+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5kim | ||||||
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Title | PSEUDO T4 LYSOZYME MUTANT - Y88PHE-I | ||||||
Components | Endolysin | ||||||
Keywords | HYDROLASE / HALOGEN BONDS / T4 LYSOZYME | ||||||
Function / homology | Function and homology information viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacteria phage T4 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Scholfield, M.R. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2017 Title: Structure-Energy Relationships of Halogen Bonds in Proteins. Authors: Scholfield, M.R. / Ford, M.C. / Carlsson, A.C. / Butta, H. / Mehl, R.A. / Ho, P.S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5kim.cif.gz | 61.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5kim.ent.gz | 42.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5kim.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5kim_validation.pdf.gz | 441.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5kim_full_validation.pdf.gz | 442 KB | Display | |
Data in XML | 5kim_validation.xml.gz | 12.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5kim_validation.cif.gz | 19.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/5kim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/5kim | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5khzC 5ki1C 5ki2C 5ki3C 5ki8C 5kigC 5kiiC 5kioC 1l63S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 19567.143 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacteria phage T4 (virus) / Plasmid: PBAD / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P00720, lysozyme | ||
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#2: Chemical | ChemComp-HED / | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.88 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.9 Details: 2.0M KPO4, 50mM 2-HYDROXYETHYLDISULFID, 50mM 2-MERCAPTOETHANOL, PH6.9 PH range: 6.6-7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-003 / Wavelength: 1.54 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 200K / Detector: PIXEL / Date: Apr 20, 2016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→50 Å / Num. obs: 33148 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13 % / Biso Wilson estimate: 13.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 3.156 / Net I/av σ(I): 70.423 / Net I/σ(I): 23.4 / Num. measured all: 431722 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1L63 Resolution: 1.5→35.374 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.78
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 54.02 Å2 / Biso mean: 16.8073 Å2 / Biso min: 2.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→35.374 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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