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万見
- PDB-6pez: SOLID-STATE NMR STRUCTURE OF PISCIDIN 3 IN ALIGNED 4:1 PHOSPHATID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pez
タイトルSOLID-STATE NMR STRUCTURE OF PISCIDIN 3 IN ALIGNED 4:1 PHOSPHATIDYLCHOLINE/CHOLESTEROL LIPID BILAYERS
要素Piscidin-3
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / ANTIMICROBIAL PEPTIDE / ANTICANCER PEPTIDE / ANTI HIV-1 / CATIONIC / AMPHIPATHIC / HISTIDINE RICH / HELICAL / LIPID BILAYERS / BACTERIAL CELL MEMBRANE MIMIC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of defense response to virus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / innate immune response / lipid binding / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Pleurocidin / Pleurocidin family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Morone chrysops x Morone saxatilis (魚類)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Greenwood, A.I. / Cairns, L.S. / Fu, R. / Cotten, M.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1716608 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: The host-defense peptide piscidin P1 reorganizes lipid domains in membranes and decreases activation energies in mechanosensitive ion channels.
著者: Comert, F. / Greenwood, A. / Maramba, J. / Acevedo, R. / Lucas, L. / Kulasinghe, T. / Cairns, L.S. / Wen, Y. / Fu, R. / Hammer, J. / Blazyk, J. / Sukharev, S. / Cotten, M.L. / Mihailescu, M.
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Piscidin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4961
ポリマ－2,4961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area110 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area2380 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Piscidin-3


分子量: 2495.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Morone chrysops x Morone saxatilis (魚類)
参照: UniProt: P0C006

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic315N 1H solid-state de-HETCOR
122anisotropic215N 1H solid-state de-HETCOR
133anisotropic215N 1H solid-state de-HETCOR
144anisotropic115N 1H solid-state de-HETCOR
159anisotropic115N 1H solid-state de-HETCOR
1168anisotropic115N 1H solid-state de-HETCOR
1157anisotropic215N 1H solid-state de-HETCOR
1146anisotropic315N 1H solid-state de-HETCOR
1135anisotropic215N 1H solid-state de-HETCOR
11210anisotropic215N 1H solid-state de-HETCOR
11111anisotropic215N 1H solid-state de-HETCOR
11012anisotropic315N 1H solid-state de-HETCOR
1913anisotropic315N 1H solid-state de-HETCOR
1814anisotropic315N 1H solid-state de-HETCOR

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
oriented membrane film110 mM [15N]-I2I5G8 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4I2-I5-G8-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film210 mM [15N]-V10G13I16 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4V10-G13-I16-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film310 mM [15N]-G17F19L20 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4G17-F19-L20-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film410 mM [15N]-F1S15 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4F1-S15-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film910 mM [15N]-F6I9 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4F6-I9-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film810 mM [15N]-F6I9A12 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4F6-I9-A12-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film710 mM [15N]-R18 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4R18-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film610 mM [15N]-H4 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4H4-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film510 mM [15N]-R14 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4R14-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film1010 mM [15N]-R7 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4R7-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film1110 mM [15N]-T21G22 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4T21-G22-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film1210 mM [15N]-H11 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4H11-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film1310 mM [15N]-H3 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4H3-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
oriented membrane film1410 mM [15N]-A12G17 PISCIDIN-3, 320 mM 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholine, 80 mM Cholesterol, H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4A12-G17-15N_P3H2O 100%; phosphate buffer 40 mM pH 7.4
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMPISCIDIN-3[15N]-I2I5G81
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance1
80 mMCholesterolnatural abundance1
10 mMPISCIDIN-3[15N]-V10G13I162
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance2
80 mMCholesterolnatural abundance2
10 mMPISCIDIN-3[15N]-G17F19L203
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance3
80 mMCholesterolnatural abundance3
10 mMPISCIDIN-3[15N]-F1S154
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance4
80 mMCholesterolnatural abundance4
10 mMPISCIDIN-3[15N]-F6I99
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance9
80 mMCholesterolnatural abundance9
10 mMPISCIDIN-3[15N]-F6I9A128
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance8
80 mMCholesterolnatural abundance8
10 mMPISCIDIN-3[15N]-R187
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance7
80 mMCholesterolnatural abundance7
10 mMPISCIDIN-3[15N]-H46
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance6
80 mMCholesterolnatural abundance6
10 mMPISCIDIN-3[15N]-R145
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance5
80 mMCholesterolnatural abundance5
10 mMPISCIDIN-3[15N]-R710
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance10
80 mMCholesterolnatural abundance10
10 mMPISCIDIN-3[15N]-T21G2211
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance11
80 mMCholesterolnatural abundance11
10 mMPISCIDIN-3[15N]-H1112
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance12
80 mMCholesterolnatural abundance12
10 mMPISCIDIN-3[15N]-H313
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance13
80 mMCholesterolnatural abundance13
10 mMPISCIDIN-3[15N]-A12G1714
320 mM1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-phosphatidylcholinenatural abundance14
80 mMCholesterolnatural abundance14
試料状態イオン強度: 40 mM / Label: sample_conditions_1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001Rennselaer Polytechnic Institute
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002National High Magnetic Field Laboratory
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6003National High Magnetic Field Laboratory

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
XwinNMR3.5Bruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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