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- PDB-6pfv: Structure of S. venezuelae RisG-WhiG-c-di-GMP complex: orthorhomb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pfv
タイトルStructure of S. venezuelae RisG-WhiG-c-di-GMP complex: orthorhombic crystal form
要素
  • AmfC protein
  • RNA polymerase sigma factor
キーワードTRANSCRIPTION / RsiG / WhiG / c-di-GMP / sigma / anti-sigma / Streptomyces
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / RsiG-like / RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 ...: / : / RsiG-like / RNA polymerase sigma factor, FliA/WhiG / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / RNA polymerase sigma factor / AmfC protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces venezuelae (バクテリア)
Streptomyces sp. PanSC19 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schumacher, M.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: c-di-GMP Arms an Anti-sigma to Control Progression of Multicellular Differentiation in Streptomyces.
著者: Gallagher, K.A. / Schumacher, M.A. / Bush, M.J. / Bibb, M.J. / Chandra, G. / Holmes, N.A. / Zeng, W. / Henderson, M. / Zhang, H. / Findlay, K.C. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.
履歴
登録2019年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
T: AmfC protein
A: RNA polymerase sigma factor
B: AmfC protein
D: RNA polymerase sigma factor
E: AmfC protein
G: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,54912
ポリマ－152,4076
非ポリマー4,1426
水00
1
T: AmfC protein
A: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1834
ポリマ－50,8022
非ポリマー1,3812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
2
B: AmfC protein
D: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1834
ポリマ－50,8022
非ポリマー1,3812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17990 Å2
手法PISA
3
E: AmfC protein
G: RNA polymerase sigma factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1834
ポリマ－50,8022
非ポリマー1,3812
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7040 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.847, 97.339, 204.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 AmfC protein / RsiG


分子量: 19992.371 Da / 分子数: 3 / 変異: P91G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (バクテリア)
株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745
遺伝子: SVEN_3933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RFR7
#2: タンパク質 RNA polymerase sigma factor / WhiG


分子量: 30809.855 Da / 分子数: 3 / 変異: D38E, I97V, R144G, S150T, T159S, E162D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. PanSC19 (バクテリア)
遺伝子: EDD98_3685 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3N1Q704
#3: 化合物
ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris Bicine pH 8.5, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 9% MPD, 10% PEG 1000 and 15% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→87.897 Å / Num. obs: 59828 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.99→3.04 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.998 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 2129 / CC1/2: 0.447 / Rpim(I) all: 0.653 / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PFJ

6pfj


解像度: 3→87.897 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.23 / 位相誤差: 33.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2784 3613 6.04 %
Rwork0.2139 --
obs0.2178 59828 97.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 256.36 Å2 / Biso mean: 112.7061 Å2 / Biso min: 32.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→87.897 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9026 0 276 0 9302
Biso mean--76.67 --
残基数----1146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.97512864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051632
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.1885761
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.03950.47251350.37482129226496
3.0395-3.08110.32191420.34062181232397
3.0811-3.12510.42631420.33332157229997
3.1251-3.17180.37851390.34382149228897
3.1718-3.22140.39411440.35362190233498
3.2214-3.27420.37491320.33022131226397
3.2742-3.33060.41631440.33142228237297
3.3306-3.39120.42011410.31712142228398
3.3912-3.45640.41111340.28622165229996
3.4564-3.5270.33521390.2722058219793
3.527-3.60370.36661360.25922159229596
3.6037-3.68750.38431420.25492151229398
3.6875-3.77970.32551370.22892176231398
3.7797-3.88190.31691360.23072189232598
3.8819-3.99610.291340.22062184231897
3.9961-4.12510.27081380.19342122226097
4.1251-4.27260.28151360.18792164230097
4.2726-4.44360.22741400.16832165230596
4.4436-4.64580.20511430.1622200234399
4.6458-4.89080.21891390.16892176231598
4.8908-5.19720.26621430.17142151229498
5.1972-5.59840.27951370.19592159229697
5.5984-6.16160.23651460.20042178232497
6.1616-7.05290.27581390.21152194233398
7.0529-8.88460.19791380.16122162230096
8.8846-87.93460.22221370.18592155229297
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 54.1987 Å / Origin y: 32.2717 Å / Origin z: 15.9632 Å
111213212223313233
T0.2005 Å2-0.0381 Å20.003 Å2-0.181 Å2-0.3193 Å2--0.1653 Å2
L0.043 °20.0081 °20.0827 °2--0.0139 °20.0778 °2--0.0671 °2
S0.18 Å °0.0086 Å °0.0186 Å °0.0966 Å °-0.0315 Å °0.054 Å °0.0627 Å °0.0715 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allT36 - 199
2X-RAY DIFFRACTION1allR203 - 201
3X-RAY DIFFRACTION1allA24 - 275
4X-RAY DIFFRACTION1allB40 - 199
5X-RAY DIFFRACTION1allC203 - 201
6X-RAY DIFFRACTION1allD24 - 275
7X-RAY DIFFRACTION1allE41 - 199
8X-RAY DIFFRACTION1allF203 - 201
9X-RAY DIFFRACTION1allG21 - 275

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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