PDB-6pfj: Structure of S. venezuelae RsiG-WhiG-(ci-di-GMP) complex, P64 cry...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pfj

タイトル

Structure of S. venezuelae RsiG-WhiG-(ci-di-GMP) complex, P64 crystal form

要素

AmfC protein
RNA polymerase sigma factor

キーワード

TRANSCRIPTION / sigma / anti-sigma / c-di-GMP / developmental switch

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription initiation / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces venezuelae (バクテリア)

Streptomyces sp. PanSC19 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Schumacher, M.A.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: c-di-GMP Arms an Anti-sigma to Control Progression of Multicellular Differentiation in Streptomyces.
著者: Gallagher, K.A. / Schumacher, M.A. / Bush, M.J. / Bibb, M.J. / Chandra, G. / Holmes, N.A. / Zeng, W. / Henderson, M. / Zhang, H. / Findlay, K.C. / Brennan, R.G. / Buttner, M.J.

履歴

登録	2019年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2020年2月19日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pfj.cif.gz	231.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pfj.ent.gz	188.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pfj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pfvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ea6-2 3sg3-d 5n64-d 2pv0-3 1vj7-1 3rwo-d 3p19-3 2pvc-3 4fgs-3 2hu2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (11) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1)

登録構造単位

T: AmfC protein

A: RNA polymerase sigma factor

ヘテロ分子

52.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.089, 92.089, 96.646
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	AmfC protein / RsiG 分子量: 19992.371 Da / 分子数: 1 / 変異: P91G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces venezuelae (strain ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745) (バクテリア) 株: ATCC 10712 / CBS 650.69 / DSM 40230 / JCM 4526 / NBRC 13096 / PD 04745 遺伝子: SVEN_3933 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2RFR7
#2: タンパク質	RNA polymerase sigma factor / WhiG 分子量: 30924.023 Da / 分子数: 1 / 変異: D38E, S150T, T159S, E162D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. PanSC19 (バクテリア) 遺伝子: EDD98_3685 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3N1Q704
#3: 化合物	ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP 分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₄P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris Bicine pH 8.5, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 9% MPD, 10% PEG 1000, 15% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→79.8 Å / Num. obs: 53003 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.08→2.11 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.869 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 94

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
AutoSol	autosol	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.08→79.75 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 26.47

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.238	3283	6.19 %
R_work	0.19	-	-
obs	0.193	53003	96.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 75.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→79.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2897	0	92	43	3032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	3046
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.277	4142
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.597	1850
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	478
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	524

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.1111	0.3674	113	0.3191	1717	X-RAY DIFFRACTION	77
2.1111-2.1441	0.3747	118	0.3271	1787	X-RAY DIFFRACTION	79
2.1441-2.1792	0.3993	115	0.3695	1866	X-RAY DIFFRACTION	83
2.1792-2.2168	0.3131	132	0.2811	2006	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2168-2.2571	0.3204	139	0.2667	2116	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2571-2.3005	0.2942	159	0.2514	2224	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3005-2.3475	0.2636	138	0.2194	2192	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3475-2.3985	0.2248	148	0.2152	2219	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3985-2.4543	0.25	154	0.2023	2291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4543-2.5157	0.2809	147	0.2505	2126	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5157-2.5838	0.2487	150	0.2092	2186	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5838-2.6598	0.2628	150	0.2004	2293	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6598-2.7456	0.2482	138	0.1931	2227	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7456-2.8438	0.2198	144	0.1779	2283	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8438-2.9576	0.2753	152	0.2072	2251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9576-3.0923	0.2558	146	0.2263	2218	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0923-3.2553	0.2709	148	0.2211	2257	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2553-3.4592	0.2639	152	0.2013	2228	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4592-3.7263	0.2485	150	0.1921	2245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7263-4.1013	0.2392	142	0.1637	2247	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1013-4.6947	0.1685	142	0.1387	2257	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6947-5.9146	0.1933	157	0.1712	2236	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9146-79.8101	0.2414	149	0.1832	2248	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -26.24 Å / Origin y: -3.0781 Å / Origin z: -0.2581 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3885 Å²	0.0854 Å²	0.0112 Å²	-	0.3899 Å²	0.0341 Å²	-	-	0.4322 Å²
L	1.142 °²	1.5407 °²	-0.5922 °²	-	4.0212 °²	-0.6537 °²	-	-	1.7391 °²
S	0.1924 Å °	-0.1255 Å °	-0.0025 Å °	-0.2017 Å °	-0.2849 Å °	0.1199 Å °	-0.0123 Å °	0.0469 Å °	-0.0261 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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