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- PDB-6peg: MIF with a allosteric inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6peg
タイトルMIF with a allosteric inhibitor
要素Macrophage migration inhibitory factor
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Inhibitor / MIF / drug discovery (創薬)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process ...positive regulation of prostaglandin secretion involved in immune response / positive regulation of myeloid leukocyte cytokine production involved in immune response / フェニルピルビン酸タウトメラーゼ / L-ドパクロムイソメラーゼ / dopachrome isomerase activity / phenylpyruvate tautomerase activity / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / cytokine receptor binding / positive regulation of arachidonic acid secretion / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of mature B cell apoptotic process / negative regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / carboxylic acid metabolic process / prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of protein metabolic process / regulation of macrophage activation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / chemoattractant activity / positive regulation of protein kinase A signaling / protein homotrimerization / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of cell migration / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of tumor necrosis factor production / 細胞老化 / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / secretory granule lumen / protease binding / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 炎症 / negative regulation of gene expression / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / 細胞膜 / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Macrophage migration inhibitory factor, conserved site / Macrophage migration inhibitory factor family signature. / Macrophage migration inhibitory factor / Macrophage migration inhibitory factor (MIF) / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4FQ / 酢酸塩 / リン酸塩 / Macrophage migration inhibitory factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Asojo, O.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2R44AR056908-02A1 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Inhibition of Macrophage Migration Inhibitory Factor by a Chimera of Two Allosteric Binders.
著者: Cirillo, P.F. / Asojo, O.A. / Khire, U. / Lee, Y. / Mootien, S. / Hegan, P. / Sutherland, A.G. / Peterson-Roth, E. / Ledizet, M. / Koski, R.A. / Anthony, K.G.
履歴
登録2019年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Macrophage migration inhibitory factor
E: Macrophage migration inhibitory factor
F: Macrophage migration inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,58715
ポリマ－37,0653
非ポリマー1,52212
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8940 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.890, 67.890, 88.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 DEF

#1: タンパク質 Macrophage migration inhibitory factor / / MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / ...MIF / Glycosylation-inhibiting factor / GIF / L-dopachrome isomerase / L-dopachrome tautomerase / Phenylpyruvate tautomerase


分子量: 12355.056 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MIF, GLIF, MMIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P14174, フェニルピルビン酸タウトメラーゼ, L-ドパクロムイソメラーゼ

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非ポリマー , 6種, 466分子

#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-4FQ / 4-amino-5-hydroxy-6-[(E)-(3-{[3-(2-methylpropanoyl)pyrazolo[1,5-a]pyridin-2-yl]methyl}phenyl)diazenyl]naphthalene-1,3-disulfonic acid


分子量: 623.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H25N5O8S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100microMolar 4048, 2M Ammonium sulfate, 4% isopropanol, 50 mM Tris pH 8.0, 12.5% Glycerol, 50mM sodium acetate Protein 100mg/ml MIF in 50mM citrate pH 5, 50microMolar 4048
PH範囲: 4.6-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.55 Å / Num. obs: 28255 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.3 % / Num. unique obs: 2013 / Rpim(I) all: 0.064 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MIF

1mif


解像度: 2→32.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.191 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18765 1468 5.2 %RANDOM
Rwork0.14306 ---
obs0.14535 26728 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→32.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2598 0 96 454 3148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0142759
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.6923756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0321.6485646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1885341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.17222.366131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.89715414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8831516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02497
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.750.7781374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7470.7761372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0981.1531709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0981.1531710
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0271.0861385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9351.0511366
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8391.4852018
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.31612.0183321
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.88510.9423157
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.169 105 -
Rwork0.117 1904 -
obs--99.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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