PDB-6pft: rsEGFP2 with a chlorinated chromophore in the non-fluorescent off...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pft

タイトル

rsEGFP2 with a chlorinated chromophore in the non-fluorescent off-state

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / Green Fluorescent Protein

機能・相同性

Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein

機能・相同性情報

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Chang, J. / Romei, M.G. / Boxer, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Structural Evidence of Photoisomerization Pathways in Fluorescent Proteins.
著者: Chang, J. / Romei, M.G. / Boxer, S.G.

履歴

登録	2019年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity_poly / pdbx_audit_support Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pft.cif.gz	123.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pft.ent.gz	93.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pft	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pfrC 6pfsC 6pfuC 5dtyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ztf-d 5dty-d 5o8b-d 6un4-d 6pfr-d 4l7k-1 6fer-9 5o8c-d 2o24-d 2q42-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

ヘテロ分子

28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.014, 62.716, 68.619
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 28566.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 1.76 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES; Cryoprotectant 1 M sucrose, 1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.305053 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.305053 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→34.309 Å / Num. obs: 38992 / % possible obs: 98.16 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 17.03 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.008496 / R_rim(I) all: 0.01201 / Net I/σ(I): 21.46
反射シェル	解像度: 1.45→1.502 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.08949 / Mean I/σ(I) obs: 5.52 / Num. unique obs: 3674 / CC_1/2: 0.982 / R_rim(I) all: 0.1266 / % possible all: 93.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DTY

5dty

解像度: 1.45→34.309 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.92

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1758	2966	4.01 %
R_work	0.1503	-	-
obs	0.1513	38991	98.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→34.309 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1905	0	5	309	2219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	2063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.649	2814
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.938	764
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.11	305
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	369

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4738	0.2453	130	0.2031	3185	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4738-1.4992	0.2483	140	0.1995	3258	X-RAY DIFFRACTION	94
1.4992-1.5265	0.2735	138	0.1909	3285	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5265-1.5558	0.221	137	0.1785	3337	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5558-1.5876	0.1983	138	0.171	3303	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5876-1.6221	0.2442	139	0.1681	3329	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6221-1.6598	0.1837	143	0.1636	3382	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6598-1.7013	0.2065	139	0.1667	3366	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7013-1.7473	0.1929	140	0.1591	3381	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7473-1.7987	0.1902	137	0.1522	3405	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7987-1.8568	0.19	144	0.15	3452	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8568-1.9232	0.1694	146	0.143	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9232-2.0001	0.1492	143	0.1349	3425	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0001-2.0912	0.1876	143	0.1351	3451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.2014	0.1862	146	0.1368	3402	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2014-2.3393	0.1505	143	0.1419	3444	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3393-2.5199	0.1709	146	0.1386	3463	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5199-2.7733	0.1762	140	0.1479	3407	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7733-3.1744	0.1771	147	0.1549	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1744-3.9985	0.1307	143	0.1362	3423	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9985-34.3191	0.1864	144	0.1615	3443	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0873	2.2303	-1.2799	1.2166	-0.7051	0.4133	-0.231	0.5992	0.4375	-0.0793	-0.1346	-0.0922	-0.4711	0.3464	0.0226	0.3757	0.0169	-0.061	0.3113	0.1229	0.4737	-23.7727	23.4126	-10.4486
2	1.0739	1.2582	0.1411	8.9187	0.6731	0.8171	0.0221	0.0118	-0.0073	-0.17	-0.1474	0.4604	0.1426	-0.0959	0.1178	0.1735	0.0028	0.0059	0.1724	-0.0044	0.1536	-35.9693	1.126	0.1625
3	1.7046	0.2909	0.0214	2.2993	-0.0115	1.4426	-0.0418	-0.0174	-0.0273	0.1038	0.03	-0.0145	0.0682	-0.0445	0.0298	0.1228	0.0136	0.0016	0.1349	0.0003	0.1201	-29.2336	3.3612	3.9941
4	4.2574	1.3857	-1.2593	1.9061	-0.228	1.7667	0.0443	0.272	0.0539	-0.0689	-0.0289	-0.213	-0.1702	0.1015	-0.0438	0.1437	0.0038	0.002	0.2014	0.0304	0.1898	-16.7642	15.4663	-9.7675
5	0.8498	-0.0543	-0.0616	2.8405	-0.7298	0.8907	0.0715	0.1607	-0.0321	-0.1321	-0.1199	-0.058	0.0783	0.004	0.0443	0.1637	0.0252	0.0035	0.1845	-0.0115	0.1369	-27.0513	2.1429	-9.9863
6	1.1004	-0.8542	0.0156	8.2101	0.0205	1.1182	0.052	0.1133	-0.0215	-0.0096	-0.0995	0.3914	0.0574	-0.1261	0.0659	0.1066	0.008	0.0048	0.1769	-0.009	0.1433	-34.5807	3.749	-5.6984
7	1.295	0.0438	-0.0333	1.9059	-0.0055	1.2988	-0.1576	-0.0751	-0.2646	0.1475	0.045	-0.1124	0.3544	0.1094	0.1059	0.2976	0.0309	0.0267	0.1842	0.0051	0.1979	-24.2002	-11.6602	4.9789
8	1.8556	-0.7468	-0.3011	3.8124	-1.8426	4.4138	0.1781	0.2786	0.0287	-0.2835	-0.1117	-0.129	0.0728	0.0901	-0.0945	0.1981	0.023	0.0157	0.1963	-0.0154	0.191	-18.7599	-0.1387	-11.8067
9	1.4015	-0.3956	0.1071	2.4563	-0.732	1.3103	0.0638	0.2033	-0.0312	-0.2225	-0.0598	-0.0002	0.1704	0.0824	0.0339	0.1341	0.0179	0.0258	0.1588	-0.0215	0.1322	-23.4149	0.8776	-11.1421
10	1.4977	0.1101	0.1811	1.3477	-0.6683	2.9108	-0.111	-0.262	-0.0335	0.246	-0.0162	-0.0976	0.0727	0.257	0.1107	0.1842	0.0383	-0.0065	0.102	-0.0244	0.1388	-22.1899	3.9979	6.5838
11	1.2226	-0.0328	-0.9421	1.0678	-0.458	2.631	-0.0534	-0.0223	0.0726	0.0697	0.0198	-0.1735	-0.0742	0.1889	0.0565	0.1342	0.0172	-0.0114	0.1641	-0.0059	0.1504	-20.3913	7.1641	3.1496
12	2.8558	-4.171	-1.5626	6.4445	0.684	9.455	0.0004	-0.0646	-0.5124	-0.4292	-0.3154	0.2482	0.1842	-0.201	0.2032	0.3596	-0.0003	0.0135	0.3451	-0.0282	0.361	-1.2814	16.6603	-15.3397

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 12 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 13 through 25 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 69 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 70 through 82 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 83 through 105 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 106 through 129 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 130 through 148 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 149 through 171 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 172 through 199 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 200 through 217 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 218 through 228 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 229 through 239 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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