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万見
- PDB-6pfn: Succinyl-CoA synthase from Francisella tularensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pfn
タイトルSuccinyl-CoA synthase from Francisella tularensis
要素(Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit ...) x 2
キーワードLIGASE / Succinyl-CoA synthase / structural genomics / CPX_02187_02692 / IDP02187 / IDP02692 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


succinate-CoA ligase (ADP-forming) / succinate-CoA ligase (ADP-forming) activity / tricarboxylic acid cycle / nucleotide binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Succinyl-CoA ligase, alpha subunit / Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase domains / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site ...Succinyl-CoA ligase, alpha subunit / Succinate--CoA synthetase, beta subunit / ATP-grasp fold, succinyl-CoA synthetase-type / ATP-grasp domain / Succinyl-CoA synthetase domains / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family active site. / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 1. / Succinyl-CoA synthetase, beta subunit, conserved site / ATP-citrate lyase / succinyl-CoA ligases family signature 3. / ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase / CoA-ligase / CoA binding domain / Succinyl-CoA synthetase-like / CoA binding domain / CoA-binding / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COENZYME A / Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha / Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta / Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Succinyl-CoA synthase from Francisella tularensis
著者: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Jedrzejczak, R. / Satchell, K.J.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha
B: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
C: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha
D: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,7998
ポリマ－145,1424
非ポリマー1,6564
水14,448802
1
A: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha
B: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3393
ポリマ－72,5712
非ポリマー7681
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
2
C: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha
D: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4605
ポリマ－72,5712
非ポリマー8893
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.073, 158.735, 73.017
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit alpha / Succinyl-CoA synthetase subunit alpha / SCS-alpha


分子量: 30950.594 Da / 分子数: 2 / 変異: A85V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (バクテリア)
株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: sucD, BZ14_337 / プラスミド: PMCSG92 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A454XSD0, UniProt: Q5NHF4*PLUS, succinate-CoA ligase (ADP-forming)
#2: タンパク質 Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta / Succinyl-CoA synthetase subunit beta / SCS-beta


分子量: 41620.633 Da / 分子数: 2 / 変異: A69T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4) (バクテリア)
株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: sucC, FTT_0504c / プラスミド: pMCSG92 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5NHF3, succinate-CoA ligase (ADP-forming)

-
非ポリマー , 4種, 806分子

#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 802 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.55 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris 5.5, 17% polyethylene glycol 10,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→49.65 Å / Num. obs: 138572 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 1.114 / Net I/av σ(I): 18.6 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.76-1.792.50.5081.4860790.6740.3910.6460.48686.9
1.79-1.822.90.43366110.8030.3050.5340.49792.6
1.82-1.863.30.38569840.8590.2470.4590.53998.9
1.86-1.93.40.31569490.9060.1990.3740.5899.1
1.9-1.943.40.27569780.9150.1740.3260.65998.9
1.94-1.983.40.23569930.9340.1490.2790.70499.1
1.98-2.033.40.20469840.9480.130.2430.81398.4
2.03-2.093.30.18268970.9490.1170.2170.9298.1
2.09-2.153.20.15869390.9630.1030.1890.96397.9
2.15-2.223.50.14370130.9710.0890.1691.07899.4
2.22-2.33.50.13370200.9730.0830.1571.13399.1
2.3-2.393.40.12169910.9770.0760.1431.22699
2.39-2.53.40.11169580.9770.070.1321.31298.8
2.5-2.633.20.09969120.980.0640.1191.41297.5
2.63-2.793.50.09370660.9830.0580.111.49399.6
2.79-3.013.50.08570410.9850.0530.11.59299.4
3.01-3.313.30.07469640.9880.0470.0871.68898.3
3.31-3.793.50.06270400.9920.0380.0731.73699.3
3.79-4.783.40.05170700.9940.0320.061.59699.5
4.78-49.653.40.0470830.9970.0250.0471.28698.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MGG

6mgg


解像度: 1.76→49.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 5.096 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.11
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 6906 5 %RANDOM
Rwork0.1857 ---
obs0.1873 131628 97.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.78 Å2 / Biso mean: 32.992 Å2 / Biso min: 14.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å2-0 Å20.48 Å2
2---0.28 Å2-0 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→49.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9341 0 104 802 10247
Biso mean--24.9 38.36 -
残基数----1250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0139730
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.63913191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.361.57721893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.56351282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.28224.323421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53151703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0631533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0210860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021777
LS精密化 シェル解像度: 1.763→1.809 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 440 -
Rwork0.271 8450 -
all-8890 -
obs--85.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.10010.1078-0.14930.61790.08460.5481-0.0025-0.04750.0097-0.00160.0120.0007-0.03320.0632-0.00950.07340.01520.0020.05780.00250.0066-13.1699-0.261131.9284
20.5473-0.20360.07710.4430.26680.2673-0.0222-0.04930.06720.03570.0457-0.04420.04470.0703-0.02350.02360.0467-0.0050.15220.00010.01514.2869-2.687518.2268
30.9357-0.3837-0.03920.61880.22060.12530.0399-0.1471-0.0499-0.00120.0207-0.05090.00260.045-0.06060.059-0.0380.00490.1229-0.03050.033322.500354.283510.2055
40.54040.17770.11470.9582-0.06930.45180.1-0.1211-0.10830.0633-0.0683-0.02650.03710.0046-0.03180.0962-0.04070.00010.03830.01170.03887.293133.3406-6.1026
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 500
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 385
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 500
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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