
![]() | Endolysin | ||||||
![]() | HYDROLASE / T4 Lysozyme / MTSL / spin label | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuneo, M.J. / Myles, D.A. / Li, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Making hydrogens stand out: Enhanced neutron diffraction from biological crystals using dynamic nuclear polarization 著者: Pierce, J. / Myles, D.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 50.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18602.326 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, K65C, C97A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: e, T4Tp126 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MTN / | #4: 化合物 | ChemComp-HED / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 2.0M Na/K phosphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年1月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. obs: 14595 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 29.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Χ2: 1.322 / Net I/av σ(I): 17.8 / Net I/σ(I): 10.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5VNR 解像度: 2→35.628 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.18
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 88.01 Å2 / Biso mean: 30.6463 Å2 / Biso min: 16.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→35.628 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %
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