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- PDB-6pfk: PHOSPHOFRUCTOKINASE, INHIBITED T-STATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pfk
タイトルPHOSPHOFRUCTOKINASE, INHIBITED T-STATE
要素PHOSPHOFRUCTOKINASE
キーワードTRANSFERASE / KINASE / GLYCOLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / monosaccharide binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / AMP binding / ATP binding ...6-phosphofructokinase complex / 6-phosphofructokinase / 6-phosphofructokinase activity / fructose-6-phosphate binding / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / monosaccharide binding / fructose 6-phosphate metabolic process / canonical glycolysis / AMP binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 ...ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic-type / ATP-dependent 6-phosphofructokinase, prokaryotic / Phosphofructokinase domain / Phosphofructokinase, conserved site / Phosphofructokinase signature. / Phosphofructokinase domain / ATP-dependent 6-phosphofructokinase / Phosphofructokinase superfamily / Phosphofructokinase / Rossmann fold - #450 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / ATP-dependent 6-phosphofructokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Evans, P.R. / Schirmer, T. / Auer, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Structural basis of the allosteric behaviour of phosphofructokinase.
著者: Schirmer, T. / Evans, P.R.
履歴
登録1996年1月4日処理サイト: BNL
置き換え1996年7月11日ID: 5PFK
改定 1.01996年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月10日Group: Other
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOFRUCTOKINASE
B: PHOSPHOFRUCTOKINASE
C: PHOSPHOFRUCTOKINASE
D: PHOSPHOFRUCTOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,2968
ポリマ－136,6714
非ポリマー6244
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15870 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area39060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.000, 115.200, 96.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.755319, -0.145439, -0.639016), (-0.142733, -0.988165, 0.056194), (-0.639626, 0.048764, -0.767138)34.97301, 27.50033, 89.84422
2given(-0.981476, 0.191581, 0.000946), (0.191514, 0.980978, 0.031679), (0.005141, 0.031273, -0.999498)27.80794, -4.2062, 90.71854
3given(-0.770518, -0.023227, 0.636995), (-0.044803, -0.994891, -0.090472), (0.635842, -0.09825, 0.76554)-1.29301, 32.81303, 2.33948

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要素

#1: タンパク質
PHOSPHOFRUCTOKINASE


分子量: 34167.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INHIBITED T-STATE
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: PFK / プラスミド: DERIVATIVE OF PBR322 / 遺伝子 (発現宿主): PFK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00512, 6-phosphofructokinase
#2: 化合物
ChemComp-PGA / 2-PHOSPHOGLYCOLIC ACID / (ホスホノオキシ)酢酸


分子量: 156.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H5O6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY WAS RE-IMPOSED BY REPLICATING SUBUNIT D (THE BEST DEFINED), THEN ...NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY WAS RE-IMPOSED BY REPLICATING SUBUNIT D (THE BEST DEFINED), THEN REFINED WITH TIGHT NCS RESTRAINTS. NCS RESTRAINTS WERE THEN REMOVED, AND A SMALL NUMBER OF SIDE CHAINS REBUILT WHERE THERE WAS CLEAR DEVIATION FROM 222 SYMMETRY PART OF THE FOLLOWING SIDE CHAINS HAS BEEN OMITTED:- A 50, A 51, A 75, A 77, A 79, A 80, A 83, A 84, A 90, A 111, A 162, A 171, A 195, A 200, A 214, A 303, B 50, B 75, B 77, B 79, B 80, B 83, B 90, B 91, B 171, B 214, B 232, B 236, B 303. THERE IS NO RESIDUE 302: RESIDUES 303 - 320 HAVE BEEN NUMBERED TO MATCH EQUIVALENT RESIDUES IN E.COLI PFK.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化pH: 7.8
詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN FROM 1.6 - 1.8M POTASSIUM TARTRATE, PH 7.8, WITH 10MM 2-PHOSPHOGLYCOLATE, 0.5MM EDTA, 0.5MM DTT. THE CRYSTALS WERE GROWN FROM 1.6 - 1.8M POTASSIUM TARTRATE, PH 7.8, ...詳細: THE CRYSTALS WERE GROWN FROM 1.6 - 1.8M POTASSIUM TARTRATE, PH 7.8, WITH 10MM 2-PHOSPHOGLYCOLATE, 0.5MM EDTA, 0.5MM DTT. THE CRYSTALS WERE GROWN FROM 1.6 - 1.8M POTASSIUM TARTRATE, PH 7.8, WITH 10MM 2-PHOSPHOGLYCOLATE, 0.5MM EDTA, 0.5MM DTT. 2-PHOSPHOGLYCOLATE IS AN ANALOGUE OF THE NATURAL ALLOSTERIC INHIBITOR PHOSPHOENOLPYRUVATE, SO THIS STRUCTURE REPRESENTS THE ALLOSTERICALLY INHIBITED T-STATE. THE ASYMMETRIC UNIT OF THE CRYSTAL IS THE TETRAMER WHICH OCCURS IN SOLUTION - CHAINS A, B, C, D.
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.6-1.8 Mpotassium tartrate11
210 mMPGC11
30.5 mMEDTA11
40.5 mMDTT11
59-6 mg/mlprotain11

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 44349 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.126

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 2.6→15 Å
詳細: DERIVED FROM ENGH & HUBER PARAMETERS BY V. LAMZIN FINAL RMS COORD. SHIFT 0.0095 ANGSTROMS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 -5 %
Rwork0.188 --
obs-41947 97 %
原子変位パラメータBiso mean: 33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9395 0 36 226 9657
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0390.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0390.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.53
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.95
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.14
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it66
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1280.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1890.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2660.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1860.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.188 / Rfactor Rfree: 0.255
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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