PDB-1z64: NMR Solution Structure of Pleurocidin in DPC Micelles

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z64

タイトル

NMR Solution Structure of Pleurocidin in DPC Micelles

要素

Pleruocidin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / helix / micelle

機能・相同性

Pleurocidin / Pleurocidin family / defense response to bacterium / lipid binding / extracellular region / membrane / Pleurocidin

機能・相同性情報

生物種

Pseudopleuronectes americanus (魚類)

手法

溶液NMR / distance geometry; simulated annealing; molecular dynamics

データ登録者

Syvitski, R.T. / Burton, I. / Mattatall, N.R. / Douglas, S.E. / Jakeman, D.L.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural characterization of the antimicrobial peptide pleurocidin from winter flounder.
著者: Syvitski, R.T. / Burton, I. / Mattatall, N.R. / Douglas, S.E. / Jakeman, D.L.

履歴

登録	2005年3月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z64.cif.gz	85.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z64.ent.gz	53.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z64.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z64_validation.pdf.gz	338 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z64_full_validation.pdf.gz	406.5 KB	表示
XML形式データ	1z64_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	1z64_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z64 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/1z64	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2mcx-d 2mcw-d 2mw6-d 6cl3-d 6pf0-d 2mcu-d 8tfv-d 1d9j-d 6phl-d 1ue3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pleruocidin

2.72 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	11 / 50	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Pleruocidin 分子量: 2716.191 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 23-47 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudopleuronectes americanus (魚類) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P81941
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	3D 15N-separated NOESY
1	4	1	DOSY

NMR実験の詳細

Text: Structure was determined using 2D and 3D hetronuclear techniques

-
試料調製

詳細	内容: 2mM peptide U-15; 50mM phosphate buffer / 溶媒系: 90/10 H2O/D2O, 140mM DPC
試料状態	イオン強度: 0mM NaCl / pH: 7 / 圧: atmospheric atm / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	解析
Sparky	3.105	Donald Kneller	データ解析
X-PLOR	3.1	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.1	Brunger	精密化

精密化

手法: distance geometry; simulated annealing; molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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